More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4349 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4349  peptide deformylase  100 
 
 		 179 aa  363  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3780  peptide deformylase  84.36 
 
 		 179 aa  309  1e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.873393  normal  0.0533041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1598  polypeptide deformylase  83.8 
 
 		 179 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.331513  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49870  peptide deformylase  81.56 
 
 		 179 aa  294  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3859  peptide deformylase  76.97 
 
 		 178 aa  286  8e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4247  peptide deformylase  79.89 
 
 		 179 aa  285  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4066  peptide deformylase  76.97 
 
 		 178 aa  281  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4559  peptide deformylase  76.4 
 
 		 178 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.865436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1330  peptide deformylase  76.4 
 
 		 178 aa  280  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.290852 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1677  peptide deformylase  72.07 
 
 		 177 aa  267  8e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0206244  normal  0.0509785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2460  peptide deformylase  72.07 
 
 		 177 aa  266  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00644557  hitchhiker  0.000321995 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1342  peptide deformylase  73.18 
 
 		 177 aa  264  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.256728 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  67.6 
 
 		 177 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  67.6 
 
 		 177 aa  246  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5333  peptide deformylase  65.92 
 
 		 177 aa  243  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.816635  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1813  peptide deformylase  68.36 
 
 		 177 aa  239  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442339  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  64.8 
 
 		 177 aa  239  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2023  peptide deformylase  65.36 
 
 		 177 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.802716  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1559  peptide deformylase  65.36 
 
 		 177 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.523571  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2441  peptide deformylase  65.36 
 
 		 177 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.126413  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2587  peptide deformylase  65.36 
 
 		 177 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.368495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2061  peptide deformylase  65.36 
 
 		 177 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.203959  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  64.8 
 
 		 177 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2498  peptide deformylase  65.36 
 
 		 177 aa  237  5.999999999999999e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1429  peptide deformylase  65.92 
 
 		 177 aa  236  9e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135089 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1333  peptide deformylase  64.8 
 
 		 177 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0465999  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3250  peptide deformylase  64.8 
 
 		 177 aa  236  1e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1885  peptide deformylase  65.36 
 
 		 177 aa  234  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0792012  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1818  peptide deformylase  65.92 
 
 		 179 aa  231  4.0000000000000004e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  66.67 
 
 		 204 aa  230  9e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  62.57 
 
 		 179 aa  225  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3633  peptide deformylase  64.16 
 
 		 174 aa  224  5.0000000000000005e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2023  peptide deformylase  65.92 
 
 		 177 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.688574  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6054  peptide deformylase  65.92 
 
 		 177 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930556  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2043  peptide deformylase  65.92 
 
 		 177 aa  223  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1477  peptide deformylase  60.47 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1253  peptide deformylase  64.8 
 
 		 177 aa  221  4e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00990122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1579  peptide deformylase  63.13 
 
 		 179 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2295  peptide deformylase  63.13 
 
 		 179 aa  220  9.999999999999999e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.758676  normal  0.0432981 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1925  peptide deformylase  64.25 
 
 		 177 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.591473  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2948  peptide deformylase  66.48 
 
 		 179 aa  220  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.212222  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02433  peptide deformylase  63.58 
 
 		 171 aa  218  5e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562042  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  61.02 
 
 		 177 aa  216  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  61.45 
 
 		 186 aa  213  9e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1883  peptide deformylase  63.48 
 
 		 178 aa  213  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0735735 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2202  peptide deformylase  63.44 
 
 		 186 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.113404  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3102  peptide deformylase  62.57 
 
 		 200 aa  206  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0798593  normal  0.280796 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  58.14 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  58.24 
 
 		 177 aa  197  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4855  peptide deformylase  57.54 
 
 		 179 aa  191  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  46.75 
 
 		 181 aa  150  7e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1044  peptide deformylase  50.94 
 
 		 169 aa  145  3e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2068  peptide deformylase  47.09 
 
 		 207 aa  141  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000124713 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3284  peptide deformylase  45.18 
 
 		 176 aa  127  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.373391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2486  peptide deformylase  43.03 
 
 		 178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.176168  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  38.61 
 
 		 172 aa  117  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  40 
 
 		 172 aa  117  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  40.99 
 
 		 168 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0374  peptide deformylase  39.2 
 
 		 209 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  40.37 
 
 		 168 aa  112  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  39.75 
 
 		 168 aa  110  8.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  39.13 
 
 		 168 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  38.51 
 
 		 168 aa  107  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  37.27 
 
 		 168 aa  107  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  42.07 
 
 		 176 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3916  peptide deformylase  39.26 
 
 		 208 aa  106  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.511454  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  40.26 
 
 		 182 aa  106  2e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1964  peptide deformylase  40.12 
 
 		 219 aa  106  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000418525  hitchhiker  0.000000552794 
 
 
-
 
NC_002620  TC0632  peptide deformylase  42.17 
 
 		 181 aa  105  3e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  38.46 
 
 		 190 aa  105  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  39.13 
 
 		 168 aa  105  5e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2186  peptide deformylase  40 
 
 		 190 aa  103  9e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000219506 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3475  peptide deformylase  40.7 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000032021  decreased coverage  0.000233702 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  39.22 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  37.91 
 
 		 181 aa  102  2e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1052  peptide deformylase  39.23 
 
 		 185 aa  102  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.771095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2533  peptide deformylase  42.42 
 
 		 188 aa  102  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  38.22 
 
 		 170 aa  100  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  39.75 
 
 		 168 aa  99.8  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1718  peptide deformylase  38.51 
 
 		 183 aa  99.4  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0107997  hitchhiker  0.00219347 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  41.1 
 
 		 182 aa  99.8  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1371  peptide deformylase  38.65 
 
 		 191 aa  99  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2436  peptide deformylase  40.46 
 
 		 190 aa  99  3e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.108704  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  38.27 
 
 		 167 aa  99.4  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  39.75 
 
 		 168 aa  98.6  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1726  peptide deformylase  40.54 
 
 		 221 aa  98.6  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2648  hypothetical protein  41.83 
 
 		 170 aa  98.2  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2518  hypothetical protein  41.83 
 
 		 170 aa  98.2  6e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4914  peptide deformylase  41.36 
 
 		 190 aa  98.2  6e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0029  peptide deformylase  37.04 
 
 		 171 aa  97.8  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35850  Peptide deformylase, mitochondrial  35.98 
 
 		 274 aa  97.4  9e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0830  peptide deformylase  39.31 
 
 		 187 aa  97.1  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.139175  normal  0.098116 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0607  peptide deformylase  38.79 
 
 		 189 aa  97.1  1e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000152788  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2066  peptide deformylase  40 
 
 		 187 aa  96.7  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.166948 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1340  peptide deformylase  39.31 
 
 		 192 aa  96.7  2e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.457747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2912  peptide deformylase  38.22 
 
 		 168 aa  96.7  2e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305712  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  38.51 
 
 		 168 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1704  peptide deformylase  36.65 
 
 		 152 aa  95.9  3e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  38.51 
 
 		 168 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1664  peptide deformylase  39.1 
 
 		 204 aa  95.1  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000323293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>