More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0372 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 289 aa  601  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  81.44 
 
 		 297 aa  476  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  81.44 
 
 		 290 aa  473  1e-132  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  80.77 
 
 		 293 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  81.53 
 
 		 293 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  81.4 
 
 		 293 aa  463  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  78.2 
 
 		 288 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  62.84 
 
 		 293 aa  328  8e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  62.03 
 
 		 293 aa  325  7e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  59.8 
 
 		 296 aa  323  2e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  59.46 
 
 		 296 aa  322  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  60.92 
 
 		 293 aa  319  3e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  57.91 
 
 		 325 aa  314  9.999999999999999e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  59.21 
 
 		 300 aa  305  6e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  57.04 
 
 		 303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  57.04 
 
 		 303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  56.84 
 
 		 301 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  56.84 
 
 		 301 aa  299  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  56.76 
 
 		 296 aa  297  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  57.88 
 
 		 292 aa  294  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  51.52 
 
 		 297 aa  287  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  57.65 
 
 		 303 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  51.55 
 
 		 290 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  51.89 
 
 		 293 aa  277  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  50.17 
 
 		 290 aa  275  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  46.55 
 
 		 289 aa  249  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  42.86 
 
 		 279 aa  223  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  43.45 
 
 		 280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  44.98 
 
 		 277 aa  218  1e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  46.43 
 
 		 275 aa  209  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  41.4 
 
 		 281 aa  208  7e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  43.16 
 
 		 282 aa  207  1e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  41.4 
 
 		 275 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  41.67 
 
 		 282 aa  198  9e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  37.45 
 
 		 267 aa  191  1e-47  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  36 
 
 		 267 aa  186  3e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  40.81 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  40.85 
 
 		 274 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 308 aa  181  2e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  39.86 
 
 		 268 aa  179  5.999999999999999e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  38.75 
 
 		 278 aa  179  7e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  36.07 
 
 		 269 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  36.07 
 
 		 269 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  37.46 
 
 		 277 aa  176  3e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  39.13 
 
 		 274 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  39.78 
 
 		 280 aa  176  4e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 277 aa  175  6e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  37.1 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 		 279 aa  174  1.9999999999999998e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  37.98 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  39.29 
 
 		 276 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  35.86 
 
 		 282 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 		 281 aa  172  7.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  39.13 
 
 		 274 aa  172  7.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 269 aa  171  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  39.66 
 
 		 278 aa  171  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  35.92 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 293 aa  170  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  37.1 
 
 		 280 aa  170  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  35.21 
 
 		 278 aa  171  2e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  37.01 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 287 aa  169  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 		 290 aa  169  6e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  41.03 
 
 		 275 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  38.62 
 
 		 276 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0095  diaminopimelate epimerase  34.8 
 
 		 266 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.567794 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  38.04 
 
 		 274 aa  168  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 281 aa  168  9e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  36.93 
 
 		 334 aa  168  1e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0899  diaminopimelate epimerase  40.21 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  36.93 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  38.65 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  38.13 
 
 		 274 aa  167  2e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  36.59 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  36.07 
 
 		 281 aa  166  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  34.36 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  37.68 
 
 		 274 aa  166  4e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  35.19 
 
 		 284 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  37.72 
 
 		 283 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  38.87 
 
 		 288 aa  165  6.9999999999999995e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  38.04 
 
 		 274 aa  165  8e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  37.76 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  38.04 
 
 		 276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  39.79 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  37.14 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  35.76 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  38.99 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  36.01 
 
 		 278 aa  163  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  35.42 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>