More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1730 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  100 
 
 		 407 aa  802    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50060  hypothetical protein  36.43 
 
 		 398 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.014096 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3400  GGDEF  42.35 
 
 		 584 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.884579  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.58 
 
 		 312 aa  133  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.67 
 
 		 548 aa  133  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 312 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.11 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1513  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 301 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0153071 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 492 aa  130  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  31.91 
 
 		 380 aa  129  8.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 317 aa  129  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 628 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 316 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 387 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 464 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 322 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.86 
 
 		 448 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 1004 aa  126  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.23 
 
 		 407 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  39.66 
 
 		 542 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  40.23 
 
 		 542 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 565 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 396 aa  125  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 		 797 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 381 aa  125  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  42.94 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 495 aa  124  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.53 
 
 		 512 aa  124  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 714 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  35.86 
 
 		 459 aa  124  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 		 572 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 405 aa  123  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 320 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  37.27 
 
 		 638 aa  123  6e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 563 aa  123  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 785 aa  123  7e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 531 aa  123  7e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 628 aa  123  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 307 aa  123  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.01 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 422 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3478  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 496 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.289854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  42.47 
 
 		 629 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.14 
 
 		 663 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 494 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 469 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  34.81 
 
 		 415 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.38 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1484  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 555 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0158649 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  38.74 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 350 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 681 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  36.9 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 591 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 388 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02110  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 		 235 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.594222 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  32.11 
 
 		 722 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.02 
 
 		 334 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 769 aa  120  3e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 686 aa  120  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 570 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  33.88 
 
 		 569 aa  120  3.9999999999999996e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.01 
 
 		 608 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  44 
 
 		 792 aa  120  6e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 385 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 827 aa  119  7e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2174  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  37.44 
 
 		 320 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0249  hypothetical protein  39.55 
 
 		 275 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.664064  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 494 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 343 aa  119  7.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 382 aa  119  7.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  38 
 
 		 466 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 1099 aa  119  9e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  38 
 
 		 466 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  34.36 
 
 		 611 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 308 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 563 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 355 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.78 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  41.01 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.66 
 
 		 308 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  34.41 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 310 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 426 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 298 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35 
 
 		 482 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>