246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_2162 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  62.49 
 
 		 864 aa  1116    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  100 
 
 		 847 aa  1746    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  56.19 
 
 		 868 aa  976    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  31.9 
 
 		 827 aa  392  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  27.98 
 
 		 874 aa  365  2e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1535  hypothetical protein  29.75 
 
 		 860 aa  354  5e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.324807 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2320  hypothetical protein  28.89 
 
 		 855 aa  345  2e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.121695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2653  hypothetical protein  28.77 
 
 		 855 aa  344  5e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  27.38 
 
 		 864 aa  304  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  24.55 
 
 		 815 aa  270  8e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  25.95 
 
 		 815 aa  253  1e-65  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  25.47 
 
 		 815 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  26.95 
 
 		 809 aa  241  5e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4290  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  24.61 
 
 		 866 aa  231  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0020  hypothetical protein  25.26 
 
 		 865 aa  216  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_08  conjugative transfer protein TraC  23.4 
 
 		 843 aa  210  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0029  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  24.13 
 
 		 875 aa  207  5e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0028  hypothetical protein  23.22 
 
 		 858 aa  204  7e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0798103  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3777  sex pilus assembly protein  24.8 
 
 		 816 aa  204  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.899145  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  23.76 
 
 		 862 aa  198  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  23.76 
 
 		 862 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  23.65 
 
 		 862 aa  197  7e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  23.65 
 
 		 862 aa  197  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  23.65 
 
 		 862 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  23.18 
 
 		 862 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1089  type-IV secretion system protein TraC  22.44 
 
 		 866 aa  170  1e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  25.33 
 
 		 690 aa  148  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6224  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.87 
 
 		 860 aa  134  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.628877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4218  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.1 
 
 		 894 aa  124  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.750787 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.28 
 
 		 608 aa  104  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6919  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.08 
 
 		 792 aa  97.8  6e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3004  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.67 
 
 		 837 aa  95.9  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6709  hypothetical protein  24.5 
 
 		 845 aa  93.6  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.534859  normal  0.161214 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.74 
 
 		 629 aa  93.2  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.99 
 
 		 629 aa  91.3  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.18 
 
 		 630 aa  90.5  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  23.85 
 
 		 841 aa  90.1  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  21.98 
 
 		 621 aa  89  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.53 
 
 		 611 aa  87.8  8e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  25 
 
 		 569 aa  86.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4357  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.71 
 
 		 819 aa  86.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.471619  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3545  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.6 
 
 		 811 aa  85.9  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0653304  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3253  type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.64 
 
 		 861 aa  85.5  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.79 
 
 		 595 aa  84.7  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0648  hypothetical protein  24.5 
 
 		 908 aa  84  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.685695  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.7 
 
 		 631 aa  83.6  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  22.14 
 
 		 841 aa  82.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.09 
 
 		 785 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  26.24 
 
 		 788 aa  81.3  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.95 
 
 		 790 aa  80.1  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  26.2 
 
 		 616 aa  79  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  26.67 
 
 		 824 aa  77.8  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  26.21 
 
 		 836 aa  76.6  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3330  hypothetical protein  22.97 
 
 		 913 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  24.94 
 
 		 818 aa  75.1  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2441  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  23.68 
 
 		 815 aa  73.9  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.06702  normal  0.584537 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  26.32 
 
 		 816 aa  73.9  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1815  putative type IV secretory pathway VirB4 protein  23.77 
 
 		 747 aa  73.9  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  26.32 
 
 		 816 aa  73.9  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  27.69 
 
 		 813 aa  73.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2948  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.2 
 
 		 913 aa  73.6  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  26.02 
 
 		 823 aa  72.8  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3629  Type IV secretory pathway VirB4 protein  23.76 
 
 		 866 aa  73.6  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  26.1 
 
 		 847 aa  73.2  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  21.23 
 
 		 843 aa  72.4  0.00000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  26.77 
 
 		 816 aa  72.4  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  21.74 
 
 		 915 aa  72  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  25.65 
 
 		 823 aa  71.6  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1137  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  24.68 
 
 		 816 aa  71.6  0.00000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  26.04 
 
 		 816 aa  71.6  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0505  type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TraC  24.01 
 
 		 843 aa  70.9  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  26.04 
 
 		 816 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.07 
 
 		 805 aa  70.9  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  24.34 
 
 		 808 aa  70.5  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0450  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  24.28 
 
 		 823 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.228216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  23.18 
 
 		 817 aa  70.5  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4851  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.44 
 
 		 826 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  25.66 
 
 		 816 aa  70.5  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3315  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.44 
 
 		 826 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  25.66 
 
 		 816 aa  70.9  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6504  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  24.29 
 
 		 821 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  25.28 
 
 		 825 aa  69.7  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1184  hypothetical protein  21.94 
 
 		 955 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  24.23 
 
 		 820 aa  69.7  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4200  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.81 
 
 		 826 aa  70.1  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.985629 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  25.66 
 
 		 817 aa  70.1  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0435  hypothetical protein  23.74 
 
 		 949 aa  69.7  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.544746  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2394  hypothetical protein  23.8 
 
 		 962 aa  70.1  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1442  hypothetical protein  22.02 
 
 		 1002 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.188514 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  23.37 
 
 		 819 aa  69.3  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  25.28 
 
 		 809 aa  68.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18940  hypothetical protein  22.61 
 
 		 908 aa  69.3  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0727779 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1626  hypothetical protein  23.49 
 
 		 949 aa  69.3  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0163  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  24.48 
 
 		 822 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1756  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  25.21 
 
 		 830 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  22.76 
 
 		 817 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  24.91 
 
 		 811 aa  68.6  0.0000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  26.04 
 
 		 819 aa  68.6  0.0000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0028  cmgB3/4  23.82 
 
 		 922 aa  68.6  0.0000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  25.06 
 
 		 812 aa  68.2  0.0000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>