105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1767 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A1767  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
192 aa  394  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.420279  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1692  transcriptional regulator, TetR family  98.96 
 
 
192 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.474881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1586  transcriptional regulator, TetR family  98.96 
 
 
192 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1690  TetR family transcriptional regulator  98.44 
 
 
192 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.732657 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1753  TetR family transcriptional regulator  98.44 
 
 
192 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2060  TetR family transcriptional regulator  65.26 
 
 
191 aa  263  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3212  TetR family transcriptional regulator  27.47 
 
 
213 aa  55.1  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.402928  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3765  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
213 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0357958 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
223 aa  52.4  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1139  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 
220 aa  52  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0501486 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2789  transcriptional regulator, TetR family  27.85 
 
 
192 aa  50.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1283  TetR family transcriptional regulator  24.75 
 
 
194 aa  49.7  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000248972  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1684  TetR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
227 aa  49.7  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0400  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
205 aa  49.7  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16270  transcriptional regulator  23.94 
 
 
287 aa  49.7  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  37.65 
 
 
202 aa  49.7  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0681  transcriptional regulator, TetR family  28.17 
 
 
217 aa  48.9  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0556  TetR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
228 aa  48.5  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2022  transcriptional regulator, TetR family  22.95 
 
 
225 aa  48.1  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613149  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 
240 aa  48.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7448  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 
212 aa  48.1  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.58477 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2823  transcriptional regulator, TetR family  26.63 
 
 
208 aa  48.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00548665  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31350  hypothetical protein  24.73 
 
 
203 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112877  normal  0.357558 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0452  transcriptional regulator, TetR family  26.09 
 
 
207 aa  47.4  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  28.32 
 
 
201 aa  47  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6827  putative transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 
200 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0995041 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0450  transcriptional regulator, TetR family  27.49 
 
 
349 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0035112 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12440  AcrR family transcriptional regulator  26.97 
 
 
215 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.446651  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1135  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 
215 aa  45.8  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6365  putative transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 
210 aa  45.8  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.277737  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0153  TetR family transcriptional regulator  26.88 
 
 
193 aa  45.4  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2862  TetR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
202 aa  45.4  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00162474  hitchhiker  0.00695972 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4065  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
193 aa  45.4  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1704  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
285 aa  45.1  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0517004  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3503  TetR family transcriptional regulator  23.83 
 
 
198 aa  45.1  0.0006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1866  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
212 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3897  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
213 aa  45.1  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65900  TetR family transcriptional regulator  25 
 
 
215 aa  45.1  0.0007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0425501  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6095  regulatory protein, TetR  23.43 
 
 
204 aa  43.9  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.584059  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2813  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
215 aa  44.3  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5718  putative transcriptional regulator  25 
 
 
215 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0092  transcriptional regulator, TetR family  25.53 
 
 
210 aa  43.9  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.367108  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1921  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 
197 aa  44.3  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0409606  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2881  transcriptional regulator, TetR family  25.77 
 
 
367 aa  44.3  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2304  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
211 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.373552  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2272  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
211 aa  43.1  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000566042  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2226  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
211 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0397604  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7734  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
217 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2479  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
211 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.660065  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3483  TetR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
218 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.961452  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1339  transcriptional regulator, TetR family  22.62 
 
 
308 aa  43.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.752137  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0073  TetR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
210 aa  43.5  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1242  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
212 aa  43.5  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000053734  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2716  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 
212 aa  43.5  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.448471  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3936  TetR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
197 aa  43.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0494347  normal  0.157135 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 
218 aa  43.1  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.34 
 
 
196 aa  43.9  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2434  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 
211 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2500  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 
211 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1666  transcriptional regulator, TetR family  24.83 
 
 
209 aa  43.1  0.002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.40268  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3677  transcriptional regulator, TetR family  21.21 
 
 
196 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.503409  normal  0.650375 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  25.47 
 
 
193 aa  43.5  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2858  transcriptional regulator, TetR family  24.54 
 
 
218 aa  43.1  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3418  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
234 aa  42.7  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.111441  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1697  hypothetical protein  23.73 
 
 
199 aa  42.7  0.003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2604  transcriptional regulator, TetR family  40.38 
 
 
195 aa  42.7  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6667  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
217 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.33995  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3202  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 
193 aa  42.7  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1508  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 
215 aa  42.7  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0994502  normal  0.123569 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0378  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
199 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.585496  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47520  putative transcriptional regulator  31.94 
 
 
197 aa  42.4  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5106  TetR family transcriptional regulator  35.63 
 
 
223 aa  42.4  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.146428  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0266  TetR family transcriptional regulator  25.16 
 
 
207 aa  42.4  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.437766  hitchhiker  0.000931508 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1838  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 
195 aa  42.4  0.004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2855  transcriptional regulator, TetR family  32.69 
 
 
199 aa  42.4  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00414349  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
246 aa  42.4  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1015  transcriptional regulator, TetR family  37.1 
 
 
201 aa  42.4  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1664  transcriptional regulator, TetR family  38.6 
 
 
197 aa  42.4  0.004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294171  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0602  TetR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
205 aa  42  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.5525  normal  0.406937 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3717  TetR family transcriptional regulator  32.69 
 
 
191 aa  42  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2575  transcriptional regulator, TetR family  33.9 
 
 
211 aa  42.4  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000582548  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4367  transcriptional regulator, TetR family  32.81 
 
 
201 aa  42.4  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0464  TetR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
215 aa  42  0.005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1135  TetR family transcriptional regulator  21.97 
 
 
206 aa  42  0.006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1971  transcriptional regulator, TetR family  39.58 
 
 
196 aa  42  0.006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 
223 aa  42  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14200  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 
227 aa  42  0.006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000918467  decreased coverage  0.00704922 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1277  transcriptional regulator, TetR family  45.65 
 
 
211 aa  42  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0101868  normal  0.0726815 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
206 aa  41.6  0.007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3651  TetR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
233 aa  41.6  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.496262 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2510  TetR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
209 aa  41.2  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00262483  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3358  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 
190 aa  41.2  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
198 aa  41.2  0.009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1053  transcriptional regulator, TetR family  22.22 
 
 
193 aa  41.2  0.009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  27.37 
 
 
286 aa  41.2  0.009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3584  regulatory protein TetR  30.83 
 
 
204 aa  41.2  0.009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0125026  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5896  transcriptional regulator  25.75 
 
 
199 aa  41.2  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.371414  normal  0.0197091 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1076  transcriptional regulator, TetR family  40.82 
 
 
220 aa  41.2  0.009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.66869  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5823  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
217 aa  41.2  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3482  TetR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
191 aa  41.2  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.342598  normal  0.760921 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>