More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0531 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0531  diaminopimelate epimerase  100 
 
 		 282 aa  584  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.46131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2992  diaminopimelate epimerase  90.78 
 
 		 282 aa  540  1e-153  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000459249  normal  0.46742 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3911  diaminopimelate epimerase  87.46 
 
 		 278 aa  513  1e-144  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000014608  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0339  diaminopimelate epimerase  83.51 
 
 		 278 aa  489  1e-137  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.6920099999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0358  diaminopimelate epimerase  82.8 
 
 		 278 aa  484  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000380809  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3323  diaminopimelate epimerase  81.36 
 
 		 278 aa  480  1e-135  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3414  diaminopimelate epimerase  81.36 
 
 		 278 aa  472  1e-132  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0481236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3074  diaminopimelate epimerase  75.27 
 
 		 279 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000185766  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0185  diaminopimelate epimerase  60.36 
 
 		 280 aa  340  1e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00343666  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3100  diaminopimelate epimerase  56.89 
 
 		 280 aa  330  2e-89  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.239794  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1694  diaminopimelate epimerase  56.83 
 
 		 284 aa  320  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0440642  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2322  diaminopimelate epimerase  55 
 
 		 277 aa  317  2e-85  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000212903  hitchhiker  0.00476007 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1738  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 277 aa  308  9e-83  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0724  diaminopimelate epimerase  53.21 
 
 		 277 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0456566  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2345  diaminopimelate epimerase  55.52 
 
 		 279 aa  306  2.0000000000000002e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0004  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 292 aa  306  3e-82  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0554484  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1150  Diaminopimelate epimerase  54.09 
 
 		 287 aa  305  5.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.756006  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0164  diaminopimelate epimerase  52.86 
 
 		 277 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.543882  normal  0.191958 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0630  diaminopimelate epimerase  53.93 
 
 		 304 aa  301  1e-80  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.822901  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3907  Diaminopimelate epimerase  54.09 
 
 		 283 aa  300  2e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.739136  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3545  diaminopimelate epimerase  53.6 
 
 		 288 aa  290  2e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1604  diaminopimelate epimerase  53.24 
 
 		 278 aa  290  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.728905  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0166  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 288 aa  287  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4806  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 288 aa  286  2e-76  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4647  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 288 aa  287  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4667  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 288 aa  286  2e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5170  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 288 aa  286  2e-76  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5076  diaminopimelate epimerase  53.93 
 
 		 288 aa  286  2e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5045  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 288 aa  286  2e-76  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5079  diaminopimelate epimerase  53.57 
 
 		 288 aa  287  2e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5074  diaminopimelate epimerase  53.21 
 
 		 288 aa  285  4e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4756  diaminopimelate epimerase  53.93 
 
 		 288 aa  285  5e-76  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2115  diaminopimelate epimerase  48.19 
 
 		 278 aa  284  1.0000000000000001e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0888  diaminopimelate epimerase  53.38 
 
 		 279 aa  278  6e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000673594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1382  diaminopimelate epimerase  51.44 
 
 		 279 aa  265  5e-70  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2888  diaminopimelate epimerase  50.53 
 
 		 284 aa  262  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1418  diaminopimelate epimerase  49.29 
 
 		 279 aa  259  2e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.827991  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3088  diaminopimelate epimerase  47.16 
 
 		 282 aa  255  6e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.233699  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3033  diaminopimelate epimerase  50.54 
 
 		 290 aa  255  7e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11570  Diaminopimelate epimerase  46.24 
 
 		 284 aa  254  8e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1015  diaminopimelate epimerase  46.38 
 
 		 274 aa  252  5.000000000000001e-66  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1173  diaminopimelate epimerase  48.75 
 
 		 278 aa  250  2e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  hitchhiker  0.0076294 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1927  diaminopimelate epimerase  47.02 
 
 		 280 aa  242  3.9999999999999997e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5143  diaminopimelate epimerase  44.13 
 
 		 281 aa  239  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.75804e-23 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0549  diaminopimelate epimerase  45.04 
 
 		 280 aa  238  9e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1764  diaminopimelate epimerase  43.8 
 
 		 269 aa  238  9e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0045  Diaminopimelate epimerase  44.21 
 
 		 278 aa  236  3e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3837  diaminopimelate epimerase  45.23 
 
 		 277 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0489107  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2326  diaminopimelate epimerase  45.45 
 
 		 281 aa  234  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0153  diaminopimelate epimerase  44.64 
 
 		 288 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2377  diaminopimelate epimerase  45.1 
 
 		 281 aa  232  6e-60  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.63698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3113  diaminopimelate epimerase  45.04 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.534786  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0039  diaminopimelate epimerase  46.21 
 
 		 292 aa  229  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3102  diaminopimelate epimerase  43.79 
 
 		 309 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.671935 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3131  diaminopimelate epimerase  43.79 
 
 		 289 aa  228  8e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0198  diaminopimelate epimerase  44.33 
 
 		 288 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3587  diaminopimelate epimerase  44.33 
 
 		 276 aa  227  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.335636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3080  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 387 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.188461 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6435  diaminopimelate epimerase  42.41 
 
 		 289 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2471  diaminopimelate epimerase  43.45 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3085  diaminopimelate epimerase  43.45 
 
 		 309 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0033  diaminopimelate epimerase  45.52 
 
 		 292 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0495  diaminopimelate epimerase  42.55 
 
 		 308 aa  224  9e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0192  diaminopimelate epimerase  43.11 
 
 		 276 aa  223  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35896  predicted protein  43.54 
 
 		 407 aa  223  2e-57  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.22648  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0349  diaminopimelate epimerase  42.71 
 
 		 299 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2994  diaminopimelate epimerase  43.51 
 
 		 282 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0384566 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3688  diaminopimelate epimerase  43.69 
 
 		 315 aa  220  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24568  normal  0.690927 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0196  diaminopimelate epimerase  40.43 
 
 		 290 aa  218  7e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.465069  hitchhiker  0.000651224 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4373  diaminopimelate epimerase  42.01 
 
 		 287 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2998  diaminopimelate epimerase  43.34 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1893  diaminopimelate epimerase  45.49 
 
 		 278 aa  217  2e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.593063  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0237  diaminopimelate epimerase  42.2 
 
 		 277 aa  217  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2526  diaminopimelate epimerase  42.55 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0172  diaminopimelate epimerase  43.1 
 
 		 289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0380  diaminopimelate epimerase  42.25 
 
 		 281 aa  215  7e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3260  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2393  diaminopimelate epimerase  40.57 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.976013  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0322  diaminopimelate epimerase  41.05 
 
 		 284 aa  214  9.999999999999999e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.217655  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0209  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3426  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0197  diaminopimelate epimerase  43.49 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.925339  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2167  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.636028  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2922  diaminopimelate epimerase  43.84 
 
 		 289 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.513817  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03685  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.163573  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4170  Diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.837067  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03634  hypothetical protein  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.191697  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4334  diaminopimelate epimerase  39.01 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5248  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4034  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4227  diaminopimelate epimerase  39.01 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.642483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4198  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.180433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4175  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0210737 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0119  diaminopimelate epimerase  41.2 
 
 		 278 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4175  diaminopimelate epimerase  39.01 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.132697  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4275  diaminopimelate epimerase  39.01 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4157  diaminopimelate epimerase  39.01 
 
 		 274 aa  213  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4328  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00205  diaminopimelate epimerase  41.16 
 
 		 269 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4269  diaminopimelate epimerase  39.36 
 
 		 274 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>