More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2720 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 296 aa  598  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  98.99 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  93.92 
 
 		 296 aa  526  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  81.79 
 
 		 325 aa  477  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  75.09 
 
 		 293 aa  418  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  72.01 
 
 		 293 aa  401  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  60.88 
 
 		 288 aa  331  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  59.8 
 
 		 289 aa  324  1e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  58.45 
 
 		 297 aa  323  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 293 aa  318  7e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  60 
 
 		 293 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  55 
 
 		 297 aa  312  3.9999999999999997e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  58.16 
 
 		 293 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  57.77 
 
 		 290 aa  308  5e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  56.38 
 
 		 303 aa  297  2e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  56.38 
 
 		 303 aa  297  2e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  55.87 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  58.87 
 
 		 300 aa  294  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  57.5 
 
 		 292 aa  293  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  55.29 
 
 		 290 aa  290  3e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  54.27 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  53.92 
 
 		 301 aa  287  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  52.7 
 
 		 303 aa  258  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  52.38 
 
 		 293 aa  252  7e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  49.83 
 
 		 290 aa  233  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  47.72 
 
 		 289 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  47.6 
 
 		 277 aa  223  4e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  46.53 
 
 		 280 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  47.35 
 
 		 275 aa  217  2e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  45 
 
 		 282 aa  212  5.999999999999999e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  44.37 
 
 		 279 aa  212  7e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  43.42 
 
 		 275 aa  209  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  43.71 
 
 		 282 aa  203  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  42.2 
 
 		 281 aa  202  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  45.79 
 
 		 294 aa  201  8e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  38.35 
 
 		 267 aa  198  9e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  43.87 
 
 		 268 aa  197  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  44.95 
 
 		 278 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  38.21 
 
 		 267 aa  194  2e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  44.6 
 
 		 276 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  44.06 
 
 		 278 aa  192  8e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  45.22 
 
 		 274 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  43.8 
 
 		 280 aa  185  9e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  38.11 
 
 		 277 aa  183  3e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  42.49 
 
 		 277 aa  183  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 		 286 aa  183  4.0000000000000006e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  39.02 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  37.41 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  39.02 
 
 		 286 aa  180  2.9999999999999997e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  37.06 
 
 		 277 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 282 aa  178  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  40.5 
 
 		 263 aa  178  1e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  41.94 
 
 		 287 aa  178  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  36.27 
 
 		 292 aa  178  1e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  39.64 
 
 		 278 aa  175  7e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  38.03 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 		 279 aa  175  9.999999999999999e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  40.29 
 
 		 276 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  45.79 
 
 		 275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  37.28 
 
 		 274 aa  172  6.999999999999999e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  42.5 
 
 		 281 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 293 aa  171  9e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0266  diaminopimelate epimerase  41.49 
 
 		 276 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  39.3 
 
 		 281 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  38.44 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  38.49 
 
 		 278 aa  170  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_34582  predicted protein  39.08 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  38.54 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3739  diaminopimelate epimerase  42.28 
 
 		 278 aa  169  6e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351695 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09701  diaminopimelate epimerase  35.14 
 
 		 286 aa  169  7e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0227672  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 284 aa  168  8e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  39.19 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  38.14 
 
 		 292 aa  167  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  39.04 
 
 		 280 aa  168  1e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  38.08 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3975  diaminopimelate epimerase  38.04 
 
 		 274 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  38.23 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  37.99 
 
 		 277 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  38.25 
 
 		 287 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  40.29 
 
 		 276 aa  166  4e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  38.65 
 
 		 283 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  34.53 
 
 		 288 aa  165  8e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  34.31 
 
 		 288 aa  165  9e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  34.64 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  40.49 
 
 		 279 aa  164  1.0000000000000001e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0224  diaminopimelate epimerase  40.83 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  35.64 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  37.05 
 
 		 284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6021  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.449975  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  36.14 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  37.32 
 
 		 274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69690  diaminopimelate epimerase  39.93 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0119345  normal  0.292475 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  33.99 
 
 		 288 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  35.86 
 
 		 286 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>