150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8224 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8224  type IV secretion system protein VirB4  100 
 
 		 789 aa  1620    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3523  type IV secretion system protein VirB4  50.25 
 
 		 797 aa  789    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6159  type IV secretion system protein VirB4  81.5 
 
 		 789 aa  1357    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0089682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  40.9 
 
 		 788 aa  595  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  40 
 
 		 796 aa  594  1e-168  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.62 
 
 		 790 aa  589  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.67 
 
 		 793 aa  588  1e-166  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  41.39 
 
 		 805 aa  576  1.0000000000000001e-163  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  35.99 
 
 		 785 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  34.53 
 
 		 835 aa  462  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  33.83 
 
 		 830 aa  412  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  33.12 
 
 		 822 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.33 
 
 		 803 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.59 
 
 		 822 aa  409  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.78 
 
 		 826 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.78 
 
 		 826 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  30.49 
 
 		 829 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.33 
 
 		 815 aa  404  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  33.25 
 
 		 823 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.53 
 
 		 826 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  33.08 
 
 		 800 aa  400  9.999999999999999e-111  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  32.07 
 
 		 831 aa  399  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  33.17 
 
 		 800 aa  397  1e-109  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  32.33 
 
 		 821 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  32.07 
 
 		 831 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.41 
 
 		 805 aa  395  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  33.5 
 
 		 816 aa  389  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  32.21 
 
 		 804 aa  381  1e-104  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  31.68 
 
 		 830 aa  382  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  31.9 
 
 		 819 aa  382  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  30.2 
 
 		 839 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  30.93 
 
 		 801 aa  364  3e-99  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  30.68 
 
 		 803 aa  364  4e-99  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  31.28 
 
 		 819 aa  357  5e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0037  triC protein  26.9 
 
 		 915 aa  315  2.9999999999999996e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  26.67 
 
 		 924 aa  298  2e-79  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  27.21 
 
 		 876 aa  296  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0153  hypothetical protein  27.69 
 
 		 826 aa  295  3e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0171  hypothetical protein  27.11 
 
 		 826 aa  293  7e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  27.18 
 
 		 915 aa  285  2.0000000000000002e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  24.75 
 
 		 922 aa  273  7e-72  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  26.33 
 
 		 916 aa  259  9e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5026  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  28.73 
 
 		 804 aa  259  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.451352  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  29.68 
 
 		 561 aa  242  2e-62  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0012  conjugal transfer protein  24.51 
 
 		 792 aa  226  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.829213 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  25.41 
 
 		 849 aa  226  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08213  conjugal transfer protein TraE  23.77 
 
 		 752 aa  201  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  28.25 
 
 		 791 aa  190  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.25 
 
 		 787 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.07 
 
 		 791 aa  186  2.0000000000000003e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7534  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  25.7 
 
 		 857 aa  185  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339872  normal  0.0463504 
 
 
-
 
NC_002978  WD1173  type IV secretion system protein VirB4, putative  21.15 
 
 		 788 aa  175  2.9999999999999996e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0030  conjugal transfer protein  21.95 
 
 		 841 aa  156  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.59 
 
 		 827 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  25.59 
 
 		 819 aa  139  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.9 
 
 		 843 aa  135  1.9999999999999998e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  24.3 
 
 		 817 aa  135  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.78 
 
 		 840 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.78 
 
 		 840 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  28.91 
 
 		 840 aa  132  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1041  type IV secretion system protein VirB4  20.73 
 
 		 791 aa  131  6e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.72 
 
 		 831 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  25.19 
 
 		 813 aa  129  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  24 
 
 		 817 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  24.87 
 
 		 823 aa  128  5e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.21 
 
 		 850 aa  127  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  25.04 
 
 		 823 aa  127  7e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  23.82 
 
 		 809 aa  127  9e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  24.73 
 
 		 850 aa  127  1e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  23.96 
 
 		 819 aa  125  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  23.89 
 
 		 687 aa  125  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  25.63 
 
 		 816 aa  125  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  24.54 
 
 		 814 aa  125  4e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  23.98 
 
 		 817 aa  125  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  24.4 
 
 		 819 aa  124  7e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  24.5 
 
 		 811 aa  124  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  24.15 
 
 		 812 aa  123  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.59 
 
 		 844 aa  123  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  24.5 
 
 		 816 aa  123  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  25.46 
 
 		 813 aa  123  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.87 
 
 		 846 aa  122  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  25.29 
 
 		 816 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  23.72 
 
 		 817 aa  122  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  25.37 
 
 		 808 aa  122  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  26.07 
 
 		 816 aa  121  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  24.13 
 
 		 830 aa  120  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  24.69 
 
 		 877 aa  120  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  24.1 
 
 		 872 aa  120  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  24.72 
 
 		 816 aa  120  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  24.48 
 
 		 825 aa  120  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  25.78 
 
 		 820 aa  119  1.9999999999999998e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  23.69 
 
 		 822 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  25.14 
 
 		 814 aa  119  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  23.6 
 
 		 817 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  23.1 
 
 		 808 aa  118  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  24.22 
 
 		 816 aa  118  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  23.38 
 
 		 824 aa  118  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0053  VirB4  24.63 
 
 		 822 aa  117  7.999999999999999e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.111502  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  25.19 
 
 		 829 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  22.57 
 
 		 817 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>