More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2948 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2948  peptide deformylase  100 
 
 		 179 aa  360  7.0000000000000005e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  80.45 
 
 		 179 aa  303  8.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  77.09 
 
 		 179 aa  291  3e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  75.28 
 
 		 177 aa  267  7e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2202  peptide deformylase  76.34 
 
 		 186 aa  266  8.999999999999999e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.113404  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  73.45 
 
 		 177 aa  266  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  72.63 
 
 		 186 aa  266  2e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  74.3 
 
 		 179 aa  265  2.9999999999999995e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  74.3 
 
 		 179 aa  265  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  73.45 
 
 		 177 aa  264  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  72.88 
 
 		 177 aa  259  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  72.63 
 
 		 179 aa  257  6e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  71.19 
 
 		 177 aa  254  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  71.19 
 
 		 177 aa  254  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  74.3 
 
 		 178 aa  251  3e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  251  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  250  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  250  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  250  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  250  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  250  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  68.36 
 
 		 177 aa  249  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  67.8 
 
 		 177 aa  249  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  68.36 
 
 		 177 aa  249  2e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  67.8 
 
 		 177 aa  244  4e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  67.23 
 
 		 177 aa  244  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  67.42 
 
 		 178 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  243  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  64.61 
 
 		 177 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  69.1 
 
 		 178 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  67.98 
 
 		 178 aa  240  9e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  70.62 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  70.62 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  69.49 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  70.62 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  65.92 
 
 		 179 aa  238  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  66.29 
 
 		 178 aa  237  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  64.97 
 
 		 204 aa  236  9e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  68.16 
 
 		 179 aa  236  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  68.72 
 
 		 179 aa  235  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  66.86 
 
 		 174 aa  235  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  65.92 
 
 		 179 aa  234  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  64.57 
 
 		 181 aa  235  3e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  71.51 
 
 		 200 aa  235  3e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  68.93 
 
 		 177 aa  233  9e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  66.48 
 
 		 179 aa  231  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  65.17 
 
 		 177 aa  229  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  64.33 
 
 		 177 aa  221  4e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  61.08 
 
 		 171 aa  210  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  48.52 
 
 		 181 aa  168  5e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  49.12 
 
 		 207 aa  152  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1044  peptide deformylase  48.21 
 
 		 169 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3284  peptide deformylase  45.51 
 
 		 176 aa  137  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.373391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  45.56 
 
 		 178 aa  133  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  41.67 
 
 		 172 aa  124  5e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  40.38 
 
 		 172 aa  124  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0374  peptide deformylase  39.43 
 
 		 209 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  41.1 
 
 		 176 aa  117  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  38.96 
 
 		 181 aa  114  6.9999999999999995e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3475  peptide deformylase  42.53 
 
 		 185 aa  112  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000032021  decreased coverage  0.000233702 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  39.07 
 
 		 190 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  39.61 
 
 		 179 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1052  peptide deformylase  40.11 
 
 		 185 aa  112  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.771095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  43.23 
 
 		 168 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  43.45 
 
 		 190 aa  110  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000219506 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  44.03 
 
 		 190 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  41.56 
 
 		 170 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  41.56 
 
 		 170 aa  108  3e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  41.94 
 
 		 168 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3916  peptide deformylase  38.79 
 
 		 208 aa  107  6e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.511454  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  41.03 
 
 		 170 aa  107  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1868  peptide deformylase  44.44 
 
 		 186 aa  107  1e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.647129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  41.29 
 
 		 168 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  43.21 
 
 		 204 aa  106  2e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000323293 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  39.31 
 
 		 182 aa  105  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2436  peptide deformylase  44.38 
 
 		 190 aa  105  3e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.108704  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35850  Peptide deformylase, mitochondrial  37.02 
 
 		 274 aa  104  6e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  37.42 
 
 		 182 aa  104  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2357  peptide deformylase  40.49 
 
 		 167 aa  104  7e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.408741  normal  0.109738 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  41.29 
 
 		 168 aa  104  7e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  42.58 
 
 		 168 aa  104  8e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  41.98 
 
 		 168 aa  104  9e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  43.87 
 
 		 178 aa  103  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34550  peptide deformylase  41.1 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  41.98 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4446  peptide deformylase  36.36 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2508  peptide deformylase  41.56 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0280865  normal  0.0311982 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1861  peptide deformylase  43.79 
 
 		 186 aa  103  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.239464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  41.83 
 
 		 167 aa  103  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  42.58 
 
 		 168 aa  102  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29330  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  42.58 
 
 		 211 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.272989  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0632  peptide deformylase  42.86 
 
 		 181 aa  102  3e-21  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  40.91 
 
 		 167 aa  102  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4508  peptide deformylase  36.36 
 
 		 178 aa  102  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  43.79 
 
 		 170 aa  101  4e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  43.79 
 
 		 170 aa  101  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0427  peptide deformylase  42.33 
 
 		 195 aa  101  5e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.62292  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2574  peptide deformylase  42.04 
 
 		 183 aa  101  6e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.48366  normal  0.0804397 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1477  peptide deformylase  37.5 
 
 		 173 aa  101  7e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>