More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_50060 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008463  PA14_50060  hypothetical protein  100 
 
 		 398 aa  799    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.014096 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1730  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 407 aa  223  3e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000615882 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 405 aa  159  7e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  47.98 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  52.98 
 
 		 360 aa  158  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 569 aa  157  4e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  47.83 
 
 		 464 aa  157  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 280 aa  153  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  43.89 
 
 		 628 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  48.66 
 
 		 583 aa  151  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 753 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 738 aa  150  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  49.45 
 
 		 332 aa  150  5e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2873  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 650 aa  148  1.0000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 		 280 aa  148  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  43.92 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 314 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 659 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 377 aa  146  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 487 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 		 565 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 630 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 372 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  46.47 
 
 		 411 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.59 
 
 		 730 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 490 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  44.44 
 
 		 320 aa  144  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  47.53 
 
 		 457 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 735 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  46.35 
 
 		 227 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  43.15 
 
 		 559 aa  143  4e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 525 aa  144  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  42.08 
 
 		 498 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  44.72 
 
 		 411 aa  143  4e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 630 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 612 aa  143  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  40.79 
 
 		 370 aa  143  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 631 aa  143  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  32.23 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  48.15 
 
 		 411 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 398 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 464 aa  142  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  32.23 
 
 		 454 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  48.47 
 
 		 493 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  32.23 
 
 		 466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 632 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  32.23 
 
 		 466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 591 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  32.23 
 
 		 466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0556  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 		 407 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 467 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 466 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 220 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 369 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 498 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 259 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  32.23 
 
 		 466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 611 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 565 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  32.09 
 
 		 628 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  47.5 
 
 		 172 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 432 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 487 aa  140  4.999999999999999e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  47.88 
 
 		 345 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 733 aa  139  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  41.86 
 
 		 413 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.14 
 
 		 710 aa  139  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 631 aa  139  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.71 
 
 		 646 aa  139  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  49.06 
 
 		 555 aa  139  6e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 556 aa  139  7e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 610 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  44.44 
 
 		 347 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 578 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 395 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 680 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  45.25 
 
 		 350 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 395 aa  139  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.09 
 
 		 459 aa  139  8.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.65 
 
 		 301 aa  139  1e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 466 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 334 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 341 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 495 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 336 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 351 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 466 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 466 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  42.77 
 
 		 712 aa  138  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 493 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.62 
 
 		 457 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>