More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0841 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.83 
 
 		 666 aa  799    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.77 
 
 		 659 aa  826    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  95.67 
 
 		 668 aa  1221    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.53 
 
 		 698 aa  816    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.15 
 
 		 666 aa  815    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.74 
 
 		 685 aa  816    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.23 
 
 		 672 aa  818    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.88 
 
 		 685 aa  816    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 667 aa  1351    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.52 
 
 		 650 aa  789    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.11 
 
 		 674 aa  783    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.21 
 
 		 656 aa  842    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.24 
 
 		 717 aa  817    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.56 
 
 		 684 aa  812    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.36 
 
 		 665 aa  827    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  95.67 
 
 		 668 aa  1221    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.54 
 
 		 683 aa  827    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.25 
 
 		 664 aa  1025    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.92 
 
 		 696 aa  799    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.03 
 
 		 702 aa  811    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.12 
 
 		 667 aa  798    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.73 
 
 		 666 aa  796    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.55 
 
 		 714 aa  802    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.98 
 
 		 667 aa  754    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 666 aa  836    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.69 
 
 		 668 aa  1064    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.65 
 
 		 671 aa  820    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.83 
 
 		 718 aa  798    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.81 
 
 		 702 aa  811    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.62 
 
 		 638 aa  761    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.38 
 
 		 649 aa  780    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.53 
 
 		 711 aa  810    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.86 
 
 		 717 aa  822    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.95 
 
 		 681 aa  827    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.84 
 
 		 664 aa  1071    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  61 
 
 		 669 aa  790    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.31 
 
 		 668 aa  812    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.03 
 
 		 710 aa  785    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.02 
 
 		 685 aa  852    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.23 
 
 		 672 aa  818    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.66 
 
 		 664 aa  1095    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.08 
 
 		 683 aa  577  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  44.56 
 
 		 622 aa  548  1e-154  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.06 
 
 		 622 aa  545  1e-154  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  47.85 
 
 		 602 aa  537  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.28 
 
 		 707 aa  536  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  48.23 
 
 		 620 aa  528  1e-148  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.76 
 
 		 620 aa  528  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.94 
 
 		 612 aa  518  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.81 
 
 		 623 aa  518  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.99 
 
 		 616 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.31 
 
 		 608 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.86 
 
 		 610 aa  518  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 616 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.47 
 
 		 631 aa  517  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.78 
 
 		 612 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.66 
 
 		 623 aa  516  1.0000000000000001e-145  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.78 
 
 		 612 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.55 
 
 		 621 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 		 616 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.17 
 
 		 615 aa  515  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.37 
 
 		 616 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 		 616 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  46.8 
 
 		 644 aa  514  1e-144  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.94 
 
 		 647 aa  513  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.52 
 
 		 855 aa  512  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.69 
 
 		 620 aa  513  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 616 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.38 
 
 		 620 aa  511  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.55 
 
 		 612 aa  505  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.7 
 
 		 900 aa  494  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45.03 
 
 		 586 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.9 
 
 		 678 aa  490  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.21 
 
 		 698 aa  492  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  47.21 
 
 		 698 aa  492  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.86 
 
 		 754 aa  490  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.54 
 
 		 642 aa  471  1.0000000000000001e-131  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.51 
 
 		 623 aa  470  1.0000000000000001e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.21 
 
 		 587 aa  462  9.999999999999999e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.46 
 
 		 631 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.46 
 
 		 624 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  41.39 
 
 		 665 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.94 
 
 		 665 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.68 
 
 		 629 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.23 
 
 		 612 aa  442  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  39.63 
 
 		 624 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.83 
 
 		 619 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  60.53 
 
 		 614 aa  443  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  61.84 
 
 		 612 aa  443  1e-123  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  69.38 
 
 		 611 aa  444  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.23 
 
 		 611 aa  445  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  62.86 
 
 		 602 aa  445  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.58 
 
 		 615 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  62.75 
 
 		 621 aa  442  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  62.75 
 
 		 621 aa  440  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.58 
 
 		 615 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.43 
 
 		 612 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.58 
 
 		 615 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.58 
 
 		 615 aa  439  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.14 
 
 		 624 aa  442  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>