171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_6919 on replicon NC_013732
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013732  Slin_6919  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  100 
 
 
792 aa  1644    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3004  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.59 
 
 
837 aa  240  5.999999999999999e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  26.35 
 
 
841 aa  239  1e-61  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4357  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.23 
 
 
819 aa  239  1e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.471619  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6709  hypothetical protein  26.21 
 
 
845 aa  236  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.534859  normal  0.161214 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3545  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.76 
 
 
811 aa  235  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0653304  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  25.53 
 
 
815 aa  105  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3253  type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.17 
 
 
861 aa  102  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  24.94 
 
 
815 aa  100  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  23.09 
 
 
809 aa  98.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  24.08 
 
 
847 aa  97.8  6e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2973  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.81 
 
 
659 aa  97.8  7e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.12 
 
 
629 aa  95.5  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  26.2 
 
 
874 aa  94.4  7e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  25.21 
 
 
827 aa  91.3  7e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.94 
 
 
631 aa  90.1  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.86 
 
 
629 aa  89.4  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.35 
 
 
868 aa  87  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  25.19 
 
 
690 aa  84.3  0.000000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.61 
 
 
630 aa  84  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  24.48 
 
 
864 aa  81.3  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  22.55 
 
 
862 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0020  hypothetical protein  24.25 
 
 
865 aa  79.7  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  22.55 
 
 
862 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  22.55 
 
 
862 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  22.55 
 
 
862 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  22.55 
 
 
862 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  22.28 
 
 
862 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  21.99 
 
 
812 aa  78.6  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1815  putative type IV secretory pathway VirB4 protein  25.77 
 
 
747 aa  78.6  0.0000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  22.36 
 
 
815 aa  78.2  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  22.83 
 
 
813 aa  77.4  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3777  sex pilus assembly protein  23.28 
 
 
816 aa  75.1  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.899145  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  23.01 
 
 
569 aa  74.7  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.06 
 
 
595 aa  74.3  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  24.12 
 
 
839 aa  72.8  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  23.22 
 
 
841 aa  72.4  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0028  hypothetical protein  24.38 
 
 
858 aa  72.4  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0798103  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.08 
 
 
805 aa  72.4  0.00000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  23.22 
 
 
847 aa  72.4  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  21.1 
 
 
611 aa  72.4  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  21.72 
 
 
805 aa  71.6  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3629  Type IV secretory pathway VirB4 protein  23.37 
 
 
866 aa  70.1  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  22.42 
 
 
813 aa  70.5  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.31 
 
 
819 aa  70.5  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  22.94 
 
 
836 aa  69.7  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  23.1 
 
 
819 aa  69.3  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  20.34 
 
 
840 aa  68.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  20.51 
 
 
814 aa  68.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  20.34 
 
 
840 aa  68.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  20.34 
 
 
840 aa  68.6  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  21.92 
 
 
877 aa  68.2  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.15 
 
 
830 aa  68.2  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  22.08 
 
 
829 aa  67.8  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.18 
 
 
608 aa  67.8  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  23.08 
 
 
864 aa  66.6  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.28 
 
 
793 aa  65.9  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  25.31 
 
 
788 aa  65.9  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2211  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.68 
 
 
618 aa  65.5  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.165062 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  23.16 
 
 
616 aa  64.7  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.19 
 
 
791 aa  64.7  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  23.06 
 
 
815 aa  64.3  0.000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  22.93 
 
 
835 aa  64.3  0.000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  22.3 
 
 
808 aa  64.3  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  21.77 
 
 
808 aa  63.5  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  22.13 
 
 
831 aa  63.5  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.89 
 
 
787 aa  63.9  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  23.75 
 
 
621 aa  63.9  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  22.13 
 
 
831 aa  63.5  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1395  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.22 
 
 
616 aa  63.5  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0290868  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4290  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  22.46 
 
 
866 aa  63.2  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6728  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.11 
 
 
657 aa  63.5  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726364  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.67 
 
 
804 aa  62.4  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.25 
 
 
803 aa  61.6  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0301  hypothetical protein  22.04 
 
 
818 aa  60.5  0.0000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0733022  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.06 
 
 
915 aa  60.8  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.33 
 
 
785 aa  60.1  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  22.72 
 
 
817 aa  60.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  22.49 
 
 
845 aa  60.1  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  23.06 
 
 
812 aa  60.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.87 
 
 
849 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  21.66 
 
 
813 aa  60.1  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  22.66 
 
 
791 aa  59.7  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1089  type-IV secretion system protein TraC  21 
 
 
866 aa  59.3  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.22 
 
 
790 aa  58.5  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  22.14 
 
 
822 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0179  membrane bound ATPase, putative  27.15 
 
 
955 aa  57.4  0.0000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0029  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  20.47 
 
 
875 aa  57  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.16 
 
 
829 aa  57  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  21.51 
 
 
850 aa  56.2  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  27.41 
 
 
819 aa  56.2  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  21.68 
 
 
820 aa  56.6  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  24.18 
 
 
813 aa  56.2  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  26.67 
 
 
825 aa  55.8  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  24.84 
 
 
817 aa  55.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  23.14 
 
 
824 aa  56.2  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  24.84 
 
 
809 aa  55.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  22.1 
 
 
816 aa  55.1  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  22.14 
 
 
823 aa  55.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  26.67 
 
 
811 aa  55.1  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>