More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3140 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_3140  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  430  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4675  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 217 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23280  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 225 aa  135  4e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0969  TetR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.19098 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3834  TetR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 216 aa  111  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000963392 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03740  transcriptional regulator, TetR family  28.89 
 
 		 221 aa  104  9e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03730  transcriptional regulator, TetR family  25.63 
 
 		 215 aa  90.1  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3834  transcriptional regulator, TetR family  31.35 
 
 		 218 aa  81.3  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1584  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 211 aa  75.9  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3090  TetR family transcriptional regulator  20.75 
 
 		 218 aa  73.6  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.595832  hitchhiker  0.000923351 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0688  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1710  transcriptional regulator  53.23 
 
 		 214 aa  68.6  0.00000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2592  transcriptional regulator, TetR family  25.27 
 
 		 205 aa  68.2  0.0000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000712719  hitchhiker  0.00165626 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1692  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3060  TetR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0482313 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0322  transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.541277 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1837  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4215  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 229 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.582437  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4281  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 229 aa  62  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.439471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4442  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 229 aa  62  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04360  transcriptional regulator  27.69 
 
 		 194 aa  59.3  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0683  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000557469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10234  TetR/AcrR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 229 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1859  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0639  TetR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 220 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.307578  hitchhiker  0.000146714 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2161  transcriptional regulator, TetR family  37.04 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3467  TetR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.170203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4569  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 220 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000245113  hitchhiker  0.00602594 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0612  TetR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.136679  normal  0.487596 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3295  transcriptional regulator, TetR family  23.94 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0594  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 247 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0201579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1550  TetR family transcriptional regulator  34 
 
 		 214 aa  55.5  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.147371  normal  0.894594 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0634  TetR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000435144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1526  transcriptional regulator, TetR family  32.35 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000234923  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  30.14 
 
 		 190 aa  55.5  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2456  transcriptional regulator, TetR family  40.91 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0797268  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1444  transcriptional regulator, TetR family  41.82 
 
 		 225 aa  55.1  0.0000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0101817  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0081  transcriptional regulator, TetR family  39.06 
 
 		 211 aa  54.3  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0228  TetR family transcriptional regulator  24 
 
 		 205 aa  54.7  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.728602  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0675  regulatory protein, TetR  32.97 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0995  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 190 aa  54.7  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.713352  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1159  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0771  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.353788  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  29.45 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0991  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 190 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 190 aa  53.1  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1759  transcriptional regulator  38.57 
 
 		 173 aa  52.4  0.000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 		 200 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3293  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 200 aa  52.8  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000151669  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1468  transcriptional regulator, TetR family  28.3 
 
 		 190 aa  52.8  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2282  TetR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 217 aa  52.4  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0177  TetR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 190 aa  52.4  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1039  TetR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 213 aa  52.4  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0390412  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0833  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 190 aa  52  0.000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0464  TetR family transcriptional regulator  19.91 
 
 		 215 aa  52  0.000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 215 aa  52  0.000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2948  TetR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 191 aa  51.6  0.000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1778  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 199 aa  51.6  0.000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0789135  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1211  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 		 227 aa  51.6  0.000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 217 aa  51.6  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4876  TetR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 208 aa  51.6  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0224524  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 		 217 aa  51.2  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1100  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 196 aa  51.2  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5045  transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.301448 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  28.38 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1938  transcriptional regulator, TetR family  43.86 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.165177  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 228 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 217 aa  50.1  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1255  TetR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 200 aa  49.7  0.00003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1720  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 200 aa  50.1  0.00003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0652  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00127288  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 214 aa  49.7  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0908  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 200 aa  49.3  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.376971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2226  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1885  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 204 aa  49.3  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.393011  normal  0.0927704 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  25.86 
 
 		 196 aa  49.3  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1150  TetR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 222 aa  49.3  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2601  regulatory protein, TetR  21.36 
 
 		 224 aa  49.7  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.354794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1633  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 210 aa  49.3  0.00004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.124131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 217 aa  48.9  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  25.86 
 
 		 196 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0888  TetR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 203 aa  48.9  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 215 aa  48.5  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 222 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 206 aa  48.9  0.00006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1987  TetR family transcriptional regulator  22.6 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2024  transcriptional regulator, TetR family  25.43 
 
 		 192 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.180766  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01577  hypothetical protein  25.43 
 
 		 196 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.98021  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2330  transcriptional regulator UidR  25.43 
 
 		 195 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  26.97 
 
 		 220 aa  48.5  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1581  transcriptional regulator UidR  25.43 
 
 		 192 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1693  transcriptional regulator UidR  25.43 
 
 		 196 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2012  TetR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 196 aa  48.5  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.952906  normal  0.615913 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>