More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_2768 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  87.93 
 
 		 555 aa  1015    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  78.08 
 
 		 557 aa  868    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  78.44 
 
 		 557 aa  891    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  92.43 
 
 		 555 aa  1030    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  78.08 
 
 		 557 aa  873    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  78.44 
 
 		 557 aa  892    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  98.02 
 
 		 555 aa  1119    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  100 
 
 		 555 aa  1139    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  59.07 
 
 		 556 aa  653    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  61.49 
 
 		 562 aa  632  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  59.84 
 
 		 507 aa  608  1e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  50.55 
 
 		 565 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  25.66 
 
 		 603 aa  140  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  26.16 
 
 		 564 aa  127  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 612 aa  119  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  30.21 
 
 		 561 aa  115  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  26.22 
 
 		 569 aa  100  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.85 
 
 		 867 aa  96.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.63 
 
 		 611 aa  95.5  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  24.3 
 
 		 636 aa  95.9  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  24.21 
 
 		 588 aa  94.7  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.52 
 
 		 1011 aa  94.7  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  23.29 
 
 		 638 aa  94.4  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  23.75 
 
 		 571 aa  93.6  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  23.14 
 
 		 631 aa  92.8  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  25.06 
 
 		 565 aa  92.8  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.6 
 
 		 566 aa  92  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  24.27 
 
 		 571 aa  90.1  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  27.91 
 
 		 571 aa  89.4  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  27.69 
 
 		 577 aa  88.2  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  28.32 
 
 		 491 aa  87.8  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  26.21 
 
 		 581 aa  87.4  7e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.92 
 
 		 1264 aa  87  8e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  23.97 
 
 		 629 aa  86.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.63 
 
 		 663 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  23.73 
 
 		 628 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  24.42 
 
 		 578 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  32.89 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  28.14 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 638 aa  84  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  28.38 
 
 		 517 aa  83.6  0.000000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  23.59 
 
 		 628 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  36.08 
 
 		 344 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27 
 
 		 660 aa  83.2  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3754  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 512 aa  83.2  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  24.41 
 
 		 621 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  30.63 
 
 		 868 aa  82.4  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  23.64 
 
 		 614 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 507 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 507 aa  82  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 		 652 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.864277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 516 aa  81.6  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.21 
 
 		 652 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.724915 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.12 
 
 		 587 aa  81.3  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  31.21 
 
 		 336 aa  81.6  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  28.71 
 
 		 569 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 339 aa  81.3  0.00000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 953 aa  81.3  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1652  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 490 aa  80.9  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.749875  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.13 
 
 		 1050 aa  80.9  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0485  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  32.26 
 
 		 1011 aa  81.3  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  22.71 
 
 		 625 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  23.42 
 
 		 628 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.68 
 
 		 557 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  31.18 
 
 		 227 aa  79.7  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3407  translation initiation factor IF-2  45.69 
 
 		 248 aa  80.1  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.60542  normal  0.126048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.57 
 
 		 662 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3412  hypothetical protein  35.14 
 
 		 423 aa  79.3  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0269335  normal  0.473348 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  31.95 
 
 		 768 aa  79  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  30.18 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  23.52 
 
 		 630 aa  79  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  30.77 
 
 		 308 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.99 
 
 		 960 aa  79  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2916  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  30.72 
 
 		 543 aa  79  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.833203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  26.37 
 
 		 659 aa  79  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.68 
 
 		 763 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.72 
 
 		 953 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  28.49 
 
 		 340 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.89 
 
 		 332 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3236  hypothetical protein  35.14 
 
 		 423 aa  79.3  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0104131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 625 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 610 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.72 
 
 		 662 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.14 
 
 		 550 aa  78.6  0.0000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.99 
 
 		 1078 aa  78.6  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 390 aa  78.6  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.68 
 
 		 669 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.2 
 
 		 761 aa  78.6  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  35.03 
 
 		 589 aa  78.6  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 738 aa  78.2  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1586  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 491 aa  78.2  0.0000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 562 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 625 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.69 
 
 		 662 aa  77.8  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.62 
 
 		 739 aa  77.4  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  32.53 
 
 		 625 aa  77.8  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  28.78 
 
 		 624 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  28.49 
 
 		 359 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>