More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1580 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1574  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  91.93 
 
 		 409 aa  742    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.760294  normal  0.703114 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  86.59 
 
 		 410 aa  714    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1580  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  100 
 
 		 409 aa  844    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.991586 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4564  extracellular ligand-binding receptor  92.95 
 
 		 410 aa  727    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0603472  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3169  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  65.45 
 
 		 411 aa  491  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.268647 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0226  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  62.95 
 
 		 412 aa  489  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1862  extracellular ligand-binding receptor  49.16 
 
 		 416 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485563  normal  0.350266 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1399  extracellular ligand-binding receptor  49.16 
 
 		 416 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.861522  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1798  extracellular ligand-binding receptor  50.61 
 
 		 411 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1750  Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  48.98 
 
 		 417 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.175864  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2391  extracellular ligand-binding receptor  49.51 
 
 		 411 aa  376  1e-103  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0276546  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3308  extracellular ligand-binding receptor  50.61 
 
 		 411 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.663851  normal  0.0340537 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2931  extracellular ligand-binding receptor  50.62 
 
 		 409 aa  375  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.014925  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1495  Extracellular ligand-binding receptor  48.72 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.539823 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1797  extracellular ligand-binding receptor  48.8 
 
 		 412 aa  373  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1454  putative Leu/Ile/Val-binding precursor signal peptide protein  48.72 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.689269  hitchhiker  0.00017453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1770  putative leu/Ile/val-binding precursor signal peptide protein  47.09 
 
 		 415 aa  375  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00200774 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1679  extracellular ligand-binding receptor  48.31 
 
 		 411 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2392  extracellular ligand-binding receptor  48.07 
 
 		 411 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0592634  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2578  extracellular ligand-binding receptor  47.72 
 
 		 411 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.436298  normal  0.373423 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2025  Extracellular ligand-binding receptor  48.31 
 
 		 411 aa  368  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.718345  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2930  Extracellular ligand-binding receptor  49.23 
 
 		 412 aa  364  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0288888  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4699  Extracellular ligand-binding receptor  47.96 
 
 		 418 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.143461  hitchhiker  0.00661341 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3622  Extracellular ligand-binding receptor  47.96 
 
 		 418 aa  363  3e-99  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3307  extracellular ligand-binding receptor  48.06 
 
 		 411 aa  362  7.0000000000000005e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131361 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0955  transporter signal peptide protein  44.87 
 
 		 416 aa  356  5e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.223807  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0920  putative transporter signal peptide protein  45.66 
 
 		 417 aa  353  2e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3263  putative transporter signal peptide protein  43.02 
 
 		 421 aa  329  5.0000000000000004e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1487  putative transporter signal peptide protein  42.12 
 
 		 434 aa  326  5e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.269633  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5870  Extracellular ligand-binding receptor  44.85 
 
 		 410 aa  325  7e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2382  putative transporter signal peptide protein  41.73 
 
 		 436 aa  323  4e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.577602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1417  putative transporter signal peptide protein  41.98 
 
 		 421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.752451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1337  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  42.39 
 
 		 468 aa  318  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491989  normal  0.040758 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3517  putative transporter signal peptide protein  42.36 
 
 		 426 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2820  putative transporter signal peptide protein  39.63 
 
 		 437 aa  316  6e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.447107  normal  0.311269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2309  putative transporter signal peptide protein  40.8 
 
 		 433 aa  315  8e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2279  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.87 
 
 		 419 aa  315  9e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0940101  normal  0.112603 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1643  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.87 
 
 		 441 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2255  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.87 
 
 		 419 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1022  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.45 
 
 		 419 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.826628 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2293  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.09 
 
 		 419 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0292658  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5583  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.15 
 
 		 419 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.454549 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2934  extracellular ligand-binding receptor  50.91 
 
 		 322 aa  312  7.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0257101  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2172  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.09 
 
 		 419 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.916243  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2070  transporter signal peptide protein  42.08 
 
 		 418 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2221  putative transporter signal peptide protein  43.83 
 
 		 419 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2154  putative transporter signal peptide protein  39.7 
 
 		 451 aa  306  3e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1070  extracellular ligand-binding receptor  41.41 
 
 		 427 aa  307  3e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2015  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.57 
 
 		 423 aa  307  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.195635  normal  0.277409 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1685  extracellular ligand-binding receptor  40.95 
 
 		 422 aa  304  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4795  Extracellular ligand-binding receptor  41.94 
 
 		 420 aa  305  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1898  transporter signal peptide protein  42.52 
 
 		 419 aa  300  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.460535 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1054  amino acid-binding protein, putative  39.33 
 
 		 426 aa  294  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000719773  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1494  putative transporter signal peptide protein  40 
 
 		 426 aa  293  4e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445235 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2998  extracellular ligand-binding receptor  39.43 
 
 		 430 aa  290  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.511312  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1836  amino acid-binding protein, putative  40.69 
 
 		 404 aa  289  5.0000000000000004e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1123  putative amino acid-binding protein  40.69 
 
 		 425 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0406  putative amino acid-binding protein  40.69 
 
 		 425 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0744  putative amino acid-binding protein  40.69 
 
 		 425 aa  289  7e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1428  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  40.69 
 
 		 425 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1291  putative amino acid-binding protein  40.93 
 
 		 425 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.858826  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1283  putative amino acid-binding protein  40.44 
 
 		 425 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.889983  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2414  extracellular ligand-binding receptor  39.39 
 
 		 425 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1573  branched-chain amino acid ABC transporter  33.33 
 
 		 415 aa  199  7e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.93309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0024  branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.5 
 
 		 471 aa  186  7e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0021  putative branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.5 
 
 		 471 aa  185  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2901  extracellular ligand-binding receptor  27.62 
 
 		 419 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 384 aa  100  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 378 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.32 
 
 		 415 aa  94.7  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2717  extracellular ligand-binding receptor  26.11 
 
 		 396 aa  93.6  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0418912  normal  0.429406 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8566  Extracellular ligand-binding receptor  29.06 
 
 		 411 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3698  Extracellular ligand-binding receptor  27.89 
 
 		 415 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 375 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 445 aa  90.5  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4645  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 415 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3518  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 		 402 aa  90.1  6e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.36456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 		 374 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.96 
 
 		 374 aa  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 373 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3574  hypothetical protein  27.35 
 
 		 413 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4699  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 432 aa  88.2  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.525381 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1511  twin-arginine translocation pathway signal  25.83 
 
 		 448 aa  87.4  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.565949  normal  0.673528 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5971  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 		 388 aa  86.7  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.53 
 
 		 395 aa  86.7  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3460  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 		 417 aa  86.3  8e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.403632  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 		 382 aa  85.9  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.07 
 
 		 396 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05343  hypothetical protein  24.73 
 
 		 391 aa  85.1  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  29.62 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6330  twin-arginine translocation pathway signal  25 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.238667  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3673  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  26.33 
 
 		 451 aa  83.6  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0513677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3901  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 413 aa  82.8  0.000000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.295568 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  27.53 
 
 		 463 aa  81.6  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  24 
 
 		 373 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1404  branched-chain amino acid ABC transporter  26.4 
 
 		 451 aa  82  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.977917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  25.98 
 
 		 371 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>