More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1633 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1633  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 210 aa  428  1e-119  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.124131  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0081  transcriptional regulator, TetR family  39.71 
 
 		 211 aa  177  8e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0536  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 204 aa  109  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.613933  normal  0.25181 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1837  TetR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 202 aa  108  6e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3293  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 200 aa  106  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000151669  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 204 aa  106  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0322  transcriptional regulator, TetR family  30.62 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.541277 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04360  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 194 aa  98.6  7e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1692  transcriptional regulator, TetR family  29.53 
 
 		 224 aa  87.4  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3295  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 208 aa  81.6  0.000000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1444  transcriptional regulator, TetR family  34.68 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0101817  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2456  transcriptional regulator, TetR family  30.43 
 
 		 211 aa  79.3  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0797268  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1720  TetR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 200 aa  72  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 199 aa  67.4  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03730  transcriptional regulator, TetR family  49.18 
 
 		 215 aa  65.5  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3090  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 218 aa  63.9  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.595832  hitchhiker  0.000923351 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0969  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.19098 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03740  transcriptional regulator, TetR family  48.33 
 
 		 221 aa  58.9  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23280  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0511  transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 225 aa  56.6  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3834  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000963392 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2592  transcriptional regulator, TetR family  21.97 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000712719  hitchhiker  0.00165626 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2899  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.71 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2811  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.71 
 
 		 236 aa  55.1  0.0000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 196 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 221 aa  53.1  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4522  transcriptional regulator, TetR family  22.56 
 
 		 191 aa  52.4  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.828993  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  29.25 
 
 		 219 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 217 aa  51.6  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13490  transcriptional regulator  31.15 
 
 		 213 aa  51.6  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1330  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.57 
 
 		 232 aa  51.6  0.000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.745262  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0654  transcriptional regulator, TetR family  29.82 
 
 		 185 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 238 aa  50.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0483  TetR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 225 aa  51.2  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 214 aa  51.6  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 207 aa  50.8  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0457  TetR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4675  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2372  transcriptional regulator, TetR family  22.81 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 213 aa  50.4  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1759  transcriptional regulator, TetR family  29.7 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3277  TetR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 275 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3578  TetR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00935563  normal  0.0256006 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2815  transcriptional regulator, TetR family  25.62 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000266483 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  27.27 
 
 		 222 aa  50.8  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3796  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 275 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.323175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3562  TetR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 216 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  30.88 
 
 		 196 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9073  putative transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 193 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 222 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0191  TetR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 210 aa  49.7  0.00004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 223 aa  49.3  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4681  TetR family transcriptional regulator  42 
 
 		 283 aa  48.9  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.433841  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2282  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 192 aa  48.9  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 217 aa  49.3  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2508  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 217 aa  49.3  0.00005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6827  putative transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 200 aa  48.9  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0995041 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3140  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 212 aa  49.3  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  48.5  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  48.9  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 217 aa  48.5  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6345  transcriptional regulator, TetR family  41.67 
 
 		 241 aa  48.9  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 189 aa  48.9  0.00006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 189 aa  48.9  0.00006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2110  transcriptional regulator, TetR family  22.04 
 
 		 200 aa  48.5  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0942807  normal  0.362877 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1986  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 218 aa  48.5  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0191052  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0446  TetR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 220 aa  48.5  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.73057 
 
 
-
 
NC_002936  DET1436  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 125 aa  48.5  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000772402  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3363  TetR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 244 aa  48.5  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0676561  hitchhiker  0.0000000000000226443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 216 aa  48.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  24.38 
 
 		 217 aa  48.1  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0246  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.330264  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8998  putative transcriptional regulator, TetR family  20.75 
 
 		 229 aa  47.8  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.115445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  24 
 
 		 201 aa  48.1  0.0001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1218  transcriptional regulator, TetR family  32.97 
 
 		 206 aa  47.8  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3316  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 249 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.655704  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3834  transcriptional regulator, TetR family  43.14 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1957  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 194 aa  47.8  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1550  TetR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 214 aa  47.8  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.147371  normal  0.894594 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2917  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 218 aa  47.8  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3482  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 248 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0660414  normal  0.032442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2692  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 195 aa  48.1  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0713  transcriptional regulator BetI  31.43 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0124161  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5593  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.531399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0772  transcriptional regulator, TetR family  25.23 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0455  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.366206  normal  0.106872 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3349  TetR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 209 aa  48.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.545743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 242 aa  47.8  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0022  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 224 aa  48.1  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2636  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 204 aa  47  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4003  transcriptional regulator, TetR family  42.31 
 
 		 242 aa  47  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  34.78 
 
 		 213 aa  47  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1584  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>