More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2212 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2212  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
202 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.255212 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2102  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.89 
 
 
178 aa  145  4.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488578  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4835  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  44.07 
 
 
181 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0480  sigma-24 (FecI-like)  44.69 
 
 
182 aa  142  3e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0637094  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55550  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  42.94 
 
 
181 aa  141  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0813524 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2994  sigma-24 (FecI-like)  46.11 
 
 
183 aa  138  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0287557 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3128  sigma-24 (FecI-like)  42.26 
 
 
169 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.311095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2205  sigma-24 (FecI-like)  47.88 
 
 
193 aa  125  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.367222  normal  0.070332 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2219  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  46.91 
 
 
176 aa  120  9.999999999999999e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0934432  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1076  sigma-24 (FecI-like)  40.72 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.525306  normal  0.461788 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3198  sigma-24 (FecI)  41.32 
 
 
183 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0767993  hitchhiker  0.00326086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2232  sigma-24 (FecI-like)  43.21 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.684813  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2217  sigma-24 (FecI-like)  34.57 
 
 
183 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.10129  normal  0.130898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  34.13 
 
 
180 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.87 
 
 
171 aa  90.5  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6088  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.4 
 
 
181 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13008  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.9 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  36.55 
 
 
188 aa  81.6  0.000000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  31.9 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2372  sigma-24 (FecI)  31.37 
 
 
214 aa  73.6  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0392872  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3759  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  31.93 
 
 
180 aa  71.6  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.512296  normal  0.170794 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4054  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.93 
 
 
180 aa  71.6  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4015  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  35.11 
 
 
166 aa  69.7  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.346038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1450  anti-FecI sigma factor, FecR  31.25 
 
 
440 aa  70.5  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.523851  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0699  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.34 
 
 
165 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.390031  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  31.41 
 
 
175 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2918  putative extracytoplasmic function sigma factor (IRON-regulated) transcription regulator protein  28.76 
 
 
174 aa  66.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.611118 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2387  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.57 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572366  normal  0.608857 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  35.37 
 
 
194 aa  66.2  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  30.43 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  33.77 
 
 
186 aa  65.1  0.0000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2143  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.45 
 
 
174 aa  64.3  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.12 
 
 
194 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  29.68 
 
 
179 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1052  sigma-24 (FecI-like)  32.89 
 
 
178 aa  63.5  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.719626  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.77 
 
 
175 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1413  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.93 
 
 
169 aa  63.5  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.70955  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1816  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.67 
 
 
169 aa  62.8  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2051  fec I like protein  36.88 
 
 
176 aa  62.8  0.000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1832  sigma-70 region 2  29.5 
 
 
165 aa  62.4  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.931587  normal  0.10275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4377  sigma-24 (FecI)  31.13 
 
 
172 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.316099  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1969  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.68 
 
 
187 aa  62  0.000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.874493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4467  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.71 
 
 
194 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4608  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.71 
 
 
191 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1107  sigma-70 region 2  30.57 
 
 
187 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5953  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.87 
 
 
169 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0123978 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1353  sigma-24 (FecI-like)  28.08 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1521  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.45 
 
 
163 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  32.35 
 
 
165 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.35 
 
 
165 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4021  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  25.32 
 
 
174 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.27293  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3045  fec I like protein  30 
 
 
182 aa  59.3  0.00000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.688858  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  29.27 
 
 
188 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.68 
 
 
210 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2388  sigma-24 (FecI-like)  25 
 
 
185 aa  58.9  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0412661  hitchhiker  0.0000504088 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  30.07 
 
 
374 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.07 
 
 
374 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.65 
 
 
166 aa  58.2  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19990  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  33.96 
 
 
171 aa  58.2  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0223745  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  34.04 
 
 
171 aa  58.2  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  27.21 
 
 
171 aa  58.2  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2303  fec I like protein  26.76 
 
 
166 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.709829 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4391  sigma-24 (FecI-like)  28.47 
 
 
166 aa  57.8  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.934112  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4590  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.99 
 
 
191 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46660  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  25.32 
 
 
246 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00128883  hitchhiker  0.00000365459 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  31.29 
 
 
374 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1008  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.26 
 
 
170 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.719302  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1286  RNA polymerase sigma-70 family protein  32 
 
 
180 aa  57  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1045  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.26 
 
 
170 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.162254  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  32.47 
 
 
180 aa  56.6  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1007  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.26 
 
 
170 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.06 
 
 
195 aa  56.6  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25390  RNA polymerase sigma factor, FecI family  28.85 
 
 
234 aa  56.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197248  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.07 
 
 
204 aa  56.2  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40230  RNA polymerase sigma factor, FecI family  27.97 
 
 
169 aa  56.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.7 
 
 
171 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  29.87 
 
 
159 aa  56.2  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0253  RNA polymerase sigma-70 factor  24.49 
 
 
202 aa  55.5  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.83737  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4216  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
170 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.6 
 
 
170 aa  55.5  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0656  sigma-70 region 2  25.85 
 
 
151 aa  55.5  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0856  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 
165 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  30.82 
 
 
236 aa  54.7  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0872  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.67 
 
 
168 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4594  RNA polymerase sigma factor  31.65 
 
 
164 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3134  RNA polymerase sigma factor  33.56 
 
 
194 aa  54.3  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.912712  normal  0.163351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.47 
 
 
168 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2356  RNA polymerase sigma-70 factor  26.45 
 
 
200 aa  53.5  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.240028  normal  0.522752 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  30.07 
 
 
157 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  29.58 
 
 
223 aa  53.9  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4499  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.66 
 
 
196 aa  52.8  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.878271  normal  0.799417 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1717  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.59 
 
 
189 aa  52.4  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.206196 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0655  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.15 
 
 
189 aa  52.4  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1858  RNA polymerase sigma factor  25.77 
 
 
160 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.598111  normal  0.760188 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.61 
 
 
176 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.266091  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  26.43 
 
 
176 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4611  RNA polymerase sigma factor  30.22 
 
 
170 aa  51.6  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.03 
 
 
175 aa  51.6  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3707  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.17 
 
 
173 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.199173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0745  RNA polymerase sigma factor FecI  28.17 
 
 
173 aa  51.6  0.000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.189882  normal  0.166474 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>