More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0183 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0183  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 293 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3656  diaminopimelate epimerase  86.69 
 
 		 293 aa  479  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0381626  hitchhiker  0.0055401 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2947  Diaminopimelate epimerase  74.74 
 
 		 296 aa  424  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.13292  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5335  diaminopimelate epimerase  75.59 
 
 		 325 aa  427  1e-118  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2720  diaminopimelate epimerase  75.09 
 
 		 296 aa  425  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.991154 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2842  Diaminopimelate epimerase  75.77 
 
 		 296 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0231315  normal  0.30071 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0372  diaminopimelate epimerase  62.03 
 
 		 289 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  0.800614 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0215  diaminopimelate epimerase  60.88 
 
 		 288 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.388683  normal  0.0159433 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2776  diaminopimelate epimerase  59.66 
 
 		 297 aa  317  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0505261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0359  diaminopimelate epimerase  61.36 
 
 		 293 aa  316  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.281765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0251  diaminopimelate epimerase  60.2 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.185112  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3404  diaminopimelate epimerase  55.93 
 
 		 297 aa  310  2.9999999999999997e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.410121 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3575  diaminopimelate epimerase  58.64 
 
 		 290 aa  308  8e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0514  diaminopimelate epimerase  58.9 
 
 		 293 aa  300  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.2458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1850  Diaminopimelate epimerase  58.16 
 
 		 290 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.501367 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3748  diaminopimelate epimerase  57.39 
 
 		 301 aa  295  8e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4071  diaminopimelate epimerase  57.39 
 
 		 301 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0927  diaminopimelate epimerase  59.5 
 
 		 300 aa  293  3e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3093  diaminopimelate epimerase  59.42 
 
 		 292 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.99362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3391  diaminopimelate epimerase  55.75 
 
 		 293 aa  292  5e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1932  diaminopimelate epimerase  55.91 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1859  diaminopimelate epimerase  55.91 
 
 		 303 aa  290  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225197  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1415  diaminopimelate epimerase  54.18 
 
 		 293 aa  269  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4198  diaminopimelate epimerase  53.68 
 
 		 303 aa  262  4.999999999999999e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0411  diaminopimelate epimerase  51.68 
 
 		 290 aa  248  8e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4868  diaminopimelate epimerase  48.78 
 
 		 289 aa  230  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2498  diaminopimelate epimerase  49.13 
 
 		 277 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0760107  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1183  diaminopimelate epimerase  44.72 
 
 		 280 aa  211  7.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.147631  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0019  diaminopimelate epimerase  44.8 
 
 		 282 aa  211  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1402  diaminopimelate epimerase  45.04 
 
 		 275 aa  206  3e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0816431  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0019  diaminopimelate epimerase  46.67 
 
 		 294 aa  203  2e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2809  diaminopimelate epimerase  45.56 
 
 		 275 aa  202  6e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3228  diaminopimelate epimerase  45.45 
 
 		 282 aa  202  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0035809  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0318  diaminopimelate epimerase  42.91 
 
 		 281 aa  201  8e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0523  Diaminopimelate epimerase  44.1 
 
 		 279 aa  198  7.999999999999999e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2979  diaminopimelate epimerase  44.72 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583058 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  40.14 
 
 		 280 aa  185  6e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2730  diaminopimelate epimerase  43.53 
 
 		 268 aa  185  8e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0948067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2595  diaminopimelate epimerase  44.37 
 
 		 278 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0936  diaminopimelate epimerase  43.31 
 
 		 276 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0050  diaminopimelate epimerase  36.73 
 
 		 267 aa  181  1e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.184283  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0026  diaminopimelate epimerase  36.36 
 
 		 267 aa  179  4e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  36.93 
 
 		 278 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  37.59 
 
 		 283 aa  175  7e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2928  diaminopimelate epimerase  43.17 
 
 		 274 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.276892 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  35.05 
 
 		 292 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0395  diaminopimelate epimerase  45.65 
 
 		 275 aa  172  3.9999999999999995e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.47994  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09711  diaminopimelate epimerase  36.21 
 
 		 286 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.646782  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09731  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 286 aa  172  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.137092  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  37.24 
 
 		 282 aa  171  1e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  36.14 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  38.3 
 
 		 281 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  39.72 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  38.79 
 
 		 281 aa  169  3e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0912  diaminopimelate epimerase  34.35 
 
 		 286 aa  169  4e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  39.3 
 
 		 278 aa  169  4e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  37.68 
 
 		 279 aa  169  5e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0349  diaminopimelate epimerase  36.33 
 
 		 293 aa  169  6e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000570655  hitchhiker  0.0000127535 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  35.09 
 
 		 277 aa  169  7e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  34.84 
 
 		 284 aa  168  9e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  38.43 
 
 		 281 aa  168  1e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  35.44 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  41.99 
 
 		 279 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1208  diaminopimelate epimerase  40 
 
 		 263 aa  166  5.9999999999999996e-40  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  37.14 
 
 		 276 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0125  diaminopimelate epimerase  35.09 
 
 		 274 aa  165  5.9999999999999996e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0200  diaminopimelate epimerase  36.55 
 
 		 295 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000663087 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2363  Diaminopimelate epimerase  38.95 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000154753  hitchhiker  0.00000000163815 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  39.1 
 
 		 280 aa  164  1.0000000000000001e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2069  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000531715  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0113  diaminopimelate epimerase  38.85 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067838  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0220  diaminopimelate epimerase  36.21 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0184363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4074  diaminopimelate epimerase  37.37 
 
 		 276 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  36.01 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2743  diaminopimelate epimerase  39.07 
 
 		 288 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0353205  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  36.05 
 
 		 288 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5260  diaminopimelate epimerase  36.14 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5599  diaminopimelate epimerase  36.14 
 
 		 269 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.693414 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3739  diaminopimelate epimerase  42.29 
 
 		 278 aa  162  6e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351695 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  34.97 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  34.97 
 
 		 288 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  35.12 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  35.71 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0182  diaminopimelate epimerase  38.71 
 
 		 274 aa  161  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.998768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  39.43 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  36.46 
 
 		 282 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  34.97 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  36.56 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  35.93 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  37.05 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0126  diaminopimelate epimerase  37.94 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  35.66 
 
 		 278 aa  160  3e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  35.37 
 
 		 288 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  34.75 
 
 		 284 aa  159  5e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  36.2 
 
 		 278 aa  159  5e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00309  diaminopimelate epimerase  38.16 
 
 		 276 aa  159  7e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0405  diaminopimelate epimerase  35.94 
 
 		 283 aa  159  7e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.759979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>