More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2537 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2537  hypothetical protein  100 
 
 		 456 aa  931    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.220084 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  29.47 
 
 		 722 aa  133  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0671  adenylate/guanylate cyclase with integral membrane sensor  31 
 
 		 500 aa  126  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0415363  normal  0.502054 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 486 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 486 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 486 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 611 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 490 aa  119  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  34.88 
 
 		 548 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  33.83 
 
 		 794 aa  117  6e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 		 505 aa  117  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  32.75 
 
 		 422 aa  116  8.999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  38.86 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 485 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 431 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2469  diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.54 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 454 aa  114  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  38.73 
 
 		 418 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 423 aa  113  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 620 aa  114  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  36.49 
 
 		 580 aa  114  5e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 556 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  32.68 
 
 		 638 aa  113  7.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 490 aa  113  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 753 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00151  Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain  39.43 
 
 		 353 aa  113  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440614  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.63 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.65 
 
 		 485 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 492 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.9 
 
 		 772 aa  110  5e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 		 424 aa  110  5e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 485 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 485 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 427 aa  110  7.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 539 aa  109  8.000000000000001e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2353  GGDEF domain-containing protein  37.93 
 
 		 288 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.803943 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  30.93 
 
 		 645 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 495 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  34.33 
 
 		 431 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 493 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 373 aa  109  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 379 aa  108  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.27 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 493 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4405  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.33 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.382822 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  33.33 
 
 		 428 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 354 aa  108  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.96 
 
 		 820 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.49 
 
 		 610 aa  108  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  30.51 
 
 		 642 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 775 aa  108  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.57 
 
 		 572 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  34.48 
 
 		 340 aa  107  3e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 491 aa  108  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 570 aa  108  3e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.53 
 
 		 454 aa  107  3e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 357 aa  108  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 392 aa  108  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3966  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.33 
 
 		 332 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.756589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  35.59 
 
 		 581 aa  107  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5099  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 653 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.873917  normal  0.160564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1449  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.33 
 
 		 332 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2514  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 341 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.39605  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 485 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  30.93 
 
 		 645 aa  107  5e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 353 aa  107  5e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 768 aa  107  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.21 
 
 		 901 aa  107  5e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 736 aa  107  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 821 aa  106  7e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0294  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 432 aa  106  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 476 aa  106  8e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1546  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 416 aa  106  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0539589  hitchhiker  0.00796281 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 377 aa  106  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 362 aa  106  9e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  37.2 
 
 		 328 aa  106  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  36.46 
 
 		 448 aa  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 355 aa  105  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.7 
 
 		 1078 aa  106  1e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  27.54 
 
 		 569 aa  105  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.58 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1614  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.16 
 
 		 531 aa  105  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.423577 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 237 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.46 
 
 		 457 aa  106  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  34.29 
 
 		 430 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06199  Putative signal protein with GGDEF domain  33.67 
 
 		 990 aa  105  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.368142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 430 aa  105  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 490 aa  105  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>