More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2992 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 282 aa  586  1e-166  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  90.78 
 
 		 282 aa  540  1e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  87.81 
 
 		 278 aa  513  1e-144  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  83.87 
 
 		 278 aa  487  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  82.44 
 
 		 278 aa  480  1e-135  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  81 
 
 		 278 aa  481  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  82.08 
 
 		 278 aa  471  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  72.66 
 
 		 279 aa  432  1e-120  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  60.22 
 
 		 280 aa  340  2e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  58.1 
 
 		 280 aa  333  1e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  55.52 
 
 		 277 aa  317  1e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  55.76 
 
 		 284 aa  317  2e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  53.93 
 
 		 277 aa  310  1e-83  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  53.21 
 
 		 277 aa  309  2.9999999999999997e-83  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  53.21 
 
 		 277 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  53.38 
 
 		 287 aa  303  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  53.93 
 
 		 304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  54.09 
 
 		 279 aa  300  1e-80  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  51.07 
 
 		 292 aa  297  1e-79  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  53.74 
 
 		 283 aa  297  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  53.96 
 
 		 278 aa  292  4e-78  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  52.33 
 
 		 288 aa  284  1.0000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0888  diaminopimelate epimerase  53.55 
 
 		 279 aa  283  3.0000000000000004e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000673594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  281  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  280  1e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  280  1e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  280  1e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  280  1e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  280  1e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  280  2e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  48.19 
 
 		 278 aa  280  2e-74  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  53 
 
 		 288 aa  279  3e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  52.65 
 
 		 288 aa  279  4e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  53.45 
 
 		 288 aa  277  1e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  50.72 
 
 		 279 aa  263  2e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  48.06 
 
 		 279 aa  260  2e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  47 
 
 		 282 aa  259  3e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2888  diaminopimelate epimerase  49.82 
 
 		 284 aa  259  4e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  46.74 
 
 		 274 aa  256  2e-67  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  46.59 
 
 		 284 aa  255  6e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  49.1 
 
 		 278 aa  253  2.0000000000000002e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3033  diaminopimelate epimerase  49.46 
 
 		 290 aa  250  2e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  46.67 
 
 		 278 aa  248  7e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  45.96 
 
 		 280 aa  246  2e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  46.29 
 
 		 277 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  45.04 
 
 		 280 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  43.55 
 
 		 281 aa  240  2e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  46.21 
 
 		 292 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  43.8 
 
 		 269 aa  234  9e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  45.74 
 
 		 277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  44.83 
 
 		 288 aa  232  5e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  45.52 
 
 		 292 aa  231  7.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  44.64 
 
 		 288 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  43.16 
 
 		 281 aa  230  2e-59  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  42.81 
 
 		 281 aa  228  7e-59  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  44.68 
 
 		 276 aa  228  9e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 309 aa  227  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  43.79 
 
 		 289 aa  226  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  43.79 
 
 		 309 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  43.79 
 
 		 309 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  42.76 
 
 		 276 aa  225  6e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  43.49 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  42.2 
 
 		 308 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  41.38 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  43.51 
 
 		 282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  42.47 
 
 		 387 aa  219  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  41.16 
 
 		 407 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  42.4 
 
 		 277 aa  218  6e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  42.21 
 
 		 287 aa  219  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  41.49 
 
 		 290 aa  218  7e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  42.47 
 
 		 315 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  42.12 
 
 		 292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0076  diaminopimelate epimerase  41.67 
 
 		 286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0061  diaminopimelate epimerase  43.16 
 
 		 279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0137  diaminopimelate epimerase  45.17 
 
 		 292 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3582  diaminopimelate epimerase  42.76 
 
 		 275 aa  216  4e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.653633  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  44.04 
 
 		 278 aa  216  4e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  40.36 
 
 		 276 aa  216  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0323  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 		 279 aa  216  5e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4308  diaminopimelate epimerase  42.05 
 
 		 275 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3896  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 		 275 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0191841 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3973  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 		 275 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3995  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 		 275 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4089  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 		 275 aa  215  7e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0401553 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0391  diaminopimelate epimerase  42.4 
 
 		 275 aa  215  7e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.749695 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0392  diaminopimelate epimerase  42.05 
 
 		 275 aa  214  9e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3633  diaminopimelate epimerase  42.05 
 
 		 275 aa  214  9e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.476258 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  42.47 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4166  diaminopimelate epimerase  41.13 
 
 		 274 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  41.9 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  40.7 
 
 		 284 aa  213  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2526  diaminopimelate epimerase  41.84 
 
 		 288 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0740  diaminopimelate epimerase  44.52 
 
 		 284 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00112553  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 		 281 aa  212  4.9999999999999996e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1058  diaminopimelate epimerase  40.34 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.553091  normal  0.543638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>