130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4226 on replicon NC_007490
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  100 
 
 
827 aa  1694    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  31.9 
 
 
847 aa  392  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  30.82 
 
 
864 aa  388  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  30.99 
 
 
868 aa  369  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  27.66 
 
 
815 aa  296  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  27.9 
 
 
874 aa  279  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  27.11 
 
 
864 aa  279  2e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2320  hypothetical protein  26.64 
 
 
855 aa  253  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.121695  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2653  hypothetical protein  26.75 
 
 
855 aa  253  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696195  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1535  hypothetical protein  26.19 
 
 
860 aa  249  1e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.324807 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  26.92 
 
 
809 aa  243  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  29.57 
 
 
690 aa  207  5e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_08  conjugative transfer protein TraC  26.25 
 
 
843 aa  207  6e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0029  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  25.48 
 
 
875 aa  201  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4290  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  24.76 
 
 
866 aa  190  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  25.03 
 
 
862 aa  187  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  25.03 
 
 
862 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  24.91 
 
 
862 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  24.91 
 
 
862 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  24.91 
 
 
862 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  25.32 
 
 
815 aa  183  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  24.76 
 
 
862 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  29.05 
 
 
815 aa  178  5e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0020  hypothetical protein  24.02 
 
 
865 aa  177  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0028  hypothetical protein  23.17 
 
 
858 aa  174  5.999999999999999e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0798103  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3777  sex pilus assembly protein  25 
 
 
816 aa  174  7.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.899145  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1089  type-IV secretion system protein TraC  22.95 
 
 
866 aa  171  6e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6224  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.29 
 
 
860 aa  154  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.628877  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4218  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.89 
 
 
894 aa  124  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.750787 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3545  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.91 
 
 
811 aa  105  3e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0653304  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4357  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  26.25 
 
 
819 aa  97.1  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.471619  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3253  type IV secretory pathway VirB4 components-like  24.48 
 
 
861 aa  95.9  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6919  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.21 
 
 
792 aa  91.3  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3004  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.99 
 
 
837 aa  90.5  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  25.49 
 
 
841 aa  88.2  6e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  22.42 
 
 
569 aa  88.2  6e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6709  hypothetical protein  27.06 
 
 
845 aa  87.4  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.534859  normal  0.161214 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2973  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.06 
 
 
659 aa  85.5  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.64 
 
 
595 aa  83.2  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.09 
 
 
611 aa  81.3  0.00000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  26.02 
 
 
629 aa  80.5  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.37 
 
 
631 aa  80.1  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.82 
 
 
608 aa  78.6  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.86 
 
 
629 aa  75.1  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.44 
 
 
630 aa  74.3  0.000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  23.81 
 
 
621 aa  72  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.96 
 
 
785 aa  71.6  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0791  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.43 
 
 
815 aa  69.3  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0505  type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TraC  24.43 
 
 
843 aa  67  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3629  Type IV secretory pathway VirB4 protein  24.94 
 
 
866 aa  65.9  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0914  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.13 
 
 
1043 aa  65.9  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  22.15 
 
 
841 aa  64.7  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.22 
 
 
803 aa  63.5  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0518  Type IV secretory pathway VirB4 protein  24.57 
 
 
845 aa  62.8  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.832849  normal  0.194578 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6728  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.61 
 
 
657 aa  63.2  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726364  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  21.53 
 
 
788 aa  62.4  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0179  membrane bound ATPase, putative  20.8 
 
 
955 aa  62  0.00000004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  26.02 
 
 
824 aa  60.8  0.00000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  21.92 
 
 
839 aa  60.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  22.79 
 
 
616 aa  59.7  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18940  hypothetical protein  22.87 
 
 
908 aa  57.4  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0727779 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3057  AAA ATPase  23.5 
 
 
816 aa  57.4  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1442  hypothetical protein  20.71 
 
 
1002 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.418268  normal  0.188514 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1100  AAA ATPase  23.02 
 
 
821 aa  56.2  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1505  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.44 
 
 
836 aa  55.8  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0609191  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1502  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  20.52 
 
 
609 aa  56.2  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2190  AAA ATPase  29.48 
 
 
622 aa  55.5  0.000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0020112  hitchhiker  0.0000768998 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0025  hypothetical protein  21.26 
 
 
699 aa  53.9  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0301  hypothetical protein  20.68 
 
 
818 aa  53.5  0.00001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0733022  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1184  hypothetical protein  22.85 
 
 
955 aa  54.3  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  25.34 
 
 
814 aa  53.9  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8472  hypothetical protein  22.76 
 
 
830 aa  53.5  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.547779  normal  0.957952 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0132  hypothetical protein  21.26 
 
 
699 aa  53.9  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000387943 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3424  hypothetical protein  21.8 
 
 
956 aa  52.4  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.38542 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1395  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.05 
 
 
616 aa  51.6  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0290868  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1626  hypothetical protein  22.32 
 
 
949 aa  51.6  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2753  hypothetical protein  19.13 
 
 
610 aa  52  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.14 
 
 
805 aa  51.6  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0435  hypothetical protein  22.03 
 
 
949 aa  51.6  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.544746  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0226  hypothetical protein  21 
 
 
699 aa  51.6  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.62 
 
 
815 aa  51.2  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  21.65 
 
 
819 aa  50.8  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0108  TriC protein  21.89 
 
 
916 aa  50.4  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1256  hypothetical protein  22.73 
 
 
963 aa  50.1  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0180  cmgb3/4  33.77 
 
 
561 aa  50.1  0.0002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.96 
 
 
804 aa  49.3  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  20.88 
 
 
819 aa  49.3  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0231  hypothetical protein  23.84 
 
 
846 aa  48.9  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0648  hypothetical protein  23.89 
 
 
908 aa  48.9  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.685695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1487  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.74 
 
 
915 aa  48.9  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.15 
 
 
846 aa  48.5  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3330  hypothetical protein  22.06 
 
 
913 aa  48.5  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.543175  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  22.3 
 
 
823 aa  48.1  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  22.3 
 
 
823 aa  48.1  0.0007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  21.7 
 
 
811 aa  48.1  0.0007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  20.63 
 
 
816 aa  48.1  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  20.63 
 
 
816 aa  48.1  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1287  Tn5252, Orf26  19.82 
 
 
776 aa  47.4  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  21.27 
 
 
813 aa  47.4  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1815  putative type IV secretory pathway VirB4 protein  20 
 
 
747 aa  47.4  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>