171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9821 on replicon NC_011986
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  100 
 
 		 819 aa  1697    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  48.65 
 
 		 803 aa  793    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  72.41 
 
 		 804 aa  1275    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  41.86 
 
 		 839 aa  639    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  87.18 
 
 		 819 aa  1523    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  80.91 
 
 		 805 aa  1411    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  37.17 
 
 		 800 aa  525  1e-147  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  36.85 
 
 		 800 aa  525  1e-147  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  37.06 
 
 		 801 aa  504  1e-141  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  35.56 
 
 		 803 aa  503  1e-141  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.07 
 
 		 805 aa  503  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  37.19 
 
 		 788 aa  495  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  36.32 
 
 		 830 aa  484  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  36.15 
 
 		 822 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  35.88 
 
 		 790 aa  479  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  35.24 
 
 		 796 aa  474  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  35.91 
 
 		 823 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  35.95 
 
 		 822 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  35.54 
 
 		 793 aa  465  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  35.62 
 
 		 821 aa  463  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  34.24 
 
 		 785 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  32.77 
 
 		 831 aa  450  1e-125  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  32.77 
 
 		 831 aa  450  1e-125  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  34.47 
 
 		 815 aa  444  1e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.92 
 
 		 826 aa  439  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.92 
 
 		 826 aa  439  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.21 
 
 		 835 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.85 
 
 		 829 aa  436  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.17 
 
 		 826 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  34.34 
 
 		 816 aa  407  1.0000000000000001e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6159  type IV secretion system protein VirB4  32.31 
 
 		 789 aa  389  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0089682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8224  type IV secretion system protein VirB4  31.28 
 
 		 789 aa  372  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  31.17 
 
 		 830 aa  359  9.999999999999999e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0037  triC protein  28 
 
 		 915 aa  347  8e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0153  hypothetical protein  27.78 
 
 		 826 aa  334  3e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0171  hypothetical protein  27.57 
 
 		 826 aa  333  7.000000000000001e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.54 
 
 		 849 aa  333  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.82 
 
 		 915 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  28.38 
 
 		 922 aa  326  8.000000000000001e-88  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3523  type IV secretion system protein VirB4  29.35 
 
 		 797 aa  326  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  27.01 
 
 		 924 aa  325  3e-87  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  28.64 
 
 		 876 aa  324  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  27.74 
 
 		 916 aa  281  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  32.07 
 
 		 561 aa  268  2.9999999999999995e-70  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5026  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  27.18 
 
 		 804 aa  254  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.451352  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1173  type IV secretion system protein VirB4, putative  25.06 
 
 		 788 aa  252  2e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.91 
 
 		 791 aa  239  1e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.97 
 
 		 787 aa  235  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1041  type IV secretion system protein VirB4  24.32 
 
 		 791 aa  231  4e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0839  type IV secretion system protein VirB5  23.85 
 
 		 791 aa  230  7e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0234971  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  27 
 
 		 791 aa  230  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08213  conjugal transfer protein TraE  24.69 
 
 		 752 aa  219  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  22.71 
 
 		 850 aa  209  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0012  conjugal transfer protein  24.16 
 
 		 792 aa  205  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.829213 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  28.6 
 
 		 808 aa  198  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7534  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  24.33 
 
 		 857 aa  193  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339872  normal  0.0463504 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.77 
 
 		 844 aa  188  4e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  24.08 
 
 		 824 aa  185  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.24 
 
 		 827 aa  184  8.000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  24.28 
 
 		 820 aa  181  2.9999999999999997e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  27.5 
 
 		 813 aa  177  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  26.68 
 
 		 812 aa  175  3.9999999999999995e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  25.68 
 
 		 816 aa  172  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  26.1 
 
 		 810 aa  172  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  26.91 
 
 		 816 aa  171  5e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  26.27 
 
 		 819 aa  169  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  27.27 
 
 		 813 aa  169  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  26.41 
 
 		 817 aa  169  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  27.41 
 
 		 822 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  26.45 
 
 		 819 aa  168  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  26.64 
 
 		 825 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  26.83 
 
 		 809 aa  167  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  25.87 
 
 		 816 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  26.02 
 
 		 816 aa  167  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  27.01 
 
 		 830 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  27.07 
 
 		 877 aa  166  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  26.82 
 
 		 872 aa  166  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  27.36 
 
 		 812 aa  164  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  25.32 
 
 		 816 aa  164  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  25.5 
 
 		 817 aa  163  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  25.32 
 
 		 823 aa  162  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  25.64 
 
 		 819 aa  162  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  27.36 
 
 		 812 aa  162  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  26.89 
 
 		 812 aa  162  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  26.05 
 
 		 811 aa  162  3e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  26.64 
 
 		 812 aa  161  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  27.29 
 
 		 812 aa  160  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  26.97 
 
 		 816 aa  160  8e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  26.01 
 
 		 817 aa  160  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  27.34 
 
 		 814 aa  160  9e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  25.24 
 
 		 843 aa  159  2e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  26.01 
 
 		 817 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  25.14 
 
 		 823 aa  159  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  27.12 
 
 		 809 aa  158  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  26.91 
 
 		 816 aa  157  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  26.91 
 
 		 816 aa  157  7e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  27.05 
 
 		 809 aa  155  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  26.34 
 
 		 812 aa  156  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  26.23 
 
 		 847 aa  155  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0053  VirB4  28.18 
 
 		 822 aa  155  4e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.111502  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>