162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0870 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  41.85 
 
 		 831 aa  639    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  50.06 
 
 		 830 aa  769    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  49.94 
 
 		 822 aa  768    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  51.79 
 
 		 823 aa  789    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  49.26 
 
 		 826 aa  756    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  49.26 
 
 		 826 aa  756    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  50.25 
 
 		 821 aa  773    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  42.31 
 
 		 829 aa  646    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  51.52 
 
 		 822 aa  787    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  100 
 
 		 830 aa  1698    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  41.85 
 
 		 831 aa  639    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  49.13 
 
 		 826 aa  752    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  37.71 
 
 		 815 aa  577  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  37.2 
 
 		 793 aa  521  1e-146  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  38.34 
 
 		 790 aa  519  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  37.29 
 
 		 796 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.9 
 
 		 805 aa  514  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  40.2 
 
 		 816 aa  503  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  37.13 
 
 		 788 aa  495  9.999999999999999e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  36.59 
 
 		 835 aa  484  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  35.76 
 
 		 785 aa  479  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  35.23 
 
 		 915 aa  457  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  32.25 
 
 		 924 aa  438  1e-121  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0037  triC protein  31.11 
 
 		 915 aa  431  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  34.08 
 
 		 803 aa  415  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  31.25 
 
 		 922 aa  411  1e-113  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  31.69 
 
 		 916 aa  398  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  30.93 
 
 		 800 aa  389  1e-107  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6159  type IV secretion system protein VirB4  33.42 
 
 		 789 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0089682  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  30.71 
 
 		 801 aa  387  1e-106  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  30.65 
 
 		 800 aa  388  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8224  type IV secretion system protein VirB4  31.68 
 
 		 789 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.08 
 
 		 805 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.13 
 
 		 839 aa  378  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  29.77 
 
 		 876 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  31.39 
 
 		 804 aa  366  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  31.59 
 
 		 803 aa  362  1e-98  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  30.9 
 
 		 819 aa  357  5e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  31.36 
 
 		 819 aa  356  7.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.89 
 
 		 849 aa  350  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3523  type IV secretion system protein VirB4  30.01 
 
 		 797 aa  342  2e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5026  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  29.53 
 
 		 804 aa  320  5e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.451352  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  32.8 
 
 		 561 aa  309  1.0000000000000001e-82  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08213  conjugal transfer protein TraE  28.68 
 
 		 752 aa  309  1.0000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0012  conjugal transfer protein  27.8 
 
 		 792 aa  300  7e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.829213 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0171  hypothetical protein  28.04 
 
 		 826 aa  276  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0153  hypothetical protein  28.09 
 
 		 826 aa  273  7e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7534  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.72 
 
 		 857 aa  266  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339872  normal  0.0463504 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  28.79 
 
 		 791 aa  266  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.68 
 
 		 787 aa  265  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.48 
 
 		 791 aa  254  6e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_002978  WD1173  type IV secretion system protein VirB4, putative  23.17 
 
 		 788 aa  222  3e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0030  conjugal transfer protein  23.97 
 
 		 841 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0839  type IV secretion system protein VirB5  20.1 
 
 		 791 aa  170  1e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0234971  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  24.97 
 
 		 816 aa  160  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  25.96 
 
 		 809 aa  155  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  24.84 
 
 		 819 aa  155  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  23.58 
 
 		 821 aa  155  4e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  24.54 
 
 		 823 aa  154  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1041  type IV secretion system protein VirB4  20.71 
 
 		 791 aa  154  8e-36  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  24.3 
 
 		 817 aa  152  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  24.17 
 
 		 816 aa  152  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  25.19 
 
 		 817 aa  152  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  24.29 
 
 		 823 aa  152  3e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  23.97 
 
 		 811 aa  152  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  24.74 
 
 		 825 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  24.55 
 
 		 819 aa  149  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  24.55 
 
 		 816 aa  149  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  24.97 
 
 		 817 aa  148  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  23.88 
 
 		 816 aa  146  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  24.55 
 
 		 817 aa  144  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  24.84 
 
 		 813 aa  144  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  24.51 
 
 		 830 aa  142  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  23.65 
 
 		 820 aa  143  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  25.07 
 
 		 813 aa  141  6e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  24.78 
 
 		 816 aa  140  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  23.85 
 
 		 872 aa  138  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  25.84 
 
 		 816 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  25.26 
 
 		 808 aa  134  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  23.24 
 
 		 812 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  23.95 
 
 		 812 aa  132  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  25.31 
 
 		 812 aa  132  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  23.49 
 
 		 809 aa  131  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  24.57 
 
 		 809 aa  131  5.0000000000000004e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  23.73 
 
 		 808 aa  130  7.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  23.3 
 
 		 829 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  24.26 
 
 		 816 aa  129  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  24.26 
 
 		 816 aa  129  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  23.39 
 
 		 812 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  22.34 
 
 		 822 aa  128  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  23.41 
 
 		 817 aa  126  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  24.13 
 
 		 812 aa  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  24.19 
 
 		 811 aa  126  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  24.1 
 
 		 812 aa  126  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  23.98 
 
 		 812 aa  125  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  23.63 
 
 		 877 aa  122  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  24.19 
 
 		 814 aa  123  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  23.33 
 
 		 812 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  24 
 
 		 687 aa  122  3e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  23.2 
 
 		 836 aa  121  6e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>