More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3765 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3765  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0357958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12440  AcrR family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 215 aa  303  9.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.446651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1135  putative transcriptional regulator  76.44 
 
 		 215 aa  302  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3581  TetR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 209 aa  166  2.9999999999999998e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0199  transcriptional regulator, TetR family  41.15 
 
 		 202 aa  137  7.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.251087  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  41.75 
 
 		 216 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03806  transcriptional regulator, TetR family  42.92 
 
 		 206 aa  130  1.0000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 218 aa  128  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2697  transcriptional regulator, TetR family  43.3 
 
 		 195 aa  126  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366203  normal  0.310239 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5945  regulatory protein, TetR  40.53 
 
 		 216 aa  112  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.542251  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1018  transcriptional regulator, TetR family  37.32 
 
 		 205 aa  106  2e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6435  TetR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 262 aa  93.2  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.253012  normal  0.0353997 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 224 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6871  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 224 aa  72.4  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.0580493 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4737  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 224 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1753  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  28.3 
 
 		 194 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2583  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1690  TetR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.732657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0295  transcriptional regulator, TetR family  27.55 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0107513  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1768  TetR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.570427  normal  0.275415 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1692  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.474881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1586  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0376  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1344  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 208 aa  54.7  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000662672 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5494  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 141 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.769028  normal  0.39499 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3206  TetR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 227 aa  53.9  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4138  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 224 aa  53.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1767  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  53.5  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.420279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011721  PCC8801_4458  transcriptional regulator, TetR family  24.58 
 
 		 195 aa  53.1  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001979  transcriptional regulator TetR family  28.17 
 
 		 193 aa  52.8  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.507988  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4046  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 212 aa  52.4  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0961065 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2310  TetR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 220 aa  52.4  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  decreased coverage  0.00710043 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1844  transcriptional regulator, TetR family  19.61 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4464  TetR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 204 aa  52  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0680244 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0353  transcriptional regulator, TetR family  36.59 
 
 		 191 aa  52  0.000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000439096  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2065  transcriptional regulator, TetR family  30.95 
 
 		 188 aa  52  0.000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.704626  normal  0.605366 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 193 aa  51.6  0.000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2800  TetR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 224 aa  51.6  0.000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.697977  decreased coverage  0.000162176 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3234  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 		 191 aa  51.2  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0822  transcriptional regulator, TetR family  25.87 
 
 		 205 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.752802  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2755  TetR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 200 aa  51.2  0.00001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 190 aa  51.2  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6295  transcriptional regulator, TetR family  24.05 
 
 		 212 aa  50.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16700  transcriptional regulator  26.95 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0184  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 335 aa  50.8  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000505732  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  30.08 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3241  TetR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2554  TetR family transcriptional regulator  36 
 
 		 198 aa  50.4  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000394239  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0809  regulatory protein, TetR  29.63 
 
 		 200 aa  50.4  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.732229  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1479  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 		 190 aa  49.7  0.00003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1293  TetR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 213 aa  49.7  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.313328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  22.09 
 
 		 205 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 191 aa  49.7  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2027  TetR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 208 aa  50.1  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.835752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5293  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 210 aa  50.1  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.199638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 286 aa  49.7  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3999  transcriptional regulator, TetR family  28.06 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4171  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 203 aa  49.3  0.00004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0201849  hitchhiker  0.000462956 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0291  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  26.01 
 
 		 218 aa  49.3  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1684  TetR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 228 aa  49.3  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.828148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0301  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 199 aa  49.7  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0864199  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1601  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 215 aa  48.9  0.00005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 190 aa  48.9  0.00005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16730  transcriptional regulator, TetR family  24.68 
 
 		 213 aa  49.3  0.00005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1491  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 209 aa  48.9  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0359  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 203 aa  48.9  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1571  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 201 aa  48.9  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.038411 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  22.93 
 
 		 194 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5376  putative transcriptional regulator, TetR family  38.89 
 
 		 207 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0545475 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9297  putative transcriptional regulator, TetR family  28.78 
 
 		 198 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  46.03 
 
 		 212 aa  48.5  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2636  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 198 aa  48.5  0.00007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1710  transcriptional regulator, TetR family  24.82 
 
 		 200 aa  48.5  0.00007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000037358  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2502  transcriptional regulator, TetR family  37.25 
 
 		 291 aa  48.5  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1173  TetR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 218 aa  48.5  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2314  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 213 aa  48.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.251224 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1410  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0318904  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5600  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 252 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.806355 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2235  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 		 235 aa  47.8  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.170733  normal  0.3149 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0061  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 187 aa  48.1  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2496  TetR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 333 aa  47.8  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0726  transcriptional regulator, TetR family  29.06 
 
 		 203 aa  47.8  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2189  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 251 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.533648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1661  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 252 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 224 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2311  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 251 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287882  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2273  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 252 aa  47.8  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0843228  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00128  TetR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4304  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 202 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.148025  normal  0.676238 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2017  transcriptional regulator, TetR family  29.27 
 
 		 236 aa  47.8  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3699  TetR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 204 aa  48.1  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.158617  normal  0.554277 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0761  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1265  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1272  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492888  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002240  transcriptional regulator TetR family  38.18 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0388  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 239 aa  47.8  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1005  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 244 aa  47.8  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>