95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1089 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1089  type-IV secretion system protein TraC  100 
 
 		 866 aa  1791    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0371  F-pilin subunit assembly into extended F pili  31.17 
 
 		 809 aa  360  5e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0095  type IV conjugative transfer system protein TraC  26.76 
 
 		 815 aa  300  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.124816 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0253  sex pilus assembly protein  23.52 
 
 		 815 aa  211  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0316  sex pilus assembly protein  23.54 
 
 		 815 aa  206  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1535  hypothetical protein  25.3 
 
 		 860 aa  199  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.324807 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4178  hypothetical protein  25.35 
 
 		 874 aa  197  9e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0161122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2320  hypothetical protein  24.7 
 
 		 855 aa  189  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.121695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2653  hypothetical protein  24.57 
 
 		 855 aa  187  5e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5371  Type-IV secretion system protein TraC  25.09 
 
 		 864 aa  174  5e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.622531 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4226  hypothetical protein  22.95 
 
 		 827 aa  171  6e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2162  ATPase  22.44 
 
 		 847 aa  170  1e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.532567  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6801  hypothetical protein  24.1 
 
 		 864 aa  169  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3777  sex pilus assembly protein  23.2 
 
 		 816 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.899145  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4218  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.65 
 
 		 894 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.750787 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_4006  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  27.27 
 
 		 868 aa  163  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.840318  n/a   
 
 
-
 
NC_006366  plpl0020  hypothetical protein  22.48 
 
 		 865 aa  134  6e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0028  hypothetical protein  21.53 
 
 		 858 aa  133  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0798103  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6224  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.85 
 
 		 860 aa  132  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.628877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0936  putative pillus assembly protein  21.47 
 
 		 690 aa  123  1.9999999999999998e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0029  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  21.74 
 
 		 875 aa  123  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4290  conjugal transfer ATP-binding protein TraC  21.83 
 
 		 866 aa  118  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4502  type-IV secretion system protein TraC  24.13 
 
 		 862 aa  114  9e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4378  type-IV secretion system protein TraC  25.11 
 
 		 862 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4442  Type-IV secretion system protein TraC  25.11 
 
 		 862 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4627  type-IV secretion system protein TraC  25.11 
 
 		 862 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.997489 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4535  type-IV secretion system protein TraC  25.11 
 
 		 862 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.862751 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4438  type-IV secretion system protein TraC  25.11 
 
 		 862 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.314552  normal  1 
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_08  conjugative transfer protein TraC  24.72 
 
 		 843 aa  112  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1693  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  24.31 
 
 		 629 aa  85.9  0.000000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000521447  normal  0.17897 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2548  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.05 
 
 		 629 aa  83.2  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0379852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3253  type IV secretory pathway VirB4 components-like  22.33 
 
 		 861 aa  73.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0931  hypothetical protein  22.39 
 
 		 616 aa  70.1  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2744  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.79 
 
 		 630 aa  69.7  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00908166  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0731  AAA ATPase  22.67 
 
 		 569 aa  69.3  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0912969  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6849  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.53 
 
 		 608 aa  67.8  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0610151  normal  0.925039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8579  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.97 
 
 		 595 aa  66.2  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161073  normal  0.268088 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0714  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  21.69 
 
 		 611 aa  65.1  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4376  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.29 
 
 		 785 aa  65.1  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.851787 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2528  AAA ATPase  20.83 
 
 		 621 aa  60.8  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  22.58 
 
 		 816 aa  60.5  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  22.29 
 
 		 809 aa  60.1  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6919  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  21 
 
 		 792 aa  59.3  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4177  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  21.79 
 
 		 804 aa  58.5  0.0000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.162179  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  22.93 
 
 		 854 aa  58.2  0.0000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4080  type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.59 
 
 		 631 aa  58.2  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.020005  normal  0.0495521 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  23.8 
 
 		 814 aa  58.2  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  23.3 
 
 		 817 aa  57  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  21.99 
 
 		 816 aa  57  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0177  hypothetical protein  29.57 
 
 		 696 aa  56.6  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  22.65 
 
 		 817 aa  57  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  22.33 
 
 		 819 aa  56.6  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  19.66 
 
 		 823 aa  56.2  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  22.28 
 
 		 824 aa  56.2  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6405  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.62 
 
 		 819 aa  55.8  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0682909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  20.35 
 
 		 845 aa  55.1  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  23.62 
 
 		 817 aa  55.5  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  22.65 
 
 		 811 aa  55.1  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  22.98 
 
 		 819 aa  54.7  0.000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  23.26 
 
 		 816 aa  54.7  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  22.98 
 
 		 816 aa  54.7  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  22.98 
 
 		 825 aa  54.3  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  22.97 
 
 		 816 aa  53.9  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6709  hypothetical protein  20.07 
 
 		 845 aa  53.9  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.534859  normal  0.161214 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  19.66 
 
 		 823 aa  53.9  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  20.49 
 
 		 788 aa  53.5  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  22.65 
 
 		 817 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  22.61 
 
 		 813 aa  53.1  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3545  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  22.8 
 
 		 811 aa  53.5  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0653304  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  22.99 
 
 		 805 aa  52.4  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  21.79 
 
 		 805 aa  52.8  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1395  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  25.39 
 
 		 616 aa  52.4  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0290868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0914  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  22.87 
 
 		 1043 aa  51.6  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0167  hypothetical protein  23.95 
 
 		 322 aa  50.4  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0100015  hitchhiker  6.88403e-24 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  20.28 
 
 		 819 aa  50.8  0.0001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0025  hypothetical protein  23.95 
 
 		 699 aa  50.4  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0132  hypothetical protein  23.95 
 
 		 699 aa  50.4  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000387943 
 
 
-
 
NC_002950  PG1481  conjugative transposon protein TraG  22.47 
 
 		 841 aa  50.8  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.612602 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4357  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  23.39 
 
 		 819 aa  48.9  0.0004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.471619  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9821  type IV secretion protein AvhB4  21.43 
 
 		 819 aa  48.5  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  19.55 
 
 		 846 aa  48.1  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  25.88 
 
 		 819 aa  48.1  0.0006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  21.47 
 
 		 839 aa  48.1  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6728  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  23.03 
 
 		 657 aa  48.1  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.726364  normal  0.776114 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0505  type IV secretory pathway VirB4 component, ATPase TraC  23.88 
 
 		 843 aa  47  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  23.21 
 
 		 840 aa  47.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.53 
 
 		 840 aa  47.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.53 
 
 		 840 aa  47.8  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0226  hypothetical protein  25.36 
 
 		 699 aa  47.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0301  hypothetical protein  20.94 
 
 		 818 aa  45.4  0.005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0733022  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  20.6 
 
 		 687 aa  45.1  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0791  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  25.89 
 
 		 815 aa  45.1  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  20.82 
 
 		 816 aa  45.1  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  23.1 
 
 		 815 aa  44.7  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0179  membrane bound ATPase, putative  21.07 
 
 		 955 aa  44.3  0.01  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>