53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2353 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4515  type IV secretory pathway, VirB4 component  62.08 
 
 		 983 aa  1179    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3926  hypothetical protein  43.98 
 
 		 1042 aa  847    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1256  hypothetical protein  98.65 
 
 		 963 aa  1958    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1398  hypothetical protein  94.7 
 
 		 955 aa  1873    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2186  hypothetical protein  79.56 
 
 		 962 aa  1530    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2394  hypothetical protein  79.88 
 
 		 962 aa  1538    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0859  hypothetical protein  67.49 
 
 		 889 aa  1209    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0948  hypothetical protein  80.5 
 
 		 962 aa  1554    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.711504  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2948  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  63.4 
 
 		 913 aa  1172    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0502  hypothetical protein  78.23 
 
 		 978 aa  1499    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.147471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3330  hypothetical protein  63.5 
 
 		 913 aa  1173    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3705  hypothetical protein  52.22 
 
 		 948 aa  958    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3424  hypothetical protein  93.04 
 
 		 956 aa  1816    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0337  putative plasmid-related protein  50.76 
 
 		 952 aa  921    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.92337  normal  0.715711 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4086  putative plasmid-related protein  51.24 
 
 		 954 aa  919    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4169  putative plasmid-related protein  50.92 
 
 		 954 aa  919    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.660111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4179  hypothetical protein  93.7 
 
 		 969 aa  1840    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0837304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36280  lipoprotein  64.52 
 
 		 973 aa  1222    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1442  hypothetical protein  65.64 
 
 		 1002 aa  1271    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.188514 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1626  hypothetical protein  81.99 
 
 		 949 aa  1624    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0662  hypothetical protein  51.62 
 
 		 941 aa  934    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0435  hypothetical protein  81.62 
 
 		 949 aa  1564    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.544746  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0648  hypothetical protein  44.87 
 
 		 908 aa  820    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.685695  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0683  hypothetical protein  81.22 
 
 		 960 aa  1565    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.439939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3023  hypothetical protein  63.88 
 
 		 917 aa  1189    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1164  hypothetical protein  93.7 
 
 		 659 aa  1230    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146013  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2859  AAA ATPase  78.3 
 
 		 960 aa  1536    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1184  hypothetical protein  94.8 
 
 		 955 aa  1846    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2353  hypothetical protein  100 
 
 		 963 aa  1976    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000463521  unclonable  0.00000047318 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59940  hypothetical protein  62.41 
 
 		 980 aa  1167    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.163365  hitchhiker  0.00000000104179 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1764  hypothetical protein  50.55 
 
 		 938 aa  918    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2755  hypothetical protein  38.46 
 
 		 964 aa  611  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.446038  normal  0.940253 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2392  hypothetical protein  29.15 
 
 		 924 aa  340  5e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1060  hypothetical protein  27.56 
 
 		 916 aa  313  1e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1022  hypothetical protein  27.56 
 
 		 916 aa  313  1e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0614  hypothetical protein  56.77 
 
 		 240 aa  292  2e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  23.7 
 
 		 874 aa  75.5  0.000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  21.41 
 
 		 815 aa  68.6  0.0000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  21.88 
 
 		 847 aa  65.5  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.88 
 
 		 868 aa  63.9  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  22.78 
 
 		 690 aa  60.5  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  22.32 
 
 		 864 aa  58.5  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  23.45 
 
 		 841 aa  51.6  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  28.9 
 
 		 569 aa  47.4  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2653  hypothetical protein  21.46 
 
 		 855 aa  47.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  24.77 
 
 		 803 aa  47  0.002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  22.62 
 
 		 827 aa  46.2  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3629  Type IV secretory pathway VirB4 protein  22.37 
 
 		 866 aa  46.2  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.17 
 
 		 630 aa  45.4  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  25.69 
 
 		 629 aa  45.4  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.03 
 
 		 629 aa  45.4  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0016  hypothetical protein  23.37 
 
 		 938 aa  45.1  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2320  hypothetical protein  21.77 
 
 		 855 aa  45.1  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.121695  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>