More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4559 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  100 
 
 		 178 aa  363  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  97.19 
 
 		 178 aa  358  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  95.51 
 
 		 178 aa  351  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  90.45 
 
 		 178 aa  339  1e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  79.78 
 
 		 179 aa  293  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  78.65 
 
 		 179 aa  288  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  76.4 
 
 		 179 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  75.84 
 
 		 179 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  74.72 
 
 		 179 aa  278  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  67.8 
 
 		 177 aa  245  3e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  65.73 
 
 		 177 aa  244  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  65.73 
 
 		 177 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  65.73 
 
 		 177 aa  240  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  67.05 
 
 		 204 aa  240  7.999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  64.04 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  63.48 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  64.04 
 
 		 177 aa  238  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  64.04 
 
 		 179 aa  238  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  65.17 
 
 		 179 aa  236  9e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  65.32 
 
 		 177 aa  236  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  65.9 
 
 		 174 aa  233  9e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  65.68 
 
 		 171 aa  232  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  62.36 
 
 		 177 aa  229  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  60.67 
 
 		 177 aa  227  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  60.67 
 
 		 177 aa  226  9e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  64.04 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  64.04 
 
 		 179 aa  226  1e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  225  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  224  4e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  59.55 
 
 		 177 aa  223  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  59.55 
 
 		 177 aa  223  8e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  59.3 
 
 		 181 aa  221  4e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2948  peptide deformylase  66.29 
 
 		 179 aa  220  7e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2202  peptide deformylase  63.44 
 
 		 186 aa  217  8.999999999999998e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.113404  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  63.28 
 
 		 178 aa  215  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  57.06 
 
 		 177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  64.04 
 
 		 200 aa  214  5.9999999999999996e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  59.55 
 
 		 186 aa  213  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  59.55 
 
 		 177 aa  207  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  60.11 
 
 		 177 aa  207  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  59.55 
 
 		 177 aa  205  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  58.82 
 
 		 177 aa  204  7e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  55.93 
 
 		 177 aa  203  8e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  58.43 
 
 		 179 aa  203  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  49.1 
 
 		 181 aa  156  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1044  peptide deformylase  47.68 
 
 		 169 aa  143  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  47.06 
 
 		 207 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  39.24 
 
 		 172 aa  125  5e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  40.65 
 
 		 172 aa  124  7e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3284  peptide deformylase  43.03 
 
 		 176 aa  123  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.373391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  40.12 
 
 		 178 aa  122  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0374  peptide deformylase  39.08 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  39.49 
 
 		 190 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0632  peptide deformylase  43.37 
 
 		 181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  40.26 
 
 		 179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  38.71 
 
 		 181 aa  111  6e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  44.93 
 
 		 176 aa  111  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  38.46 
 
 		 182 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  41.98 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3433  peptide deformylase  36.91 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1964  peptide deformylase  40.99 
 
 		 219 aa  104  6e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000418525  hitchhiker  0.000000552794 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  39.47 
 
 		 168 aa  104  8e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3916  peptide deformylase  38.6 
 
 		 208 aa  104  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.511454  normal  0.0468935 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1718  peptide deformylase  39.13 
 
 		 183 aa  103  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0107997  hitchhiker  0.00219347 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  38.82 
 
 		 168 aa  103  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  103  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  38.16 
 
 		 168 aa  102  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  39.07 
 
 		 169 aa  101  4e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  39.74 
 
 		 169 aa  102  4e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  39.07 
 
 		 169 aa  102  4e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5060  peptide deformylase  35.71 
 
 		 177 aa  101  6e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.239364 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3475  peptide deformylase  37.91 
 
 		 185 aa  101  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000032021  decreased coverage  0.000233702 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  35.4 
 
 		 168 aa  100  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  39.47 
 
 		 170 aa  100  9e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  39.47 
 
 		 170 aa  100  9e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  34.78 
 
 		 168 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  39.07 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1052  peptide deformylase  38.12 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.771095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  39.07 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  39.07 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  34.78 
 
 		 168 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  38.56 
 
 		 167 aa  98.6  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>