More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1084 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1084  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 562 aa  1142    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.287669 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1570  GGDEF domain-containing protein  60.11 
 
 		 555 aa  636    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1412  diguanylate cyclase  60.69 
 
 		 557 aa  625  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.814955 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2870  diguanylate cyclase  60.26 
 
 		 555 aa  626  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315586 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1373  diguanylate cyclase  60.69 
 
 		 557 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.949847  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2970  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  60.5 
 
 		 557 aa  616  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0804565 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2768  diguanylate cyclase  60.63 
 
 		 555 aa  617  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.137361  normal  0.130437 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1389  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  60.5 
 
 		 557 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2700  diguanylate cyclase  59.89 
 
 		 555 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.418522  hitchhiker  0.000139033 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3445  diguanylate cyclase  56.38 
 
 		 556 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.358514 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3296  diguanylate cyclase  58.16 
 
 		 507 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000430363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2961  diguanylate cyclase  44.74 
 
 		 565 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  28.76 
 
 		 603 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  27.36 
 
 		 612 aa  125  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  28.07 
 
 		 564 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  27.17 
 
 		 631 aa  104  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  29.94 
 
 		 561 aa  102  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2484  GGDEF domain-containing protein  25.35 
 
 		 571 aa  102  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  27.25 
 
 		 611 aa  99.4  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  26.9 
 
 		 577 aa  97.8  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  27.09 
 
 		 571 aa  97.4  6e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  25.35 
 
 		 638 aa  96.3  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  27.35 
 
 		 601 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  26.63 
 
 		 581 aa  95.1  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 339 aa  94  6e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  25 
 
 		 614 aa  93.2  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  25.55 
 
 		 569 aa  91.7  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.34 
 
 		 1011 aa  91.7  3e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1138  GGDEF/EAL domain-containing protein  34.18 
 
 		 637 aa  91.3  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.02 
 
 		 709 aa  90.5  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  25.65 
 
 		 565 aa  89.7  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  25.86 
 
 		 566 aa  87.8  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  25.86 
 
 		 571 aa  87.4  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1669  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 499 aa  87  7e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  25.18 
 
 		 588 aa  87.4  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2019  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 355 aa  87  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2241  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 355 aa  86.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  25.05 
 
 		 622 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  26.56 
 
 		 636 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1162  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.04 
 
 		 587 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000913114 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5603  hypothetical protein  32.96 
 
 		 589 aa  85.9  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2075  GGDEF protein  31.16 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  31.61 
 
 		 476 aa  84.7  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.9 
 
 		 867 aa  84.7  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 		 656 aa  84.7  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  28.96 
 
 		 965 aa  84.3  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.89 
 
 		 715 aa  84.3  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  26.19 
 
 		 577 aa  84  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2916  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  34.86 
 
 		 543 aa  84  0.000000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.833203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  35.06 
 
 		 868 aa  84.3  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.77 
 
 		 1221 aa  83.6  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2519  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.76 
 
 		 901 aa  83.6  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 350 aa  83.2  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  23.76 
 
 		 625 aa  82.8  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 753 aa  82.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 316 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  33.55 
 
 		 678 aa  82.4  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  37.27 
 
 		 903 aa  81.6  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4493  diguanylate cyclase  35.44 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1736  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.34 
 
 		 663 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0484456  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 		 585 aa  81.6  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4750  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.96 
 
 		 778 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  30.73 
 
 		 570 aa  82  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6017  PAS:GGDEF  35.76 
 
 		 671 aa  81.6  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3390  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.95 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.861092 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4205  sensor diguanylate cyclase  28.84 
 
 		 642 aa  80.9  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.952942 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  24.84 
 
 		 630 aa  80.9  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  25.25 
 
 		 624 aa  80.9  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 628 aa  80.9  0.00000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  35 
 
 		 346 aa  80.9  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.83 
 
 		 1047 aa  80.9  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0327995  normal  0.497822 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 900 aa  80.5  0.00000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.23 
 
 		 537 aa  80.5  0.00000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0369823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.89 
 
 		 884 aa  80.5  0.00000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.39821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  34.97 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4391  diguanylate cyclase  28.97 
 
 		 387 aa  80.1  0.00000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  26.34 
 
 		 577 aa  79.7  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0905  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 442 aa  79.7  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0306  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  33.55 
 
 		 643 aa  79.7  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 621 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 628 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 401 aa  80.1  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0595  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.71 
 
 		 752 aa  79.7  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2587  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.31 
 
 		 797 aa  80.1  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 544 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00801  predicted diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2808  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.415535  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2810  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  30.57 
 
 		 748 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.84 
 
 		 740 aa  79.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0861  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 332 aa  79.3  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0787  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 356 aa  79  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.0010071  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0770  diguanylate cyclase  28.75 
 
 		 356 aa  79  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.000555933  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.84 
 
 		 756 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0892  diguanylate cyclase  33.73 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.701109  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 625 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 625 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3015  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 777 aa  79  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.392311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.77 
 
 		 909 aa  79.3  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>