More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3248 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3248  diguanylate cyclase  100 
 
 		 420 aa  848    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 338 aa  157  3e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.26 
 
 		 628 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  50.9 
 
 		 494 aa  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 346 aa  152  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  44.51 
 
 		 480 aa  151  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.84 
 
 		 344 aa  150  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 631 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 565 aa  149  9e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 534 aa  148  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 625 aa  146  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 610 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 625 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 479 aa  145  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1419  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 581 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.337287  normal  0.697858 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 481 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.93 
 
 		 463 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  39.45 
 
 		 625 aa  145  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 481 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.93 
 
 		 483 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 340 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 338 aa  144  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 624 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 340 aa  142  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.5 
 
 		 353 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 461 aa  142  9.999999999999999e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  44.5 
 
 		 328 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  41.07 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1532  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 581 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.131912 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 516 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 630 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4904  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.78 
 
 		 642 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0484368  normal  0.638753 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  43.15 
 
 		 555 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  43.09 
 
 		 536 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  45.7 
 
 		 512 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.33 
 
 		 664 aa  141  1.9999999999999998e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  47.95 
 
 		 320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 578 aa  141  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.55 
 
 		 355 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.51 
 
 		 624 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  45.14 
 
 		 347 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 452 aa  140  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  39.44 
 
 		 355 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 578 aa  139  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  28.29 
 
 		 641 aa  139  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  45.09 
 
 		 1262 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.99 
 
 		 625 aa  139  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  42.35 
 
 		 528 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 547 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 556 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  47.17 
 
 		 452 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 452 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  46.54 
 
 		 452 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 340 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  44.57 
 
 		 327 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 578 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 452 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 452 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  45.51 
 
 		 528 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 487 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 172 aa  137  4e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 375 aa  137  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  45.11 
 
 		 603 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 354 aa  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.11 
 
 		 665 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  44.06 
 
 		 343 aa  137  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.7 
 
 		 636 aa  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 503 aa  137  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 341 aa  137  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.91 
 
 		 278 aa  137  5e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5086  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 465 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  40.66 
 
 		 378 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.22 
 
 		 960 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 308 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 422 aa  136  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  45.76 
 
 		 502 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  44.97 
 
 		 509 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 622 aa  136  8e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.68 
 
 		 648 aa  136  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334588  normal  0.654105 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 369 aa  136  8e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 620 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 498 aa  136  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  41.28 
 
 		 579 aa  136  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 453 aa  135  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  44.31 
 
 		 507 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  45.61 
 
 		 506 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>