More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1787 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1787  diguanylate cyclase  100 
 
 
272 aa  526  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  64.37 
 
 
281 aa  303  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  51.3 
 
 
295 aa  240  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1474  diguanylate cyclase  46.59 
 
 
290 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  53.37 
 
 
1000 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.64 
 
 
792 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  48.55 
 
 
555 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.38 
 
 
730 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  51.18 
 
 
397 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  47.98 
 
 
555 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  41.3 
 
 
563 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  47.34 
 
 
680 aa  142  8e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
791 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  44.5 
 
 
559 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_003296  RS00398  hypothetical protein  52.35 
 
 
347 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.30336  normal  0.618685 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  43.62 
 
 
569 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  46.33 
 
 
681 aa  139  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  41.3 
 
 
563 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
492 aa  138  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.71 
 
 
308 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.71 
 
 
308 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  49.18 
 
 
525 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  50.92 
 
 
338 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  50.92 
 
 
338 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.78 
 
 
350 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  46.37 
 
 
336 aa  135  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
1774 aa  135  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.89 
 
 
424 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.98 
 
 
317 aa  134  9.999999999999999e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  43.62 
 
 
487 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.62 
 
 
324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  44.21 
 
 
551 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  42.45 
 
 
361 aa  133  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  46.2 
 
 
531 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  47.54 
 
 
525 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  41.24 
 
 
321 aa  132  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  43.71 
 
 
413 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.02 
 
 
620 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.23 
 
 
482 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  47.73 
 
 
437 aa  132  6.999999999999999e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
345 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 
301 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.6 
 
 
457 aa  131  9e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
342 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 
505 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  46.82 
 
 
387 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.52 
 
 
611 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.29 
 
 
355 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
382 aa  130  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.95 
 
 
464 aa  130  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  42.06 
 
 
417 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
316 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 
424 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 
312 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
307 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  42.7 
 
 
202 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  44.15 
 
 
296 aa  127  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  47.83 
 
 
378 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 
710 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.3 
 
 
419 aa  127  1.0000000000000001e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  43.16 
 
 
381 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  34.15 
 
 
722 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 
578 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.37 
 
 
751 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.07 
 
 
324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  41.59 
 
 
417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.31 
 
 
451 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  43.11 
 
 
400 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  47.93 
 
 
495 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  48.81 
 
 
380 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0966  diguanylate cyclase  40.53 
 
 
334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.82 
 
 
304 aa  126  5e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.35 
 
 
797 aa  125  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
417 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 
625 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  44.44 
 
 
508 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  37.95 
 
 
312 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.66 
 
 
495 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  42.63 
 
 
381 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 
493 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  37.6 
 
 
512 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.45 
 
 
335 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
467 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.1 
 
 
572 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  45.2 
 
 
366 aa  125  1e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 
302 aa  125  1e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 
550 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  42.69 
 
 
362 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  38.61 
 
 
381 aa  124  2e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.85 
 
 
619 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299906  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  41.24 
 
 
312 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
362 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  44.12 
 
 
733 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  42.93 
 
 
318 aa  123  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  39.01 
 
 
360 aa  123  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.63 
 
 
698 aa  123  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.93 
 
 
237 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>