150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6305 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1522  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  67.4 
 
 		 815 aa  1183    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6506  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  61 
 
 		 825 aa  1077    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6305  Type IV secretory pathway VirB4-like protein  100 
 
 		 818 aa  1702    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5609  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  60.05 
 
 		 825 aa  1044    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.931017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4747  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  30.95 
 
 		 844 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.290977 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2821  type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  32.44 
 
 		 827 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.901669 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5229  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  29.24 
 
 		 846 aa  344  5e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.738503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4260  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  28.47 
 
 		 831 aa  342  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3710  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  29.27 
 
 		 823 aa  336  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.693344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5465  Type IV secretory pathway VirB4 components-like  28.2 
 
 		 850 aa  327  7e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257739  decreased coverage  0.00704778 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4227  Type IV secretory pathway VirB4 components-like protein  27.11 
 
 		 821 aa  320  7.999999999999999e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.267872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5013  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.07 
 
 		 892 aa  279  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5418  Type IV secretory pathway VirB4 protein-like protein  26.07 
 
 		 892 aa  279  2e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4198  conjugal transfer ATPase TrbE  27.12 
 
 		 813 aa  236  1.0000000000000001e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.330213  normal  0.981224 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1838  conjugal transfer ATPase TrbE  26.07 
 
 		 808 aa  231  5e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2348  conjugal transfer ATPase TrbE  26.1 
 
 		 810 aa  231  5e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2648  conjugal transfer ATPase TrbE  26.94 
 
 		 825 aa  226  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.947837  normal  0.965174 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1285  conjugal transfer ATPase TrbE  26.65 
 
 		 816 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35690  conjugal transfer ATPase TrbE  26.78 
 
 		 816 aa  224  7e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2271  conjugal transfer ATPase TrbE  28.05 
 
 		 812 aa  223  9e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2581  conjugal transfer ATPase TrbE  27.38 
 
 		 816 aa  223  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5372  conjugal transfer ATPase TrbE  25.38 
 
 		 824 aa  223  9.999999999999999e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.259729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1344  conjugal transfer ATPase TrbE  26.43 
 
 		 819 aa  222  3e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1319  conjugal transfer ATPase TrbE  26.81 
 
 		 819 aa  221  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3503  conjugal transfer ATPase TrbE  27 
 
 		 823 aa  219  2e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2908  conjugal transfer ATPase TrbE  26.46 
 
 		 811 aa  218  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.380632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1898  conjugal transfer ATPase TrbE  27.24 
 
 		 817 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1503  conjugal transfer ATPase TrbE  26.56 
 
 		 813 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373275  normal  0.784639 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1553  conjugal transfer ATPase TrbE  26.24 
 
 		 809 aa  218  4e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.215631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0435  conjugal transfer ATPase TrbE  26.18 
 
 		 817 aa  218  4e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2007  conjugal transfer ATPase TrbE  26.27 
 
 		 816 aa  217  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.581672  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30910  conjugal transfer ATPase TrbE  26.18 
 
 		 817 aa  217  7e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000414209  unclonable  1.71741e-21 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5221  conjugal transfer ATPase TrbE  26.43 
 
 		 819 aa  215  2.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3898  conjugal transfer ATPase TrbE  26.51 
 
 		 813 aa  214  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3854  conjugal transfer ATPase TrbE  25.83 
 
 		 830 aa  214  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0508748  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2696  conjugal transfer ATPase TrbE  26.59 
 
 		 823 aa  214  5.999999999999999e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3703  conjugal transfer ATPase TrbE  26.49 
 
 		 817 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165131  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2353  conjugal transfer ATPase TrbE  25.67 
 
 		 816 aa  212  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233122  normal  0.344124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7443  conjugal transfer ATPase TrbE  25.22 
 
 		 809 aa  212  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3001  conjugal transfer ATPase TrbE  25.56 
 
 		 812 aa  208  3e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3694  conjugal transfer ATPase TrbE  25.32 
 
 		 820 aa  208  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2611  conjugal transfer ATPase TrbE  26.04 
 
 		 829 aa  206  2e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0729  conjugal transfer ATPase TrbE  26.94 
 
 		 816 aa  206  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1010  conjugal transfer ATPase TrbE  25.79 
 
 		 808 aa  202  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.611754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0696  conjugal transfer ATPase TrbE  25.73 
 
 		 847 aa  201  3e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0164  conjugal transfer ATPase TrbE  25.77 
 
 		 822 aa  201  3.9999999999999996e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.627498  normal  0.339359 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3089  conjugal transfer ATPase TrbE  25.44 
 
 		 812 aa  198  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2030  conjugal transfer ATPase TrbE  26.87 
 
 		 813 aa  197  6e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2321  conjugal transfer ATPase TrbE  25.72 
 
 		 811 aa  196  2e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0153  conjugal transfer ATPase TrbE  26.44 
 
 		 872 aa  194  8e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0315  conjugal transfer ATPase TrbE  24.63 
 
