295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2583 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2583  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
226 aa  434  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.176518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6871  TetR family transcriptional regulator  80.72 
 
 
224 aa  302  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.0580493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1320  transcriptional regulator, TetR family  78.92 
 
 
224 aa  296  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3206  TetR family transcriptional regulator  86.73 
 
 
227 aa  286  2e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4737  TetR family transcriptional regulator  80.27 
 
 
224 aa  278  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1826  TetR family transcriptional regulator  79.37 
 
 
250 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0995188  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4138  TetR family transcriptional regulator  78.03 
 
 
224 aa  251  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03806  transcriptional regulator, TetR family  39.3 
 
 
206 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
218 aa  108  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3984  transcriptional regulator, TetR family  34.18 
 
 
216 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.765993  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0199  transcriptional regulator, TetR family  35.82 
 
 
202 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.251087  normal  0.943452 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3581  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
209 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2697  transcriptional regulator, TetR family  41.49 
 
 
195 aa  100  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0366203  normal  0.310239 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6435  TetR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
262 aa  88.2  9e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.253012  normal  0.0353997 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5945  regulatory protein, TetR  32.12 
 
 
216 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.542251  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2778  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 
205 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12440  AcrR family transcriptional regulator  31.4 
 
 
215 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.446651  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1135  putative transcriptional regulator  31.4 
 
 
215 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.135048  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1018  transcriptional regulator, TetR family  33.66 
 
 
205 aa  81.6  0.000000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3765  TetR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
213 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0357958 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1848  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
210 aa  70.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2656  transcriptional regulator, TetR family  25.29 
 
 
212 aa  65.1  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000478919  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1623  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 
205 aa  60.1  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3641  TetR family transcriptional regulator  22.6 
 
 
200 aa  59.3  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.798229 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
195 aa  58.9  0.00000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  25.68 
 
 
195 aa  58.9  0.00000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1941  transcriptional regulator, TetR family  20.75 
 
 
194 aa  56.6  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000874649  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17960  transcriptional regulator, TetR family  29.85 
 
 
208 aa  56.2  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.134645  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
213 aa  56.2  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  25.26 
 
 
195 aa  55.8  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4818  transcriptional regulator, TetR family  29.38 
 
 
208 aa  55.5  0.0000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.945526  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2368  TetR family transcriptional regulator  26.8 
 
 
197 aa  54.3  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000142624 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2136  transcriptional regulator, TetR family  50.94 
 
 
212 aa  54.3  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.547172  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  24.21 
 
 
201 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3943  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 
218 aa  54.3  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.938406  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0467  TetR family transcriptional regulator  40.98 
 
 
198 aa  53.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3645  transcriptional regulator, TetR family  43.84 
 
 
199 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.529358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4533  transcriptional regulator, TetR family  34.07 
 
 
197 aa  53.1  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0585795  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
211 aa  53.1  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8200  putative transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 
237 aa  53.1  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  23.08 
 
 
194 aa  52.4  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  38.24 
 
 
191 aa  52.4  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1459  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
223 aa  52.4  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.568759  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13607  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
295 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.20276 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1856  TetR family transcriptional regulator  35.94 
 
 
185 aa  52.4  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4713  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
218 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4799  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
218 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5312  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
235 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0775512 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5098  TetR family transcriptional regulator  56.25 
 
 
218 aa  52.4  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.11151 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6485  regulatory protein, TetR  34.38 
 
 
278 aa  52  0.000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.521213  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  28.57 
 
 
205 aa  52  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2800  TetR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
201 aa  51.6  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0881  regulatory protein TetR  54.17 
 
 
219 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3548  TetR family transcriptional regulator  25.66 
 
 
216 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1996  regulatory protein TetR  37.08 
 
 
215 aa  51.2  0.00001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4148  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 
213 aa  50.8  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.677229  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  32.32 
 
 
218 aa  50.4  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0358  regulatory protein, TetR  44.26 
 
 
240 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000667156 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0034  TetR family transcriptional regulator  23.64 
 
 
189 aa  50.8  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.345685  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0034  TetR family transcriptional regulator  23.64 
 
 
189 aa  50.8  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4064  regulatory protein TetR  36.89 
 
 
190 aa  50.1  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.3318 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6487  transcriptional regulator, TetR family  43.06 
 
 
195 aa  50.1  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1045  TetR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
226 aa  49.7  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.446098  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2823  TetR family transcriptional regulator  48.57 
 
 
206 aa  49.3  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133482  normal  0.0456725 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  40.23 
 
 
214 aa  48.9  0.00006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1479  TetR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
231 aa  48.9  0.00006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3609  transcriptional regulator, TetR family  36.17 
 
 
228 aa  48.9  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1681  TetR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
216 aa  48.5  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.977422 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1794  TetR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
218 aa  48.9  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1218  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
206 aa  48.5  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4326  TetR family transcriptional regulator  38.71 
 
 
202 aa  48.5  0.00008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1008  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
190 aa  48.5  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1080  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
190 aa  48.5  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1098  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
209 aa  48.5  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0976848 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2625  regulatory protein, TetR  48.57 
 
 
206 aa  48.5  0.00008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.232365  normal  0.311906 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2385  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 
176 aa  48.5  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000106592  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0882  transcriptional regulator, TetR family  27.16 
 
 
233 aa  48.5  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3474  transcriptional regulator of TetR family protein  36.36 
 
 
191 aa  48.5  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.486624 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
212 aa  48.5  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0995  TetR family transcriptional regulator  23.38 
 
 
190 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0297  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
203 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1634  TetR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
209 aa  47.8  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.681802  normal  0.225704 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0286  TetR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
186 aa  48.1  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
214 aa  47.8  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4194  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 
190 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0179  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
193 aa  48.1  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0807108  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  35.48 
 
 
192 aa  48.1  0.0001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3267  TetR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
188 aa  47.8  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1112  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 
190 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1177  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
190 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
197 aa  47.8  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  30.67 
 
 
226 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
196 aa  47.4  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3405  TetR family transcriptional regulator  23.53 
 
 
207 aa  47  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0751749 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0602  transcriptional regulator, TetR family  29.47 
 
 
195 aa  47  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1049  TetR family transcriptional regulator  32 
 
 
230 aa  47  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27910  transcriptional regulator, tetR family  27.89 
 
 
194 aa  47.4  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.839534  normal  0.794272 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2513  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
199 aa  47  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1237  transcriptional regulator, TetR family  23.53 
 
 
190 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1821  transcriptional regulator, TetR family  48 
 
 
212 aa  47.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>