More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4307 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4307  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 327 aa  664    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  74.19 
 
 		 332 aa  474  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  73.87 
 
 		 335 aa  477  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  71.47 
 
 		 329 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  70.59 
 
 		 323 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  70.28 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  69.91 
 
 		 328 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  70.7 
 
 		 342 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  69.59 
 
 		 342 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  68.97 
 
 		 328 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.26 
 
 		 827 aa  185  8e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.92 
 
 		 710 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  48.09 
 
 		 1000 aa  159  5e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  32.56 
 
 		 451 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.41 
 
 		 625 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.64 
 
 		 572 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.08 
 
 		 730 aa  155  6e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.84 
 
 		 1143 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.84 
 
 		 1143 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.45 
 
 		 751 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.51 
 
 		 352 aa  153  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 247 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2281  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.57 
 
 		 450 aa  151  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  40.28 
 
 		 602 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  35.21 
 
 		 398 aa  150  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  33.01 
 
 		 338 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.6 
 
 		 578 aa  150  4e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.85 
 
 		 1021 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.66 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.62 
 
 		 769 aa  149  7e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.82 
 
 		 794 aa  149  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.86 
 
 		 1785 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 437 aa  147  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.03 
 
 		 1774 aa  146  4.0000000000000006e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 492 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.94 
 
 		 796 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.44 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  34.69 
 
 		 497 aa  145  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.64 
 
 		 800 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.67 
 
 		 548 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.11 
 
 		 683 aa  143  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 312 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 531 aa  142  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  32.21 
 
 		 317 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 796 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2112  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.87 
 
 		 836 aa  142  9.999999999999999e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  41.62 
 
 		 626 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  42.25 
 
 		 381 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 680 aa  140  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 422 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2123  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 635 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00833547 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 381 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48930  GGDEF domain protein  67.35 
 
 		 281 aa  140  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 312 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.99 
 
 		 464 aa  139  4.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  26.35 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 681 aa  139  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0252  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.89 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.555837  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  35.74 
 
 		 350 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 321 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  32.61 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.96 
 
 		 820 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1771  PAS:GGDEF  32.45 
 
 		 449 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.94 
 
 		 424 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.77 
 
 		 1101 aa  138  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0257  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.89 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.929741  normal  0.0241212 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.64 
 
 		 407 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.54 
 
 		 659 aa  137  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 474 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 1037 aa  137  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  35.43 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  35.47 
 
 		 626 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1723  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.46 
 
 		 733 aa  137  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0254567  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.93 
 
 		 912 aa  137  3.0000000000000003e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  33.66 
 
 		 476 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.03 
 
 		 796 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.01 
 
 		 423 aa  136  4e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  34.98 
 
 		 321 aa  136  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 322 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  45.4 
 
 		 525 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2715  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 508 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.271597  normal  0.533444 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.43 
 
 		 550 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 516 aa  135  8e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  34.82 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 		 444 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.5 
 
 		 469 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0942  GGDEF domain-containing protein  37.9 
 
 		 335 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 496 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 783 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  34.33 
 
 		 768 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.1 
 
 		 438 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1420  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.43 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  32.11 
 
 		 796 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.39 
 
 		 797 aa  134  3e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  33.48 
 
 		 334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 366 aa  133  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  38.13 
 
 		 582 aa  133  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>