 		 821 aa  192  2e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4346  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.59 
 
 		 793 aa  192  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.677673  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3367  conjugal transfer ATPase TrbE  25.13 
 
 		 814 aa  192  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3538  conjugal transfer ATPase TrbE  24.72 
 
 		 813 aa  192  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0252817  normal  0.696341 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2827  conjugal transfer ATPase TrbE  24.81 
 
 		 812 aa  190  7e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.595122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3997  conjugal transfer ATPase TrbE  25.47 
 
 		 812 aa  190  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.678924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1191  conjugal transfer ATPase TrbE  25.79 
 
 		 816 aa  189  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3544  conjugal transfer ATPase TrbE  25.79 
 
 		 816 aa  189  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0598  conjugal transfer ATPase TrbE  24.56 
 
 		 809 aa  189  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.657344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2881  conjugal transfer ATPase TrbE  25.6 
 
 		 812 aa  188  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.244722  normal  0.034415 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3830  conjugal transfer ATPase TrbE  25.03 
 
 		 818 aa  187  6e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3215  conjugal transfer ATPase TrbE  24.43 
 
 		 836 aa  187  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1481  conjugal transfer ATPase TrbE  24 
 
 		 836 aa  186  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0386388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7744  conjugal transfer ATPase TrbE  24.81 
 
 		 812 aa  185  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.110925 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0963  conjugal transfer ATPase TrbE  24.69 
 
 		 813 aa  184  5.0000000000000004e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0247  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  25.93 
 
 		 840 aa  184  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1339  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  25.93 
 
 		 840 aa  184  6e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.18708 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0746  conjugal transfer ATPase TrbE  25.47 
 
 		 812 aa  184  7e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.369643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2349  conjugal transfer ATPase TrbE  24.29 
 
 		 820 aa  182  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2483  conjugal transfer ATPase TrbE  25.16 
 
 		 814 aa  182  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.260305 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1638  conjugal transfer protein trbE, putative  25.67 
 
 		 840 aa  181  4e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3197  conjugal transfer ATPase TrbE  25.22 
 
 		 877 aa  181  4e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0506  conjugal transfer ATPase TrbE  24.75 
 
 		 812 aa  180  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.496331  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2503  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system  25.5 
 
 		 814 aa  180  9e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0863  type IV secretion system ATPase VirB4  25.96 
 
 		 803 aa  179  1e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0677  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  24.18 
 
 		 796 aa  178  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2228  conjugal transfer protein TrbE  23.53 
 
 		 854 aa  176  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0444639  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5086  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.58 
 
 		 790 aa  173  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5379  conjugal transfer protein TrbE  23.97 
 
 		 817 aa  172  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.325542 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0255  Type IV secretory pathway AvhB4 protein  23.65 
 
 		 788 aa  165  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.849698 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5485  conjugal transfer protein TrbE  24.59 
 
 		 815 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00798845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0050  conjugal transfer protein TrbE  25.27 
 
 		 845 aa  162  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4566  conjugal transfer protein TrbE  22.45 
 
 		 817 aa  160  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8331  conjugal transfer protein TrbE  22.81 
 
 		 820 aa  159  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.359626  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9656  conjugal transfer protein TrbE  25.95 
 
 		 687 aa  155  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.419883  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9265  conjugal transfer protein TrbE  22.64 
 
 		 822 aa  154  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.502143  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0495  type IV secretion system ATPase VirB4  23.52 
 
 		 800 aa  153  1e-35  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.97813  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0884  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.54 
 
 		 843 aa  153  1e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0533  type IV secretion system ATPase VirB4  22.52 
 
 		 800 aa  152  3e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5007  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.5 
 
 		 805 aa  150  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0207382  normal  0.0996879 
 
 
-
 
NC_002978  WD0858  type IV secretion system ATPase VirB4  23.42 
 
 		 801 aa  150  1.0000000000000001e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1617  CagE, TrbE, VirB component of type IV transporter system, conserved region  23.33 
 
 		 819 aa  149  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4271  conjugal transfer protein TrbE  25.72 
 
 		 852 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000528773  normal  0.467859 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6505  conjugal transfer protein TrbE  25.38 
 
 		 852 aa  148  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00158384  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6632  conjugal transfer protein TrbE  25.38 
 
 		 852 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0411416  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1177  CagE TrbE VirB component of type IV transporter system  22.4 
 
 		 850 aa  147  8.000000000000001e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4562  type IV secretion/conjugal transfer ATPase  23.55 
 
 		 805 aa  144  8e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.733697  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6206  type IV secretion/conjugal transfer ATPase, VirB4 family  23.35 
 
 		 839 aa  142  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.623322  normal  0.0559252 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a009  secretion/conjugal transfer ATPase VirB3/4  20.65 
 
 		 924 aa  140  1e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1717  conjugal transfer ATPase TrbE  26.03 
 
 		 819 aa  139  2e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.137188  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>