More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0619 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  100 
 
 		 378 aa  763    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0930  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 390 aa  308  9e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0831  diguanylate cyclase  52.29 
 
 		 351 aa  293  3e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0794  diguanylate cyclase  42.82 
 
 		 394 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 375 aa  273  3e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3624  diguanylate cyclase  49.41 
 
 		 341 aa  265  1e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.112804  normal  0.505096 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  48.73 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2684  diguanylate cyclase  32.25 
 
 		 371 aa  193  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.96 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3251  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 341 aa  160  5e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.61058  normal  0.330404 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2604  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.11 
 
 		 341 aa  159  5e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.224021  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  51.53 
 
 		 664 aa  159  6e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 522 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 349 aa  157  4e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 308 aa  156  7e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  45.31 
 
 		 410 aa  155  9e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5250  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.5 
 
 		 360 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.395511  normal  0.949965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  42.72 
 
 		 533 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 481 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 481 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.76 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 319 aa  153  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 353 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.83 
 
 		 1262 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 462 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  45.12 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 620 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2812  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 465 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 312 aa  149  7e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  45.55 
 
 		 553 aa  149  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  47.85 
 
 		 492 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.77 
 
 		 612 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 462 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.98 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 660 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 660 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2519  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 522 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.926429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  45.11 
 
 		 536 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 479 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 629 aa  148  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 510 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 510 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 510 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 344 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  46.11 
 
 		 480 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 333 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  47.31 
 
 		 579 aa  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  46.37 
 
 		 518 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.39 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.4 
 
 		 890 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  45.41 
 
 		 649 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 492 aa  144  3e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  43.79 
 
 		 722 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 334 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  43.11 
 
 		 977 aa  143  4e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.02 
 
 		 325 aa  144  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.83 
 
 		 890 aa  144  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 492 aa  143  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 565 aa  142  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 368 aa  142  8e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 472 aa  142  9e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  34.28 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  45.18 
 
 		 583 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6347  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 507 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.197089 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  34.32 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  32.69 
 
 		 492 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 718 aa  142  9.999999999999999e-33  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 334 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  37.38 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 591 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 581 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 578 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 578 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 843 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 531 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 516 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 353 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 338 aa  140  3e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  34.05 
 
 		 503 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2534  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.08 
 
 		 421 aa  140  3.9999999999999997e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.657544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4503  diguanylate cyclase  35.2 
 
 		 492 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.24 
 
 		 334 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 527 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 303 aa  140  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.85 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 		 367 aa  139  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 648 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  41.99 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>