234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1693 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  100 
 
 		 629 aa  1241    Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  91.41 
 
 		 629 aa  1107    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  89.74 
 
 		 630 aa  1040    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  58.5 
 
 		 631 aa  669    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  55.07 
 
 		 608 aa  620  1e-176  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  56.48 
 
 		 595 aa  605  9.999999999999999e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6728  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  55.3 
 
 		 657 aa  543  1e-153  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726364  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  29.08 
 
 		 611 aa  244  3e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  25.04 
 
 		 621 aa  209  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1815  putative type IV secretory pathway VirB4 protein  24.41 
 
 		 747 aa  178  2e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  28.55 
 
 		 569 aa  177  4e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1287  Tn5252, Orf26  23.3 
 
 		 776 aa  154  5.9999999999999996e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0914  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.93 
 
 		 1043 aa  150  5e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4995  hypothetical protein  25.88 
 
 		 893 aa  150  7e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.124549  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  23.51 
 
 		 616 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18940  hypothetical protein  24.52 
 
 		 908 aa  135  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0727779 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0177  hypothetical protein  23.59 
 
 		 696 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0226  hypothetical protein  24.39 
 
 		 699 aa  133  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0025  hypothetical protein  24.39 
 
 		 699 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0132  hypothetical protein  24.39 
 
 		 699 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000387943 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2973  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.92 
 
 		 659 aa  131  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1505  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.25 
 
 		 836 aa  125  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0609191  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3127  hypothetical protein  23.03 
 
 		 610 aa  123  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2211  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.52 
 
 		 618 aa  121  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.165062 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  26.82 
 
 		 809 aa  114  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1056  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.92 
 
 		 566 aa  113  1.0000000000000001e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.0000236301  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1395  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  28.08 
 
 		 616 aa  113  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0290868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0791  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.23 
 
 		 815 aa  112  2.0000000000000002e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  25.25 
 
 		 690 aa  110  7.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  24.86 
 
 		 815 aa  97.1  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3176  conjugation protein  23.96 
 
 		 1085 aa  95.5  3e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0020  hypothetical protein  25.71 
 
 		 865 aa  94.7  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  24.95 
 
 		 864 aa  94.7  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1816  truncated type IV secretory pathway VirB4 component protein  27.3 
 
 		 668 aa  94  7e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  25.42 
 
 		 847 aa  93.6  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00150  hypothetical protein  30.31 
 
 		 495 aa  93.2  1e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4357  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.86 
 
 		 819 aa  91.3  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.471619  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6919  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.86 
 
 		 792 aa  89.7  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3545  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.72 
 
 		 811 aa  89.7  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0653304  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06770  hypothetical protein  29.84 
 
 		 495 aa  88.6  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0179  membrane bound ATPase, putative  19.6 
 
 		 955 aa  87.8  6e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1688  transfer complex protein  23.22 
 
 		 663 aa  87.8  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.330287  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5240  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like  28.57 
 
 		 779 aa  87.4  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0034  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.97 
 
 		 711 aa  86.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.694512 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1089  type-IV secretion system protein TraC  24.31 
 
 		 866 aa  85.5  0.000000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0805  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  28.41 
 
 		 495 aa  85.9  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2964  transfer complex protein  23.59 
 
 		 711 aa  84.7  0.000000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1502  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  20.8 
 
 		 609 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  26.01 
 
 		 868 aa  83.2  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0167  hypothetical protein  25 
 
 		 322 aa  82.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0100015  hitchhiker  6.88403e-24 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  27.27 
 
 		 874 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7298  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.51 
 
 		 696 aa  81.3  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.910736  normal  0.0433123 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0301  hypothetical protein  22.89 
 
 		 818 aa  81.3  0.00000000000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0733022  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0028  hypothetical protein  24.07 
 
 		 858 aa  80.9  0.00000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0798103  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  23.61 
 
 		 862 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6709  hypothetical protein  23.51 
 
 		 845 aa  81.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.534859  normal  0.161214 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  26.41 
 
 		 815 aa  80.9  0.00000000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8941  hypothetical protein  27.4 
 
 		 505 aa  80.5  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.57395  normal  0.334134 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  26.02 
 
 		 827 aa  80.1  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0444  hypothetical protein  27.73 
 
 		 509 aa  80.1  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  25.81 
 
 		 815 aa  79.7  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5435  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.53 
 
 		 515 aa  78.6  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.62909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  23.44 
 
 		 812 aa  77.8  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  22.71 
 
 		 841 aa  75.9  0.000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4709  hypothetical protein  27.42 
 
 		 511 aa  76.3  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0831911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  24.68 
 
 		 864 aa  75.1  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4290  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  25.48 
 
 		 866 aa  75.1  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1572  ATP-binding protein  24.89 
 
 		 496 aa  74.3  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.160192  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  23.55 
 
 		 862 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0565  hypothetical protein  22.19 
 
 		 945 aa  73.2  0.00000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  23.21 
 
 		 819 aa  72.4  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  23.55 
 
 		 862 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  23.55 
 
 		 862 aa  72.8  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  23.55 
 
 		 862 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  23.55 
 
 		 862 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_08  conjugative transfer protein TraC  22.59 
 
 		 843 aa  72  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0518  Type IV secretory pathway VirB4 protein  28.85 
 
 		 845 aa  71.6  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.832849  normal  0.194578 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  21.92 
 
 		 841 aa  70.9  0.00000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2753  hypothetical protein  19.22 
 
 		 610 aa  68.6  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0505  type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TraC  30.65 
 
 		 843 aa  66.6  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  22.52 
 
 		 809 aa  66.6  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  21.8 
 
 		 820 aa  66.6  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2885  hypothetical protein  21.85 
 
 		 885 aa  65.5  0.000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0417447 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  21.76 
 
 		 814 aa  65.5  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0029  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  24.2 
 
 		 875 aa  65.5  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3004  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.48 
 
 		 837 aa  65.5  0.000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  24.21 
 
 		 809 aa  65.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  22.86 
 
 		 813 aa  64.7  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0205  AAA ATPase  28.17 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.519462  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3253  type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.26 
 
 		 861 aa  63.5  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  25.73 
 
 		 825 aa  63.2  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  22.39 
 
 		 816 aa  62.8  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  22.39 
 
 		 816 aa  62.8  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1342  ATP-binding protein  25.62 
 
 		 461 aa  62.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  22.65 
 
 		 822 aa  62  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  26.37 
 
 		 813 aa  62  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  25.73 
 
 		 811 aa  62.4  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  27.78 
 
 		 791 aa  61.6  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  27.3 
 
 		 791 aa  61.2  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  26.06 
 
 		 817 aa  61.2  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>