More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1589 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1589  diguanylate cyclase  100 
 
 		 538 aa  1092    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 521 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  45.36 
 
 		 585 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 516 aa  300  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 599 aa  295  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03378  Putative signal protein with GGDEF domain  37.96 
 
 		 510 aa  291  1e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 520 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  37.14 
 
 		 507 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 507 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  34.7 
 
 		 517 aa  274  3e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 614 aa  265  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 512 aa  259  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  33.93 
 
 		 636 aa  212  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2856  GGDEF domain-containing protein  32.94 
 
 		 568 aa  186  6e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.592717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5031  diguanylate cyclase  27.49 
 
 		 532 aa  174  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 461 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 361 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 280 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.37 
 
 		 474 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  29.78 
 
 		 565 aa  133  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  39.77 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 		 334 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 775 aa  131  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  42.95 
 
 		 615 aa  130  6e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 735 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 411 aa  128  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 471 aa  128  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 317 aa  127  4.0000000000000003e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  29.96 
 
 		 349 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  37.29 
 
 		 518 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 355 aa  127  5e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 559 aa  127  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  41.57 
 
 		 427 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 916 aa  127  6e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 332 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.77 
 
 		 332 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0733  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 514 aa  126  9e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.057951  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.92 
 
 		 332 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 		 722 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 580 aa  126  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1617  diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 514 aa  126  1e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 614 aa  126  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 530 aa  126  1e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 646 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 714 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.62 
 
 		 557 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1759  GGDEF domain-containing protein  31.37 
 
 		 355 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.538539  normal  0.0215764 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 555 aa  125  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 715 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 559 aa  124  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  39.88 
 
 		 392 aa  124  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 559 aa  124  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 350 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37 
 
 		 634 aa  123  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 466 aa  123  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1554  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 419 aa  123  7e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  40 
 
 		 354 aa  123  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 437 aa  123  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  36.89 
 
 		 466 aa  123  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 466 aa  123  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 438 aa  123  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 456 aa  123  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2165  diguanylate cyclase  32.03 
 
 		 460 aa  122  9.999999999999999e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 414 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2227  diguanylate cyclase  29.92 
 
 		 342 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2748  diguanylate cyclase  28.78 
 
 		 352 aa  123  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.246546  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 202 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.77 
 
 		 610 aa  122  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 451 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 738 aa  121  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 345 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 314 aa  121  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  28.92 
 
 		 487 aa  121  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2714  diguanylate cyclase  28 
 
 		 518 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000423102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 460 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2782  diguanylate cyclase  28 
 
 		 518 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.32181  hitchhiker  0.00903713 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.99 
 
 		 418 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 361 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.46 
 
 		 791 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 753 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 578 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 696 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 308 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 342 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1373  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 518 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 308 aa  120  6e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 342 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 584 aa  120  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 470 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 312 aa  120  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 342 aa  120  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>