More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2928 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 274 aa  547  1e-155  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  73.23 
 
 		 268 aa  389  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  65.56 
 
 		 275 aa  321  6e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  42.05 
 
 		 267 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  48.94 
 
 		 279 aa  232  5e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  42.59 
 
 		 267 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  48.18 
 
 		 280 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  47.84 
 
 		 277 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  47.12 
 
 		 276 aa  224  9e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  50 
 
 		 281 aa  224  2e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  48.57 
 
 		 278 aa  223  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  49.04 
 
 		 282 aa  221  8e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  47.37 
 
 		 277 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  44.8 
 
 		 290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  44.14 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  43.9 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 		 293 aa  209  4e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  46.81 
 
 		 293 aa  208  6e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1200  diaminopimelate epimerase  46.43 
 
 		 287 aa  208  7e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0570214  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  41.28 
 
 		 280 aa  208  9e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  39.79 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  45.85 
 
 		 276 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  46.39 
 
 		 275 aa  207  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  43.25 
 
 		 288 aa  206  5e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  43.8 
 
 		 276 aa  205  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  43.45 
 
 		 287 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  45.13 
 
 		 276 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  43.53 
 
 		 277 aa  202  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  41.58 
 
 		 284 aa  202  4e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 		 276 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  42.7 
 
 		 276 aa  202  5e-51  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002111  diaminopimelate epimerase  44.16 
 
 		 276 aa  202  6e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  45.8 
 
 		 297 aa  201  8e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 286 aa  201  8e-51  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0183  diaminopimelate epimerase  45.49 
 
 		 276 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  201  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 286 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47710  diaminopimelate epimerase  46.21 
 
 		 276 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 276 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  42.42 
 
 		 299 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  43.49 
 
 		 274 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  40.65 
 
 		 282 aa  200  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  37.86 
 
 		 286 aa  199  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  44.77 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  44.77 
 
 		 276 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  42.86 
 
 		 289 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5228  diaminopimelate epimerase  45.52 
 
 		 287 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3983  diaminopimelate epimerase  44.24 
 
 		 274 aa  199  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.983346  normal  0.2689 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0183  diaminopimelate epimerase  43.49 
 
 		 274 aa  199  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190067  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  42.49 
 
 		 283 aa  199  5e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  45 
 
 		 277 aa  199  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5289  diaminopimelate epimerase  45.16 
 
 		 276 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 277 aa  198  7e-50  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5137  diaminopimelate epimerase  44.77 
 
 		 276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.91439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  39.01 
 
 		 277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  46.21 
 
 		 278 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  38.65 
 
 		 277 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  48.28 
 
 		 275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  40.57 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  42.56 
 
 		 288 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  41.3 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0232  diaminopimelate epimerase  42.59 
 
 		 274 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.596238  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  43.41 
 
 		 263 aa  196  3e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2006  diaminopimelate epimerase  41.9 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5499  diaminopimelate epimerase  44.88 
 
 		 276 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  42.32 
 
 		 289 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  42.21 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  42.38 
 
 		 274 aa  196  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  45.45 
 
 		 276 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 279 aa  196  4.0000000000000005e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  40.21 
 
 		 295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  42.18 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  43.12 
 
 		 274 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0799  diaminopimelate epimerase  41.18 
 
 		 292 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  43.12 
 
 		 274 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  43.12 
 
 		 274 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  41.18 
 
 		 292 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  43.12 
 
 		 274 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  43.12 
 
 		 274 aa  196  5.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3435  diaminopimelate epimerase  41.52 
 
 		 295 aa  195  6e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  43.75 
 
 		 297 aa  195  8.000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  41.11 
 
 		 286 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2542  diaminopimelate epimerase  44.04 
 
 		 277 aa  194  9e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0836815  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0137  diaminopimelate epimerase  45.33 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  41.67 
 
 		 281 aa  194  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  43.75 
 
 		 288 aa  194  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  41.5 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>