More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1474 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_1474  diguanylate cyclase  100 
 
 		 290 aa  587  1e-167  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 295 aa  221  9.999999999999999e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 281 aa  188  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1787  diguanylate cyclase  46.96 
 
 		 272 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 642 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 360 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 492 aa  125  1e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  40.21 
 
 		 581 aa  122  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0676  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 550 aa  122  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0260909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  41.67 
 
 		 462 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 686 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  37.7 
 
 		 548 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  37.57 
 
 		 565 aa  119  4.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 469 aa  119  6e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 312 aa  119  7e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 457 aa  118  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  37.04 
 
 		 273 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 582 aa  118  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 578 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 574 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.34 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 377 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1847  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 470 aa  117  3e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 602 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  38.26 
 
 		 532 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 591 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 361 aa  115  6e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 510 aa  115  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.35 
 
 		 466 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  36.69 
 
 		 609 aa  115  6.9999999999999995e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 498 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.28 
 
 		 675 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.69 
 
 		 709 aa  115  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  44.15 
 
 		 291 aa  115  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.09 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.5 
 
 		 457 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.77 
 
 		 525 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 471 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  40 
 
 		 502 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  39.77 
 
 		 525 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.34 
 
 		 625 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.44 
 
 		 896 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  33.65 
 
 		 372 aa  113  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 420 aa  113  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  39.64 
 
 		 457 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 		 668 aa  112  5e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 680 aa  113  5e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 521 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  39.2 
 
 		 476 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 521 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 552 aa  112  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  43.37 
 
 		 521 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 314 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 464 aa  112  7.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 519 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 457 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  36.17 
 
 		 638 aa  112  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  39.05 
 
 		 457 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  40.57 
 
 		 457 aa  112  9e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.99 
 
 		 636 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  35.59 
 
 		 811 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 628 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  28.99 
 
 		 320 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  32.94 
 
 		 569 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 492 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.29 
 
 		 355 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 459 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 634 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.36 
 
 		 668 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 		 572 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1203  response regulator  41.49 
 
 		 634 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  33.9 
 
 		 722 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.2 
 
 		 550 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  41.01 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  34.22 
 
 		 439 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 		 722 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 634 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 513 aa  110  3e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  38.98 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  39.53 
 
 		 457 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 608 aa  110  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  38.46 
 
 		 457 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  35.89 
 
 		 721 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 461 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1226  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.67 
 
 		 807 aa  109  5e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558955 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  39.01 
 
 		 371 aa  109  6e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 620 aa  109  6e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 378 aa  109  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0606  GGDEF family protein  33.18 
 
 		 385 aa  109  6e-23  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.369805  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 		 493 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 632 aa  108  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 247 aa  109  7.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2229  GGDEF domain-containing protein  32.24 
 
 		 467 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.161557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 386 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.79 
 
 		 531 aa  108  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>