90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_A0029 on replicon NC_010488
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009425  Ent638_4290  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  44.02 
 
 		 866 aa  725    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0029  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  100 
 
 		 875 aa  1820    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006366  plpl0020  hypothetical protein  30.92 
 
 		 865 aa  410  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0028  hypothetical protein  31.96 
 
 		 858 aa  399  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0798103  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_08  conjugative transfer protein TraC  29.25 
 
 		 843 aa  340  5.9999999999999996e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  26.7 
 
 		 862 aa  280  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  26.58 
 
 		 862 aa  279  2e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  26.58 
 
 		 862 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  26.47 
 
 		 862 aa  277  7e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  26.35 
 
 		 862 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  26.06 
 
 		 862 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  25.83 
 
 		 864 aa  243  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  25.96 
 
 		 874 aa  238  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  25.65 
 
 		 864 aa  234  5e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  25.43 
 
 		 868 aa  220  8.999999999999998e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  24.13 
 
 		 847 aa  207  6e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  25.48 
 
 		 827 aa  201  6e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1535  hypothetical protein  25.38 
 
 		 860 aa  194  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.324807 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2320  hypothetical protein  25.98 
 
 		 855 aa  193  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.121695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2653  hypothetical protein  26.1 
 
 		 855 aa  192  2e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  23.27 
 
 		 815 aa  174  9e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  23.06 
 
 		 815 aa  171  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  23.51 
 
 		 815 aa  169  2.9999999999999998e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  23.25 
 
 		 809 aa  157  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  24.35 
 
 		 690 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3777  sex pilus assembly protein  22.51 
 
 		 816 aa  131  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.899145  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1089  type-IV secretion system protein TraC  21.74 
 
 		 866 aa  123  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6224  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.75 
 
 		 860 aa  99  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.628877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4218  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  20.69 
 
 		 894 aa  89.7  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.750787 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3545  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.87 
 
 		 811 aa  87.8  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0653304  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4357  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  24.52 
 
 		 819 aa  85.5  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.471619  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3253  type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.34 
 
 		 861 aa  80.9  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  23.02 
 
 		 841 aa  79.7  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6709  hypothetical protein  23.57 
 
 		 845 aa  73.9  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.534859  normal  0.161214 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0301  hypothetical protein  21.88 
 
 		 818 aa  70.9  0.00000000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0733022  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2973  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  24.01 
 
 		 659 aa  70.5  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3004  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.3 
 
 		 837 aa  68.9  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0179  membrane bound ATPase, putative  20.78 
 
 		 955 aa  68.9  0.0000000004  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.23 
 
 		 611 aa  67  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3629  Type IV secretory pathway VirB4 protein  26.49 
 
 		 866 aa  67.4  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  22.11 
 
 		 616 aa  67.4  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0518  Type IV secretory pathway VirB4 protein  24.8 
 
 		 845 aa  65.9  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.832849  normal  0.194578 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  24.14 
 
 		 629 aa  64.3  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.91 
 
 		 608 aa  62  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  23.22 
 
 		 846 aa  61.2  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  21.41 
 
 		 630 aa  57  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  23.64 
 
 		 569 aa  57  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6919  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  20.47 
 
 		 792 aa  57  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2190  AAA ATPase  26.32 
 
 		 622 aa  56.2  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.0020112  hitchhiker  0.0000768998 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.88 
 
 		 631 aa  56.6  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.38 
 
 		 629 aa  55.8  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3127  hypothetical protein  21.47 
 
 		 610 aa  54.3  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  24.66 
 
 		 812 aa  53.9  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  21.88 
 
 		 813 aa  53.9  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2948  Type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TRAC  21.01 
 
 		 841 aa  54.3  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  21.38 
 
 		 621 aa  53.9  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0505  type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TraC  24.14 
 
 		 843 aa  54.3  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1342  ATP-binding protein  23.96 
 
 		 461 aa  52.8  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4485  hypothetical protein  31.33 
 
 		 897 aa  52  0.00005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  22.58 
 
 		 816 aa  52  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  22.81 
 
 		 810 aa  50.8  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  22.46 
 
 		 839 aa  50.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  22.51 
 
 		 809 aa  48.1  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  23.4 
 
 		 813 aa  48.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  23.88 
 
 		 812 aa  47.4  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  23.84 
 
 		 823 aa  47.4  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  23.26 
 
 		 687 aa  47.4  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  22.86 
 
 		 817 aa  47  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  18.98 
 
 		 850 aa  47  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  22.82 
 
 		 830 aa  47.4  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1199  hypothetical protein  28.17 
 
 		 898 aa  47.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  26.46 
 
 		 820 aa  47.4  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  22.77 
 
 		 840 aa  46.6  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  22.63 
 
 		 812 aa  46.6  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  22.45 
 
 		 817 aa  46.2  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  22.12 
 
 		 819 aa  46.2  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  20.98 
 
 		 843 aa  45.8  0.003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  23.53 
 
 		 823 aa  45.8  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1525  AAA ATPase  26.34 
 
 		 624 aa  45.1  0.005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.368938  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2655  putative Type IV secretion system protein VirB4/TraE  26.84 
 
 		 822 aa  45.4  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.03 
 
 		 840 aa  45.4  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  23.03 
 
 		 840 aa  45.4  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3641  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  24.26 
 
 		 791 aa  45.4  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.227146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  20.63 
 
 		 812 aa  45.4  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  21.41 
 
 		 816 aa  45.4  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  21.41 
 
 		 816 aa  45.4  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  23.44 
 
 		 814 aa  44.7  0.007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  21.17 
 
 		 822 aa  44.7  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4445  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.37 
 
 		 803 aa  44.3  0.01  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.346994  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  25.32 
 
 		 814 aa  44.3  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>