131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1687 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1687  putative type IV secretory pathway VirD4 components  100 
 
 		 784 aa  1568    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00283538  normal  0.176159 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0652  putative type IV secretory pathway VirD4 components  36.04 
 
 		 602 aa  266  7e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7305  hypothetical protein  30.6 
 
 		 573 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.457458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1026  hypothetical protein  26.94 
 
 		 657 aa  121  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.272564 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2352  Sigma 54 interacting domain protein  24.9 
 
 		 672 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4194  hypothetical protein  28.42 
 
 		 665 aa  110  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0224168 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6944  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  29.27 
 
 		 702 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1567  putative type IV secretory pathway VirD4 component  24.32 
 
 		 571 aa  103  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0177  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  26.08 
 
 		 578 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4390  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.35 
 
 		 708 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.734886 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4592  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.35 
 
 		 708 aa  103  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1111  type IV secretion system protein VirD4  27.93 
 
 		 509 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3560  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  27.09 
 
 		 604 aa  103  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.486257  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4430  Type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.8 
 
 		 708 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4615  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.35 
 
 		 708 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4425  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.4 
 
 		 707 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.664949 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4515  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  24.35 
 
 		 708 aa  103  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.115139  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0038  hypothetical protein  24.4 
 
 		 667 aa  100  9e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.140641  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3905  hypothetical protein  26.9 
 
 		 760 aa  100  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5160  hypothetical protein  25.34 
 
 		 768 aa  97.4  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5224  hypothetical protein  24.3 
 
 		 763 aa  96.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.440863  normal  0.967503 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0031  hypothetical protein  24.6 
 
 		 611 aa  95.1  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009787  EcE24377A_C0001  type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.44 
 
 		 743 aa  95.1  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0076  putative type IV conjugative transfer system coupling protein TraD  23.44 
 
 		 681 aa  94  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2490  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  25.7 
 
 		 629 aa  92.4  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4308  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.24 
 
 		 840 aa  91.7  5e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0280519 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0011  conjugal transfer protein TraD  24.38 
 
 		 723 aa  90.1  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_20  conjugative transfer protein TraD  26.08 
 
 		 692 aa  89.7  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2184  Type IV secretory pathway VirD4 components-like  25.54 
 
 		 798 aa  89  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1821  putative type IV secretory pathway VirD4 component  25.94 
 
 		 565 aa  87.4  8e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.49149 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3982  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  23.08 
 
 		 776 aa  81.6  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2425  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  24.16 
 
 		 616 aa  79.7  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.146549  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7341  type IV secretion system protein VirD4  24.02 
 
 		 562 aa  68.2  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0552655  normal  0.0313402 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6838  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  24.09 
 
 		 633 aa  63.9  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00343153  normal  0.0724614 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  28.29 
 
 		 661 aa  58.2  0.0000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4381  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  37.61 
 
 		 662 aa  57.4  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0399338  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  24.48 
 
 		 670 aa  57  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1016  Type IV secretory pathway VirD4 protein-like protein  23.84 
 
 		 602 aa  55.8  0.000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00046304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  28.99 
 
 		 669 aa  55.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  28.95 
 
 		 664 aa  54.7  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3760  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  35.9 
 
 		 658 aa  54.3  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.195316  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2469  transfer complex protein TrsK-like protein  24.79 
 
 		 569 aa  54.3  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0805174 
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  26.35 
 
 		 648 aa  52.8  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  26.35 
 
 		 723 aa  53.5  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  26.35 
 
 		 714 aa  53.1  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  33.57 
 
 		 665 aa  53.1  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3886  transfer complex protein TrsK-like protein  24.5 
 
 		 569 aa  53.1  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  30.7 
 
 		 630 aa  52.4  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  26.17 
 
 		 593 aa  52.4  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 664 aa  52.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3564  Type IV secretory pathway VirD4 components-like protein  35.9 
 
 		 662 aa  52.4  0.00003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 669 aa  52.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  28 
 
 		 678 aa  52.8  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  31.62 
 
 		 672 aa  52.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 664 aa  52  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5695  transfer complex protein TrsK-like protein  23.11 
 
 		 638 aa  52  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.604846 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  28.16 
 
 		 665 aa  52  0.00004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5456  transfer complex protein TrsK-like protein  23.11 
 
 		 638 aa  52  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 663 aa  52.4  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 665 aa  52  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 669 aa  52  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  22.39 
 
 		 665 aa  51.6  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27.95 
 
 		 687 aa  51.6  0.00005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 666 aa  52  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  23.32 
 
 		 651 aa  51.6  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 670 aa  51.6  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  31.85 
 
 		 673 aa  51.6  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  27.63 
 
 		 676 aa  51.2  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  22.57 
 
 		 661 aa  51.2  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  31.62 
 
 		 667 aa  51.2  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0365  TRAG protein  23.41 
 
 		 661 aa  50.8  0.00009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00756366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0815  TRAG family protein  22.49 
 
 		 648 aa  50.8  0.00009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.805111  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  25.66 
 
 		 594 aa  50.8  0.00009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  27.81 
 
 		 660 aa  50.8  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  27.81 
 
 		 661 aa  50.4  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  24.44 
 
 		 570 aa  50.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  30.3 
 
 		 666 aa  50.4  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  22.43 
 
 		 641 aa  50.1  0.0002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  26.58 
 
 		 714 aa  49.7  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  24.44 
 
 		 557 aa  49.7  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  22.5 
 
 		 902 aa  49.3  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  24.44 
 
 		 570 aa  49.7  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  28.29 
 
 		 674 aa  49.7  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  29.82 
 
 		 628 aa  49.7  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  26.88 
 
 		 661 aa  49.7  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  28.57 
 
 		 660 aa  49.7  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  30.15 
 
 		 675 aa  49.3  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  27.81 
 
 		 664 aa  48.5  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  31.11 
 
 		 668 aa  48.9  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  31.11 
 
 		 666 aa  48.5  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  26.49 
 
 		 661 aa  48.9  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  27.15 
 
 		 663 aa  48.5  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  28.39 
 
 		 660 aa  48.9  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  29.63 
 
 		 627 aa  48.5  0.0005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  20.42 
 
 		 699 aa  48.1  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  21.81 
 
 		 823 aa  48.1  0.0006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  26.88 
 
 		 662 aa  48.1  0.0006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  34.15 
 
 		 670 aa  48.1  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2793  TRAG protein  28.04 
 
 		 661 aa  47.8  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0977234  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  26.49 
 
 		 663 aa  47.8  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>