More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2056 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  99.44 
 
 		 177 aa  363  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  100 
 
 		 177 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  94.35 
 
 		 177 aa  348  2e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  95.48 
 
 		 177 aa  328  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  93.79 
 
 		 177 aa  327  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  93.79 
 
 		 177 aa  327  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  93.79 
 
 		 177 aa  327  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  83.05 
 
 		 177 aa  321  3e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  82.49 
 
 		 177 aa  320  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  82.49 
 
 		 177 aa  320  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  82.49 
 
 		 177 aa  320  9.000000000000001e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  82.49 
 
 		 177 aa  320  9.000000000000001e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  82.49 
 
 		 177 aa  320  9.000000000000001e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  81.92 
 
 		 177 aa  318  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  81.92 
 
 		 177 aa  318  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  76.84 
 
 		 177 aa  291  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  76.84 
 
 		 177 aa  291  4e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  77.97 
 
 		 177 aa  288  3e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  72.32 
 
 		 177 aa  270  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  70.06 
 
 		 177 aa  264  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  71.19 
 
 		 177 aa  263  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  70.62 
 
 		 177 aa  261  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  68 
 
 		 177 aa  259  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  69.49 
 
 		 177 aa  257  7e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  67.23 
 
 		 179 aa  252  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  65.92 
 
 		 179 aa  247  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  66.1 
 
 		 179 aa  244  6e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  65.36 
 
 		 179 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  67.05 
 
 		 178 aa  239  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2948  peptide deformylase  70.06 
 
 		 179 aa  239  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212222  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  67.23 
 
 		 179 aa  239  1e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  67.23 
 
 		 179 aa  239  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  64.8 
 
 		 179 aa  237  5.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  63.13 
 
 		 179 aa  237  8e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  62.86 
 
 		 177 aa  236  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  62.92 
 
 		 178 aa  235  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  62.01 
 
 		 179 aa  233  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  62.71 
 
 		 186 aa  233  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  62.36 
 
 		 178 aa  230  9e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2202  peptide deformylase  64.13 
 
 		 186 aa  228  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.113404  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  65.12 
 
 		 177 aa  228  4e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  61.8 
 
 		 178 aa  227  6e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  64.97 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  60.11 
 
 		 178 aa  225  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  62.72 
 
 		 204 aa  220  6e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  60.23 
 
 		 174 aa  221  6e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  59.3 
 
 		 181 aa  220  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  59.43 
 
 		 177 aa  215  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  61.58 
 
 		 200 aa  213  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  58.68 
 
 		 171 aa  210  7e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  47.19 
 
 		 181 aa  169  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1044  peptide deformylase  48.45 
 
 		 169 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  48.24 
 
 		 207 aa  154  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3284  peptide deformylase  46.63 
 
 		 176 aa  146  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.373391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  42.51 
 
 		 178 aa  128  5.0000000000000004e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0374  peptide deformylase  41.76 
 
 		 209 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  39.74 
 
 		 181 aa  124  5e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  39.35 
 
 		 172 aa  120  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  38.71 
 
 		 172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  40.13 
 
 		 182 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  37.09 
 
 		 179 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  37.66 
 
 		 190 aa  116  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  38.82 
 
 		 176 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  40.62 
 
 		 167 aa  115  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  40.88 
 
 		 168 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  40.88 
 
 		 168 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2436  peptide deformylase  43.79 
 
 		 190 aa  114  8.999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.108704  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  42.48 
 
 		 190 aa  114  8.999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000219506 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  40.28 
 
 		 182 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  40.25 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  40.25 
 
 		 168 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  40.25 
 
 		 168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4446  peptide deformylase  37.25 
 
 		 178 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4508  peptide deformylase  37.25 
 
 		 178 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  39.24 
 
 		 170 aa  111  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  39.62 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  39.62 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  38.99 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  38.36 
 
 		 168 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  41.88 
 
 		 190 aa  108  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1340  peptide deformylase  41.88 
 
 		 192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.457747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  38.36 
 
 		 168 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  40.67 
 
 		 170 aa  107  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  40.67 
 
 		 170 aa  107  7.000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  40.49 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  39.74 
 
 		 172 aa  106  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  39.46 
 
 		 171 aa  107  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  38.99 
 
 		 168 aa  106  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3433  peptide deformylase  39.33 
 
 		 188 aa  105  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  40.14 
 
 		 176 aa  105  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0874  peptide deformylase  41.1 
 
 		 189 aa  104  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5060  peptide deformylase  34.62 
 
 		 177 aa  105  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.239364 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  40.14 
 
 		 173 aa  103  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1868  peptide deformylase  39.61 
 
 		 186 aa  103  9e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.647129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  41.83 
 
 		 177 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  39.74 
 
 		 173 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  40.14 
 
 		 184 aa  102  2e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0854  peptide deformylase  39.64 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000749472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09890  peptide deformylase  40.62 
 
 		 154 aa  102  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3475  peptide deformylase  39.77 
 
 		 185 aa  102  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000032021  decreased coverage  0.000233702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>