More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4198 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 303 aa  628  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  78.6 
 
 		 301 aa  461  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  77.33 
 
 		 301 aa  457  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  71.58 
 
 		 292 aa  399  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  67.46 
 
 		 303 aa  385  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  67.46 
 
 		 303 aa  385  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  66.55 
 
 		 293 aa  385  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  69.49 
 
 		 300 aa  382  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  57.65 
 
 		 289 aa  305  4.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  56.07 
 
 		 290 aa  299  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  56.79 
 
 		 297 aa  297  2e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 293 aa  293  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  56.29 
 
 		 293 aa  291  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  55.24 
 
 		 293 aa  288  6e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  54.04 
 
 		 288 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  52.22 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  54.42 
 
 		 293 aa  279  3e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  51.88 
 
 		 296 aa  278  6e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  53.87 
 
 		 293 aa  276  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 325 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  52.56 
 
 		 296 aa  268  7e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  46.37 
 
 		 290 aa  243  3e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  44.67 
 
 		 282 aa  236  3e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  48.6 
 
 		 293 aa  235  8e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  45.96 
 
 		 290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  44.07 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  45.61 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  42.66 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  39.43 
 
 		 280 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  42.65 
 
 		 277 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  38.73 
 
 		 281 aa  171  1e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  40.58 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  38.16 
 
 		 282 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  43.59 
 
 		 275 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  34.78 
 
 		 282 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  35.48 
 
 		 267 aa  161  1e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  39.29 
 
 		 278 aa  159  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  35.47 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  37.89 
 
 		 275 aa  158  1e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  36.75 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  34.41 
 
 		 267 aa  157  2e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  33.67 
 
 		 407 aa  155  7e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  35.4 
 
 		 278 aa  155  8e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 279 aa  154  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  35.52 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  34.59 
 
 		 281 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  36.53 
 
 		 275 aa  153  4e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  31.86 
 
 		 286 aa  152  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  34.27 
 
 		 281 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  36.17 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  34.51 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  35.19 
 
 		 277 aa  150  2e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  31.38 
 
 		 286 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 277 aa  150  3e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  34.27 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  33.92 
 
 		 281 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  33.89 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  31.19 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  36.55 
 
 		 283 aa  149  8e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  34.75 
 
 		 276 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  33.69 
 
 		 269 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  33.69 
 
 		 269 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  33.67 
 
 		 387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  34.14 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  36.12 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  34.13 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  33.56 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  34.8 
 
 		 282 aa  147  3e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  31.19 
 
 		 286 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  34.13 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  33.67 
 
 		 278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  34.13 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  34.13 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  33.67 
 
 		 278 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15041  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.476128 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  31.99 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  33.45 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  35.48 
 
 		 268 aa  144  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  35.97 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  34.78 
 
 		 288 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08761  diaminopimelate epimerase  30.74 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0472927  hitchhiker  0.000801401 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  32.62 
 
 		 269 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  34.16 
 
 		 278 aa  144  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  36.91 
 
 		 295 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  32.65 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  32.89 
 
 		 282 aa  142  6e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  33.22 
 
 		 278 aa  142  9e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  37.15 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  34.15 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  35.11 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  35.69 
 
 		 274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  33.67 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  34.48 
 
 		 281 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  36.01 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  34.62 
 
 		 279 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>