223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5371 on replicon NC_009507
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_2162  ATPase  62.49 
 
 		 847 aa  1116    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  61.16 
 
 		 868 aa  1079    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  100 
 
 		 864 aa  1783    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  30.82 
 
 		 827 aa  388  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1535  hypothetical protein  31.55 
 
 		 860 aa  375  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.324807 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2653  hypothetical protein  30.66 
 
 		 855 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2320  hypothetical protein  30.55 
 
 		 855 aa  366  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.121695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  29.04 
 
 		 874 aa  347  5e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  27.8 
 
 		 864 aa  308  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  27.25 
 
 		 815 aa  299  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  27.44 
 
 		 809 aa  254  4.0000000000000004e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0029  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  25.65 
 
 		 875 aa  234  5e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4290  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  25.23 
 
 		 866 aa  233  9e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  24.55 
 
 		 815 aa  228  5.0000000000000005e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  24.83 
 
 		 862 aa  221  6e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  24.71 
 
 		 862 aa  219  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  24.71 
 
 		 862 aa  220  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  24.6 
 
 		 862 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  24.6 
 
 		 862 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0020  hypothetical protein  23.74 
 
 		 865 aa  217  7e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  24.25 
 
 		 815 aa  217  9e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  24.16 
 
 		 862 aa  216  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_08  conjugative transfer protein TraC  23.82 
 
 		 843 aa  213  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0028  hypothetical protein  22.96 
 
 		 858 aa  191  5.999999999999999e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0798103  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1089  type-IV secretion system protein TraC  25.09 
 
 		 866 aa  174  5e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  27.35 
 
 		 690 aa  168  5e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3777  sex pilus assembly protein  22.6 
 
 		 816 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.899145  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4218  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.64 
 
 		 894 aa  158  4e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.750787 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6224  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.73 
 
 		 860 aa  135  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.628877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  28.33 
 
 		 629 aa  95.5  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  27 
 
 		 629 aa  90.5  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  29.57 
 
 		 631 aa  89  4e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  26.48 
 
 		 569 aa  87.8  9e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  21.3 
 
 		 621 aa  84  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  27.72 
 
 		 630 aa  82.8  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3545  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.5 
 
 		 811 aa  82.8  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0653304  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6919  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.48 
 
 		 792 aa  81.3  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.17 
 
 		 608 aa  80.1  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  24.25 
 
 		 841 aa  78.6  0.0000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4357  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.24 
 
 		 819 aa  78.6  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.471619  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  21.91 
 
 		 841 aa  76.6  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.23 
 
 		 611 aa  75.9  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3253  type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.13 
 
 		 861 aa  75.1  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.06 
 
 		 595 aa  75.1  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3629  Type IV secretory pathway VirB4 protein  25.19 
 
 		 866 aa  74.7  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0648  hypothetical protein  22.87 
 
 		 908 aa  73.6  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.685695  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3004  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.43 
 
 		 837 aa  73.9  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  24.45 
 
 		 824 aa  73.6  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0518  Type IV secretory pathway VirB4 protein  24.81 
 
 		 845 aa  72.4  0.00000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.832849  normal  0.194578 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0505  type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TraC  25.06 
 
 		 843 aa  70.5  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  25.34 
 
 		 812 aa  70.9  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6709  hypothetical protein  23.1 
 
 		 845 aa  69.7  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.534859  normal  0.161214 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  24.45 
 
 		 616 aa  70.1  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  26.59 
 
 		 819 aa  69.3  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  23.77 
 
 		 687 aa  69.3  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  22.36 
 
 		 839 aa  68.9  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  25.14 
 
 		 818 aa  68.9  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 816 aa  67.8  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  25 
 
 		 816 aa  67.8  0.0000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2973  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.66 
 
 		 659 aa  67.4  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.73 
 
 		 785 aa  66.2  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  22.76 
 
 		 823 aa  63.9  0.00000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  24.4 
 
 		 812 aa  63.5  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  24.01 
 
 		 840 aa  62.8  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  24.01 
 
 		 840 aa  62.8  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  24.25 
 
 		 840 aa  62  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1256  hypothetical protein  22.42 
 
 		 963 aa  62  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0914  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  21.05 
 
 		 1043 aa  62  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  22.52 
 
 		 811 aa  61.6  0.00000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.75 
 
 		 819 aa  62  0.00000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  24.17 
 
 		 809 aa  61.6  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  23.73 
 
 		 847 aa  61.6  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  23.74 
 
 		 817 aa  61.6  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  22.44 
 
 		 836 aa  61.2  0.00000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  24.51 
 
 		 812 aa  61.2  0.00000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0179  membrane bound ATPase, putative  21.39 
 
 		 955 aa  61.2  0.00000008  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  23.35 
 
 		 812 aa  61.2  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  22.53 
 
 		 820 aa  61.2  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  24.54 
 
 		 823 aa  60.8  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  22.22 
 
 		 819 aa  61.2  0.00000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3023  hypothetical protein  23.09 
 
 		 917 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.15 
 
 		 805 aa  60.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1184  hypothetical protein  22.24 
 
 		 955 aa  60.8  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  22.68 
 
 		 815 aa  60.5  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.96 
 
 		 790 aa  60.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4179  hypothetical protein  22.48 
 
 		 969 aa  60.5  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.16 
 
 		 915 aa  60.5  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  25.24 
 
 		 813 aa  60.1  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3424  hypothetical protein  22.89 
 
 		 956 aa  60.1  0.0000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  22.37 
 
 		 809 aa  59.7  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  24 
 
 		 819 aa  59.7  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1100  AAA ATPase  24.03 
 
 		 821 aa  60.1  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  22.19 
 
 		 817 aa  59.7  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  22.76 
 
 		 825 aa  60.5  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3057  AAA ATPase  23.39 
 
 		 816 aa  59.7  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0025  hypothetical protein  22.48 
 
 		 699 aa  59.3  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  22.25 
 
 		 808 aa  59.3  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  22.88 
 
 		 814 aa  59.3  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0132  hypothetical protein  22.48 
 
 		 699 aa  59.3  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000387943 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3330  hypothetical protein  22.93 
 
 		 913 aa  59.3  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543175  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>