More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0359 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 293 aa  600  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  91.81 
 
 		 293 aa  541  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  89.08 
 
 		 293 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  81.82 
 
 		 297 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  81.4 
 
 		 289 aa  463  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  79.09 
 
 		 288 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  77.97 
 
 		 290 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  60 
 
 		 296 aa  315  6e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 296 aa  315  8e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  62.09 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  62.37 
 
 		 293 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  61.36 
 
 		 293 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  61.01 
 
 		 300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  56.84 
 
 		 303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  56.84 
 
 		 303 aa  303  3.0000000000000004e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  57.68 
 
 		 325 aa  298  9e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  57.65 
 
 		 301 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  56.21 
 
 		 301 aa  295  9e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  58.24 
 
 		 292 aa  289  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  54.33 
 
 		 290 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  50.85 
 
 		 297 aa  276  2e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  50.69 
 
 		 290 aa  268  8e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  51.22 
 
 		 293 aa  268  1e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  55.24 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  48.77 
 
 		 289 aa  248  7e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  45.68 
 
 		 280 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  44.84 
 
 		 279 aa  219  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  48.23 
 
 		 277 aa  217  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  46.59 
 
 		 275 aa  209  6e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  43.36 
 
 		 282 aa  207  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  44.53 
 
 		 275 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  41.64 
 
 		 281 aa  199  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  43.88 
 
 		 282 aa  196  5.000000000000001e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  38.69 
 
 		 267 aa  191  1e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  39.29 
 
 		 281 aa  187  1e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  37.96 
 
 		 267 aa  188  1e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  41.22 
 
 		 268 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  42.35 
 
 		 274 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  38.93 
 
 		 281 aa  186  4e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  38.27 
 
 		 308 aa  185  8e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  40.07 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  41.43 
 
 		 280 aa  182  5.0000000000000004e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  36.99 
 
 		 282 aa  179  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  36.2 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  36.65 
 
 		 277 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  40.29 
 
 		 276 aa  176  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  35.59 
 
 		 280 aa  176  5e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  38.52 
 
 		 279 aa  176  6e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  40.49 
 
 		 297 aa  175  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 		 278 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  40.7 
 
 		 288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  40.14 
 
 		 279 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  38.41 
 
 		 274 aa  173  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  39.13 
 
 		 274 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4629  diaminopimelate epimerase  35.61 
 
 		 269 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000265381 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  36.27 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  39.78 
 
 		 292 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  37.37 
 
 		 281 aa  172  6.999999999999999e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  38.11 
 
 		 279 aa  172  6.999999999999999e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  37.93 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  35 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  37.55 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  35.61 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  35.61 
 
 		 269 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  38.65 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  39.13 
 
 		 276 aa  170  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  38.04 
 
 		 274 aa  168  8e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  168  9e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 278 aa  167  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  40.28 
 
 		 276 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  36.75 
 
 		 283 aa  167  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 277 aa  167  1e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  33.67 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1610  diaminopimelate epimerase  37.09 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  39.07 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  33.33 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  39.27 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  37.19 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  35.21 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  35.56 
 
 		 295 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  36.43 
 
 		 281 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 276 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  37.86 
 
 		 283 aa  166  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  36.77 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  35.48 
 
 		 274 aa  166  5.9999999999999996e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  38.43 
 
 		 299 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  32.99 
 
 		 288 aa  165  8e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  37.09 
 
 		 276 aa  165  9e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  37.05 
 
 		 274 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  37.05 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  37.05 
 
 		 274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  32.99 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>