161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5816 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5816  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  100 
 
 		 835 aa  1718    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  45.72 
 
 		 788 aa  656    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  43.7 
 
 		 793 aa  629  1e-179  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  43.19 
 
 		 796 aa  627  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  42.33 
 
 		 805 aa  608  9.999999999999999e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  42.42 
 
 		 790 aa  608  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  41.18 
 
 		 830 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  41.54 
 
 		 822 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  41.05 
 
 		 823 aa  589  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  40.51 
 
 		 821 aa  581  1e-164  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  40.76 
 
 		 822 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  39.95 
 
 		 826 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  40.12 
 
 		 826 aa  568  1e-160  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  40.12 
 
 		 826 aa  568  1e-160  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6325  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  37.21 
 
 		 829 aa  538  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0066  type IV secretion system protein VirB4  36.45 
 
 		 831 aa  528  1e-148  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0274973  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0060  type IV secretion system protein VirB4  36.45 
 
 		 831 aa  524  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  38.85 
 
 		 785 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  35.68 
 
 		 815 aa  499  1e-139  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  39.19 
 
 		 816 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  33.33 
 
 		 800 aa  473  1e-132  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0870  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.48 
 
 		 830 aa  475  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  33.21 
 
 		 800 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  33.01 
 
 		 801 aa  466  9.999999999999999e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  34.49 
 
 		 803 aa  464  1e-129  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  36.14 
 
 		 803 aa  462  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8224  type IV secretion system protein VirB4  34.53 
 
 		 789 aa  462  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6159  type IV secretion system protein VirB4  34.73 
 
 		 789 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.0089682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  34.67 
 
 		 819 aa  446  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  34.12 
 
 		 805 aa  442  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  35.13 
 
 		 839 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  33.42 
 
 		 804 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  33.21 
 
 		 819 aa  423  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3523  type IV secretion system protein VirB4  33.66 
 
 		 797 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0037  triC protein  30.78 
 
 		 915 aa  385  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  31.62 
 
 		 915 aa  360  5e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7347  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  30.13 
 
 		 849 aa  358  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.327754 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0153  hypothetical protein  29.26 
 
 		 826 aa  352  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  27.62 
 
 		 924 aa  345  2e-93  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0102  pilx4 protein  29.16 
 
 		 876 aa  343  7e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.894843 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0171  hypothetical protein  28.82 
 
 		 826 aa  343  1e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  26.96 
 
 		 922 aa  332  1e-89  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  30.62 
 
 		 916 aa  328  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5026  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  29.16 
 
 		 804 aa  308  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.451352  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08213  conjugal transfer protein TraE  30 
 
 		 752 aa  298  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0012  conjugal transfer protein  27.33 
 
 		 792 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.829213 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3976  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  28.81 
 
 		 787 aa  257  5e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3819  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  28.97 
 
 		 791 aa  257  6e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.321786  normal  0.020067 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  31.25 
 
 		 561 aa  257  8e-67  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  29.43 
 
 		 791 aa  254  6e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7534  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  26.64 
 
 		 857 aa  233  9e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339872  normal  0.0463504 
 
 
-
 
NC_002978  WD1173  type IV secretion system protein VirB4, putative  21.57 
 
 		 788 aa  221  3.9999999999999997e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0030  conjugal transfer protein  24.44 
 
 		 841 aa  213  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1041  type IV secretion system protein VirB4  22.51 
 
 		 791 aa  205  3e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0839  type IV secretion system protein VirB5  20.94 
 
 		 791 aa  192  2e-47  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0234971  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.79 
 
 		 846 aa  167  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  25.03 
 
 		 816 aa  161  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  25.03 
 
 		 816 aa  161  5e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  25.09 
 
 		 872 aa  159  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  24.84 
 
 		 812 aa  157  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  25.59 
 
 		 814 aa  153  1e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  25.21 
 
 		 812 aa  153  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  25.15 
 
 		 830 aa  152  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  25.06 
 
 		 877 aa  152  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  24.87 
 
 		 812 aa  151  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 812 aa  152  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  25.22 
 
 		 822 aa  149  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  23.9 
 
 		 824 aa  149  2.0000000000000003e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  24.97 
 
 		 812 aa  148  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  25.39 
 
 		 809 aa  147  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  25.46 
 
 		 821 aa  147  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  24.25 
 
 		 818 aa  147  8.000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  26.17 
 
 		 812 aa  147  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  24.54 
 
 		 812 aa  145  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  24.8 
 
 		 813 aa  146  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  24.75 
 
 		 813 aa  145  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  25.91 
 
 		 813 aa  144  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 811 aa  144  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  25.27 
 
 		 819 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  24.58 
 
 		 812 aa  142  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  24.25 
 
 		 847 aa  142  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  25.7 
 
 		 840 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  25.7 
 
 		 840 aa  141  3.9999999999999997e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  24.64 
 
 		 814 aa  141  6e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  22.62 
 
 		 850 aa  139  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  23.95 
 
 		 829 aa  139  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  24.38 
 
 		 812 aa  138  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  23.59 
 
 		 820 aa  138  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  25.32 
 
 		 840 aa  136  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  25 
 
 		 687 aa  135  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  24.29 
 
 		 836 aa  135  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  24.26 
 
 		 813 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  25.39 
 
 		 808 aa  133  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  24.65 
 
 		 808 aa  131  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  22.92 
 
 		 817 aa  130  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  24.12 
 
 		 809 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.04 
 
 		 827 aa  130  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 813 aa  127  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  21.19 
 
 		 843 aa  127  1e-27  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.06 
 
 		 821 aa  127  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>