More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_0034 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  379  1e-104  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 189 aa  379  1e-104  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 		 219 aa  86.7  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 196 aa  84  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0662  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 205 aa  83.2  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 218 aa  81.3  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5527  transcriptional regulator, TetR family  37.86 
 
 		 203 aa  79  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0828  transcriptional regulator, TetR family  32.82 
 
 		 195 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  36 
 
 		 194 aa  74.7  0.0000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0109  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2592  transcriptional regulator, TetR family  25.26 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.119823  normal  0.0690788 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3466  TetR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 200 aa  72.4  0.000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2214  transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.411668  normal  0.665917 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3035  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 225 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.489456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 209 aa  69.7  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2058  transcriptional regulator, TetR family  26.43 
 
 		 213 aa  68.9  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00904468  normal  0.0313266 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1000  regulatory protein, TetR  23.76 
 
 		 242 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3290  transcriptional regulator, TetR family  29.33 
 
 		 225 aa  68.9  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.413178  normal  0.0802991 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 291 aa  68.6  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0280  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.980178  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0294  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 227 aa  68.6  0.00000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136884  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1739  tetracycline transcriptional regulator YcdC domain-containing protein  24.67 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  31.18 
 
 		 227 aa  68.2  0.00000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1074  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 213 aa  68.2  0.00000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.739181  hitchhiker  0.00943768 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 242 aa  68.2  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00759  transcriptional regulator, TetR family protein  29.25 
 
 		 224 aa  67.8  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3225  TetR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 195 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2041  TetR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 211 aa  67.4  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1158  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 218 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.91676  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4589  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 198 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.447268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0177  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0318  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 198 aa  66.6  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.701446 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1709  transcriptional regulator, TetR family  25.45 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.922562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1936  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 193 aa  66.2  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0765  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 228 aa  66.2  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  23.28 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1459  TetR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 203 aa  65.5  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.540117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2365  TetR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 213 aa  65.1  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227272  normal  0.96994 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 214 aa  65.1  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  32.58 
 
 		 211 aa  64.7  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1159  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0991  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 190 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2917  TetR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 218 aa  64.3  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.761743  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 190 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  26.74 
 
 		 208 aa  63.5  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  22.75 
 
 		 226 aa  63.2  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3836  TetR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.487675  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  24.07 
 
 		 209 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 190 aa  62.4  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26580  transcriptional regulator, TetR family  20.65 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0994293 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0833  TetR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 190 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3453  transcriptional regulator TetR family  25.83 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4111  regulatory protein, TetR  25.81 
 
 		 211 aa  62.4  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  28.12 
 
 		 209 aa  62  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 210 aa  62  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 231 aa  62  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 217 aa  62  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08440  transcriptional regulator, TetR family  30.97 
 
 		 190 aa  62  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4652  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4421  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4260  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4272  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4762  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4637  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 335 aa  61.6  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 222 aa  61.6  0.000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 217 aa  61.6  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4711  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 228 aa  61.6  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.133874 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4353  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 195 aa  61.6  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 223 aa  61.6  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0033  TetR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 256 aa  61.2  0.000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0196  transcriptional regulator, TetR family  26.38 
 
 		 200 aa  61.2  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0125  TetR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 238 aa  61.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.493759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 195 aa  61.2  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3721  transcriptional regulator, TetR family  24.1 
 
 		 260 aa  61.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.249433  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0370  TetR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 193 aa  60.5  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4653  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5419  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.752491  normal  0.799332 
 
 
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NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  30.28 
 
 		 194 aa  60.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013889  TK90_1922  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 201 aa  60.8  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011725  BCB4264_A4633  transcriptional regulator, TetR family  31.1 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.169287  n/a   
 
 
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NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  26.88 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
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NC_009952  Dshi_3038  transcriptional regulator  24.43 
 
 		 230 aa  61.2  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009049  Rsph17029_1819  TetR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.191224 
 
 
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NC_007802  Jann_2710  TetR family transcriptional regulator  24.68 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.466457  normal  0.498996 
 
 
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NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 232 aa  59.7  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
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