More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3433 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3433  peptide deformylase  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5060  peptide deformylase  48.84 
 
 		 177 aa  175  4e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.239364 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4508  peptide deformylase  52.17 
 
 		 178 aa  174  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  49.71 
 
 		 179 aa  173  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  51.74 
 
 		 176 aa  173  9.999999999999999e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4446  peptide deformylase  51.55 
 
 		 178 aa  172  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  45.66 
 
 		 190 aa  167  8e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  46.75 
 
 		 181 aa  162  3e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  45.35 
 
 		 182 aa  162  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  40.23 
 
 		 182 aa  154  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  48.12 
 
 		 170 aa  147  8e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3599  peptide deformylase  47.4 
 
 		 185 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000726362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0886  peptide deformylase  46.75 
 
 		 185 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000428038  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3401  peptide deformylase  46.75 
 
 		 185 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000135447  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3476  peptide deformylase  46.75 
 
 		 185 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00071133  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3013  peptide deformylase  45 
 
 		 181 aa  132  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000829932  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0900  peptide deformylase  45.22 
 
 		 176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000606626  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1062  polypeptide deformylase  44.85 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3037  peptide deformylase  43.95 
 
 		 181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000308072  normal  0.575591 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0937  peptide deformylase  43.95 
 
 		 181 aa  125  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000269089  normal  0.0932727 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0639  peptide deformylase  45.81 
 
 		 174 aa  125  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000242683  normal  0.990188 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2912  peptide deformylase  43.59 
 
 		 168 aa  123  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305712  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  40.67 
 
 		 177 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  36.67 
 
 		 179 aa  111  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  41.18 
 
 		 186 aa  111  7.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  39.33 
 
 		 177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  40.4 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  36 
 
 		 179 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2066  peptide deformylase  34.15 
 
 		 187 aa  108  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.166948 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  38.26 
 
 		 178 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  38.16 
 
 		 181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  37.71 
 
 		 179 aa  108  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  37.71 
 
 		 179 aa  108  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  37.58 
 
 		 178 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  39.33 
 
 		 177 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  35.71 
 
 		 178 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0830  peptide deformylase  33.93 
 
 		 187 aa  107  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.139175  normal  0.098116 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  36.91 
 
 		 178 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  40 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  38.93 
 
 		 204 aa  105  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  35.06 
 
 		 178 aa  105  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  39.33 
 
 		 177 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  38.41 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1371  peptide deformylase  36.36 
 
 		 191 aa  104  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  36.03 
 
 		 171 aa  104  9e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  38.93 
 
 		 177 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2722  peptide deformylase  35.37 
 
 		 187 aa  102  3e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1431  peptide deformylase  35.48 
 
 		 202 aa  102  4e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  42.11 
 
 		 179 aa  101  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01321  peptide deformylase  35.48 
 
 		 202 aa  101  6e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  39.33 
 
 		 177 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2533  peptide deformylase  32.02 
 
 		 188 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  36 
 
 		 177 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4010  peptide deformylase  31.55 
 
 		 187 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.132582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1340  peptide deformylase  38.41 
 
 		 192 aa  99.8  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.457747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3965  peptide deformylase  31.55 
 
 		 187 aa  99.8  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1704  peptide deformylase  38.46 
 
 		 152 aa  99.4  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0808  peptide deformylase  33.9 
 
 		 187 aa  99.4  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3495  peptide deformylase  36.81 
 
 		 177 aa  99.4  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  37.58 
 
 		 174 aa  99  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  38 
 
 		 177 aa  98.6  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  37.33 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  37.33 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  37.33 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  37.58 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  37.33 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  37.33 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  36.91 
 
 		 177 aa  97.8  9e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  38 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  42.28 
 
 		 178 aa  97.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  36.67 
 
 		 177 aa  97.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  38.67 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  36.67 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  38.67 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  38.67 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  36.67 
 
 		 177 aa  97.1  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  36.13 
 
 		 181 aa  95.9  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09890  peptide deformylase  35.03 
 
 		 154 aa  95.5  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  35.97 
 
 		 179 aa  95.5  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5119  peptide deformylase  33.54 
 
 		 191 aa  95.1  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.267223 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  39.73 
 
 		 173 aa  94.7  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  37.14 
 
 		 207 aa  94.7  7e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  35.48 
 
 		 179 aa  94  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  34.67 
 
 		 179 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  38.62 
 
 		 169 aa  94  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  42.18 
 
 		 200 aa  93.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  36.67 
 
 		 177 aa  94  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2597  peptide deformylase  40.41 
 
 		 163 aa  94  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0874  peptide deformylase  34.78 
 
 		 189 aa  92.8  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  36 
 
 		 177 aa  92.4  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07980  peptide deformylase  34.97 
 
 		 175 aa  92  5e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0583135 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  35.03 
 
 		 167 aa  92  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_002950  PG2201  peptide deformylase  29.94 
 
 		 189 aa  91.3  8e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00771  peptide deformylase  31.93 
 
 		 203 aa  91.3  8e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0342378  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  38.78 
 
 		 172 aa  91.3  8e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  39.04 
 
 		 169 aa  90.9  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  39.04 
 
 		 169 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  39.04 
 
 		 169 aa  90.5  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  39.04 
 
 		 169 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  39.04 
 
 		 169 aa  90.5  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>