More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2868 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  100 
 
 		 293 aa  607  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  55.52 
 
 		 293 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  57.24 
 
 		 293 aa  340  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  54.48 
 
 		 296 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  54.48 
 
 		 296 aa  335  5.999999999999999e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  54.14 
 
 		 296 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  54.14 
 
 		 296 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  53.1 
 
 		 296 aa  332  3e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  52.76 
 
 		 296 aa  330  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  51.72 
 
 		 296 aa  328  8e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  51.88 
 
 		 296 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  47.95 
 
 		 293 aa  303  2.0000000000000002e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  47.78 
 
 		 294 aa  301  6.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  47.12 
 
 		 303 aa  296  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  51.53 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  51.03 
 
 		 292 aa  288  7e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  34.07 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 287 aa  142  7e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2700  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 417 aa  132  9e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 464 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  32.57 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 373 aa  125  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  32.18 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2213  GGDEF domain-containing protein  41.07 
 
 		 641 aa  122  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.658691  normal  0.864608 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 		 772 aa  121  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 432 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 601 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.47 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  36.59 
 
 		 489 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 483 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 525 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 555 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  35.76 
 
 		 482 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  31.1 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  31.1 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 		 610 aa  120  3e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  38.97 
 
 		 1008 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 539 aa  120  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  33.67 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  41.57 
 
 		 523 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 456 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.57 
 
 		 550 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 937 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  29.15 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 937 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  40 
 
 		 768 aa  118  9e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 420 aa  118  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  42.68 
 
 		 1036 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  36.97 
 
 		 768 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3542  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.36 
 
 		 590 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 937 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 482 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 476 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 620 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  34.9 
 
 		 477 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 366 aa  117  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4787  sensory box putative digualylate cyclase  35.85 
 
 		 292 aa  116  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243221  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 		 580 aa  116  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 488 aa  115  6e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.29 
 
 		 710 aa  115  6.9999999999999995e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.02 
 
 		 1050 aa  115  7.999999999999999e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  37.5 
 
 		 634 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 718 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0322  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.79 
 
 		 1481 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0210085 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 1428 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  40 
 
 		 477 aa  114  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 736 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1842  diguanylate cyclase  35.32 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.721538  normal  0.677546 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3924  sensory box protein  39.26 
 
 		 1086 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1366  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.43 
 
 		 738 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 354 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.34 
 
 		 796 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  34.26 
 
 		 565 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.08 
 
 		 796 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 		 458 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.36 
 
 		 898 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 		 860 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 380 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 937 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 		 937 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 466 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 466 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 466 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 487 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40 
 
 		 912 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 466 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  40 
 
 		 928 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 466 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 		 860 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.71 
 
 		 800 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40 
 
 		 709 aa  112  5e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 454 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  39.26 
 
 		 454 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0414  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 559 aa  113  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.761548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  39.51 
 
 		 628 aa  113  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.89 
 
 		 803 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1806  diguanylate cyclase  29.43 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.851232  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>