More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0621 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0621  diguanylate cyclase  100 
 
 		 439 aa  865    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1189  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 510 aa  203  4e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.906384  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0853  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 491 aa  124  5e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0069  diguanylate cyclase  25.23 
 
 		 534 aa  122  1.9999999999999998e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.222303  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1344  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 465 aa  96.7  7e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.549291  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1067  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 490 aa  94.7  3e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04010  diguanylate cyclase  23.99 
 
 		 556 aa  90.1  6e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000479519  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  25.64 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 487 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 443 aa  84.7  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  24.66 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0886  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0459194 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1030  diguanylate cyclase  28.22 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.12052 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  23.81 
 
 		 385 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0615  diguanylate cyclase  33.78 
 
 		 325 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  26.6 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 411 aa  82  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  26.13 
 
 		 339 aa  82  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 383 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2120  signaling protein  29.04 
 
 		 351 aa  80.9  0.00000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2513  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 374 aa  80.1  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1733  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 568 aa  80.1  0.00000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0602531  normal  0.409385 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 384 aa  79.7  0.00000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.11 
 
 		 323 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  31.76 
 
 		 628 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  28.12 
 
 		 673 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 555 aa  79.7  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 507 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  31.49 
 
 		 919 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.68 
 
 		 866 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.378784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1073  diguanylate cyclase  35.46 
 
 		 278 aa  79  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2114  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.41 
 
 		 569 aa  78.2  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.955657 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  29.48 
 
 		 407 aa  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  29.59 
 
 		 507 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.68 
 
 		 469 aa  78.2  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.13 
 
 		 772 aa  78.2  0.0000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4043  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 366 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.902956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.9 
 
 		 901 aa  77.4  0.0000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0540  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 489 aa  77.4  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2227  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 662 aa  77.4  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.327123  normal  0.115705 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01217  putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase domain 2 (EAL)  28.57 
 
 		 630 aa  77  0.0000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  28.99 
 
 		 484 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1997  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 366 aa  76.6  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0135399 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.03 
 
 		 413 aa  76.6  0.0000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1649  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 453 aa  76.6  0.0000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.103879  normal  0.646228 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.13 
 
 		 449 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 236 aa  75.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  31.11 
 
 		 355 aa  75.9  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  27.55 
 
 		 578 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 555 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.57 
 
 		 758 aa  76.3  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1682  diguanylate cyclase  23.2 
 
 		 560 aa  75.9  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 627 aa  76.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3516  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 370 aa  76.3  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  27.47 
 
 		 392 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 328 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 386 aa  75.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.39 
 
 		 752 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.245361  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 495 aa  75.9  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1474  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 436 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  30.63 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0968  diguanylate cyclase  31.07 
 
 		 363 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.326915  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  25.26 
 
 		 629 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02671  predicted signal transduction protein containing a membrane domain, an EAL and a GGDEF domain  32.56 
 
 		 531 aa  75.5  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  31.14 
 
 		 796 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1199  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000341711  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1175  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  30.57 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 409 aa  74.3  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 377 aa  75.1  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 382 aa  74.7  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  23.72 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1267  diguanylate cyclase (GGDEF) domain protein  29.28 
 
 		 476 aa  74.3  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.413897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  31.52 
 
 		 695 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  24.48 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2355  hypothetical protein  27.78 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.52 
 
 		 695 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  29.61 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  27.06 
 
 		 388 aa  74.3  0.000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  30.32 
 
 		 384 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0757  diguanylate cyclase  29.49 
 
 		 489 aa  74.3  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.371772  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.52 
 
 		 695 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3145  diguanylate cyclase  32.41 
 
 		 349 aa  74.3  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.148849  normal  0.0325045 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00408  sensory transduction protein kinase  30.41 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0561  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 546 aa  73.9  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 471 aa  73.9  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.52 
 
 		 695 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1751  diguanylate cyclase  29.21 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123921  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1257  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  33.76 
 
 		 1203 aa  73.9  0.000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.9 
 
 		 643 aa  73.9  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1962  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 429 aa  73.6  0.000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00143037  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  30.26 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  32.21 
 
 		 373 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0749  diguanylate cyclase  28.33 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0940532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  27.06 
 
 		 388 aa  73.9  0.000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>