62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2948 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4179  hypothetical protein  63.18 
 
 		 969 aa  1149    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2186  hypothetical protein  64.9 
 
 		 962 aa  1160    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2394  hypothetical protein  64.9 
 
 		 962 aa  1160    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2948  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  100 
 
 		 913 aa  1873    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4515  type IV secretory pathway, VirB4 component  55.37 
 
 		 983 aa  1011    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0859  hypothetical protein  60.82 
 
 		 889 aa  1072    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3424  hypothetical protein  63.75 
 
 		 956 aa  1162    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0337  putative plasmid-related protein  53.37 
 
 		 952 aa  972    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.92337  normal  0.715711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4086  putative plasmid-related protein  52.98 
 
 		 954 aa  967    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4169  putative plasmid-related protein  52.93 
 
 		 954 aa  961    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3705  hypothetical protein  53.99 
 
 		 948 aa  979    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3330  hypothetical protein  96.17 
 
 		 913 aa  1805    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0948  hypothetical protein  64.79 
 
 		 962 aa  1157    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.711504  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2859  AAA ATPase  64.16 
 
 		 960 aa  1162    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1164  hypothetical protein  59.59 
 
 		 659 aa  707    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146013  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36280  lipoprotein  59.82 
 
 		 973 aa  1088    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0683  hypothetical protein  63.8 
 
 		 960 aa  1129    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.439939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0435  hypothetical protein  64.48 
 
 		 949 aa  1168    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.544746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0662  hypothetical protein  53.31 
 
 		 941 aa  950    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1626  hypothetical protein  63.67 
 
 		 949 aa  1176    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1256  hypothetical protein  63.62 
 
 		 963 aa  1160    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1398  hypothetical protein  63.33 
 
 		 955 aa  1190    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1442  hypothetical protein  60.77 
 
 		 1002 aa  1115    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.188514 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2755  hypothetical protein  39.38 
 
 		 964 aa  645    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.446038  normal  0.940253 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0648  hypothetical protein  46.5 
 
 		 908 aa  842    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.685695  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0502  hypothetical protein  65 
 
 		 978 aa  1157    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.147471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3023  hypothetical protein  80.59 
 
 		 917 aa  1512    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1184  hypothetical protein  63.85 
 
 		 955 aa  1164    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3926  hypothetical protein  47.25 
 
 		 1042 aa  863    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2353  hypothetical protein  63.4 
 
 		 963 aa  1153    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000463521  unclonable  0.00000047318 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59940  hypothetical protein  55.07 
 
 		 980 aa  1008    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.163365  hitchhiker  0.00000000104179 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1764  hypothetical protein  51.24 
 
 		 938 aa  930    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2392  hypothetical protein  29.43 
 
 		 924 aa  370  1e-101  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1060  hypothetical protein  29.31 
 
 		 916 aa  344  4e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1022  hypothetical protein  29.31 
 
 		 916 aa  344  4e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0614  hypothetical protein  60 
 
 		 240 aa  287  5.999999999999999e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  23.79 
 
 		 874 aa  79.7  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  23.2 
 
 		 847 aa  73.6  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  25.15 
 
 		 864 aa  67  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  23.23 
 
 		 862 aa  64.3  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  20 
 
 		 815 aa  62.8  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  23.01 
 
 		 862 aa  62.4  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  23.01 
 
 		 862 aa  62.4  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  23.01 
 
 		 862 aa  62.4  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  23.01 
 
 		 862 aa  62  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  20.6 
 
 		 690 aa  62  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.28 
 
 		 868 aa  57  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  22.96 
 
 		 841 aa  55.5  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  22.32 
 
 		 862 aa  53.5  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  22.88 
 
 		 864 aa  53.5  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.62 
 
 		 630 aa  51.2  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  30.43 
 
 		 629 aa  50.1  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.39 
 
 		 629 aa  50.1  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.08 
 
 		 595 aa  49.3  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  30.53 
 
 		 608 aa  49.3  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6728  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.41 
 
 		 657 aa  46.6  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726364  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  20.9 
 
 		 621 aa  46.2  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0301  hypothetical protein  27.69 
 
 		 818 aa  46.2  0.003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0733022  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  25.28 
 
 		 687 aa  45.1  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  22.83 
 
 		 815 aa  44.7  0.008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  29.23 
 
 		 817 aa  44.3  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0042  type II secretion system protein E  31.29 
 
 		 568 aa  44.3  0.01  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>